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万見
- EMDB-51171: MtUvrA2UvrB2 bound to damaged oligonucleotide (half 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51171
タイトルMtUvrA2UvrB2 bound to damaged oligonucleotide (half 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: MtUvrA2UvrB2-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrA
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrA
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrB
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrB
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
キーワードDNA repair / NER / UVRA / UVRB / UVR / MTB / DNA BINDING PROTEIN
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Genta M / Capelli R / Ferrara G / Rizzi M / Rossi F / Jeruzalmi D / Bolognesi M / Chaves-Sanjuan A / Miggiano R
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Ministero dell Universita e della RicercaP2022P8KMF イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MtUvrA2UvrB2-DNA half 1 reconstruction
著者: Genta M / Capelli R / Ferrara G / Rizzi M / Rossi F / Jeruzalmi D / Bolognesi M / Chaves-Sanjuan A / Miggiano R
履歴
登録2024年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51171.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51171.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.43749622 - 0.9279842
平均 (標準偏差)0.0015863726 (±0.024539622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51171_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharp

ファイルemd_51171_additional_1.map
注釈sharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51171_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51171_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MtUvrA2UvrB2-DNA complex

全体名称: MtUvrA2UvrB2-DNA complex
要素
  • 複合体: MtUvrA2UvrB2-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrA
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrA
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrB
    • タンパク質・ペプチド: MtUvrB
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA

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超分子 #1: MtUvrA2UvrB2-DNA complex

超分子名称: MtUvrA2UvrB2-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Heterotetrameric MtUvrA2UvrB2 in complex with DNA
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: MtUvrA

分子名称: MtUvrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMADRLIVKG AREHNLRSVD LDLPRDALIV FTGLSGSGKS SLAFDTIFAE GQRRYVESLS AYARQFLGQM DKPDVDFIEG LSPAVSIDQK STNRNPRSTV GTITEVYDYL RLLYARAGTP HCPTCGERVA RQTPQQIVDQ VLAMPEGTRF ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMADRLIVKG AREHNLRSVD LDLPRDALIV FTGLSGSGKS SLAFDTIFAE GQRRYVESLS AYARQFLGQM DKPDVDFIEG LSPAVSIDQK STNRNPRSTV GTITEVYDYL RLLYARAGTP HCPTCGERVA RQTPQQIVDQ VLAMPEGTRF LVLAPVVRTR KGEFADLFDK LNAQGYSRVR VDGVVHPLTD PPKLKKQEKH DIEVVVDRLT VKAAAKRRLT DSVETALNLA DGIVVLEFVD HELGAPHREQ RFSEKLACPN GHALAVDDLE PRSFSFNSPY GACPECSGLG IRKEVDPELV VPDPDRTLAQ GAVAPWSNGH TAEYFTRMMA GLGEALGFDV DTPWRKLPAK ARKAILEGAD EQVHVRYRNR YGRTRSYYAD FEGVLAFLQR KMSQTESEQM KERYEGFMRD VPCPVCAGTR LKPEILAVTL AGESKGEHGA KSIAEVCELS IADCADFLNA LTLGPREQAI AGQVLKEIRS RLGFLLDVGL EYLSLSRAAA TLSGGEAQRI RLATQIGSGL VGVLYVLDEP SIGLHQRDNR RLIETLTRLR DLGNTLIVVE HDEDTIEHAD WIVDIGPGAG EHGGRIVHSG PYDELLRNKD SITGAYLSGR ESIEIPAIRR SVDPRRQLTV VGAREHNLRG IDVSFPLGVL TSVTGVSGSG KSTLVNDILA AVLANRLNGA RQVPGRHTRV TGLDYLDKLV RVDQSPIGRT PRSNPATYTG VFDKIRTLFA ATTEAKVRGY QPGRFSFNVK GGRCEACTGD GTIKIEMNFL PDVYVPCEVC QGARYNRETL EVHYKGKTVS EVLDMSIEEA AEFFEPIAGV HRYLRTLVDV GLGYVRLGQP APTLSGGEAQ RVKLASELQK RSTGRTVYIL DEPTTGLHFD DIRKLLNVIN GLVDKGNTVI VIEHNLDVIK TSDWIIDLGP EGGAGGGTVV AQGTPEDVAA VPASYTGKFL AEVVGGGASA ATSRSNRRRN VSA

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分子 #2: MtUvrA

分子名称: MtUvrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMADRLIVKG AREHNLRSVD LDLPRDALIV FTGLSGSGKS SLAFDTIFAE GQRRYVESLS AYARQFLGQM DKPDVDFIEG LSPAVSIDQK STNRNPRSTV GTITEVYDYL RLLYARAGTP HCPTCGERVA RQTPQQIVDQ VLAMPEGTRF ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMADRLIVKG AREHNLRSVD LDLPRDALIV FTGLSGSGKS SLAFDTIFAE GQRRYVESLS AYARQFLGQM DKPDVDFIEG LSPAVSIDQK STNRNPRSTV GTITEVYDYL RLLYARAGTP HCPTCGERVA RQTPQQIVDQ VLAMPEGTRF LVLAPVVRTR KGEFADLFDK LNAQGYSRVR VDGVVHPLTD PPKLKKQEKH DIEVVVDRLT VKAAAKRRLT DSVETALNLA DGIVVLEFVD HELGAPHREQ RFSEKLACPN GHALAVDDLE PRSFSFNSPY GACPECSGLG IRKEVDPELV VPDPDRTLAQ GAVAPWSNGH TAEYFTRMMA GLGEALGFDV DTPWRKLPAK ARKAILEGAD EQVHVRYRNR YGRTRSYYAD FEGVLAFLQR KMSQTESEQM KERYEGFMRD VPCPVCAGTR LKPEILAVTL AGESKGEHGA KSIAEVCELS IADCADFLNA LTLGPREQAI AGQVLKEIRS RLGFLLDVGL EYLSLSRAAA TLSGGEAQRI RLATQIGSGL VGVLYVLDEP SIGLHQRDNR RLIETLTRLR DLGNTLIVVE HDEDTIEHAD WIVDIGPGAG EHGGRIVHSG PYDELLRNKD SITGAYLSGR ESIEIPAIRR SVDPRRQLTV VGAREHNLRG IDVSFPLGVL TSVTGVSGSG KSTLVNDILA AVLANRLNGA RQVPGRHTRV TGLDYLDKLV RVDQSPIGRT PRSNPATYTG VFDKIRTLFA ATTEAKVRGY QPGRFSFNVK GGRCEACTGD GTIKIEMNFL PDVYVPCEVC QGARYNRETL EVHYKGKTVS EVLDMSIEEA AEFFEPIAGV HRYLRTLVDV GLGYVRLGQP APTLSGGEAQ RVKLASELQK RSTGRTVYIL DEPTTGLHFD DIRKLLNVIN GLVDKGNTVI VIEHNLDVIK TSDWIIDLGP EGGAGGGTVV AQGTPEDVAA VPASYTGKFL AEVVGGGASA ATSRSNRRRN VSA

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分子 #3: MtUvrB

分子名称: MtUvrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMVRAGGHFE VVSPHAPAGD QPAAIDELER RINAGERDVV LLGATGTGKS ATTAWLIERL QRPTLVMAPN KTLAAQLANE LREMLPHNAV EYFVSYYDYY QPEAYIAQTD TYIEKDSSIN DDVERLRHSA TSALLSRRDV VVVASVSCIY ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMVRAGGHFE VVSPHAPAGD QPAAIDELER RINAGERDVV LLGATGTGKS ATTAWLIERL QRPTLVMAPN KTLAAQLANE LREMLPHNAV EYFVSYYDYY QPEAYIAQTD TYIEKDSSIN DDVERLRHSA TSALLSRRDV VVVASVSCIY GLGTPQSYLD RSVELKVGEE VPRDGLLRLL VDVQYTRNDM SFTRGSFRVR GDTVEIIPSY EELAVRIEFF GDEIEALYYL HPLTGEVIRQ VDSLRIFPAT HYVAGPERMA HAVSAIEEEL AERLAELESQ GKLLEAQRLR MRTNYDIEMM RQVGFCSGIE NYSRHIDGRG PGTPPATLLD YFPEDFLLVI DESHVTVPQI GGMYEGDISR KRNLVEYGFR LPSACDNRPL TWEEFADRIG QTVYLSATPG PYELSQTGGE FVEQVIRPTG LVDPKVVVKP TKGQIDDLIG EIRTRADADQ RVLVTTLTKK MAEDLTDYLL EMGIRVRYLH SEVDTLRRVE LLRQLRLGDY DVLVGINLLR EGLDLPEVSL VAILDADKEG FLRSSRSLIQ TIGRAARNVS GEVHMYADKI TDSMREAIDE TERRRAKQIA YNEANGIDPQ PLRKKIADIL DQVYREADDT AVVEVGGSGR NASRGRRAQG EPGRAVSAGV FEGRDTSAMP RAELADLIKD LTAQMMAAAR DLQFELAARF RDEIADLKRE LRGMDAAGLK

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分子 #4: MtUvrB

分子名称: MtUvrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMVRAGGHFE VVSPHAPAGD QPAAIDELER RINAGERDVV LLGATGTGKS ATTAWLIERL QRPTLVMAPN KTLAAQLANE LREMLPHNAV EYFVSYYDYY QPEAYIAQTD TYIEKDSSIN DDVERLRHSA TSALLSRRDV VVVASVSCIY ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMVRAGGHFE VVSPHAPAGD QPAAIDELER RINAGERDVV LLGATGTGKS ATTAWLIERL QRPTLVMAPN KTLAAQLANE LREMLPHNAV EYFVSYYDYY QPEAYIAQTD TYIEKDSSIN DDVERLRHSA TSALLSRRDV VVVASVSCIY GLGTPQSYLD RSVELKVGEE VPRDGLLRLL VDVQYTRNDM SFTRGSFRVR GDTVEIIPSY EELAVRIEFF GDEIEALYYL HPLTGEVIRQ VDSLRIFPAT HYVAGPERMA HAVSAIEEEL AERLAELESQ GKLLEAQRLR MRTNYDIEMM RQVGFCSGIE NYSRHIDGRG PGTPPATLLD YFPEDFLLVI DESHVTVPQI GGMYEGDISR KRNLVEYGFR LPSACDNRPL TWEEFADRIG QTVYLSATPG PYELSQTGGE FVEQVIRPTG LVDPKVVVKP TKGQIDDLIG EIRTRADADQ RVLVTTLTKK MAEDLTDYLL EMGIRVRYLH SEVDTLRRVE LLRQLRLGDY DVLVGINLLR EGLDLPEVSL VAILDADKEG FLRSSRSLIQ TIGRAARNVS GEVHMYADKI TDSMREAIDE TERRRAKQIA YNEANGIDPQ PLRKKIADIL DQVYREADDT AVVEVGGSGR NASRGRRAQG EPGRAVSAGV FEGRDTSAMP RAELADLIKD LTAQMMAAAR DLQFELAARF RDEIADLKRE LRGMDAAGLK

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分子 #5: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TAGTCACATC AGTGATCAGT GGTtCCGGAA CCACTGATCA CT

-
分子 #6: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TAGTCACATC AGTGATCAGT GGTtCCGGAA CCACTGATCA CT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClNaCl
20.0 mMTris HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21232 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 666671
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 110916
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る