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- EMDB-51157: Cryo-EM structure of the Toxoplasma gondii respiratory chain comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51157
タイトルCryo-EM structure of the Toxoplasma gondii respiratory chain complex III inhibited by ELQ-300
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome bc1 complex from Toxoplasma gondii
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 8種
キーワードcytochrome bc1 complex / complex III / respiratory chain / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding ...quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial processing peptidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily ...Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative peptidase M16, alpha subunit / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase / Transmembrane protein / Cytochrome b / Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein / Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein ...Putative peptidase M16, alpha subunit / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase / Transmembrane protein / Cytochrome b / Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein / Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein / Putative peptidase M16 family potein / Cytochrome c1, heme protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者MacLean A / Muhleip A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure, assembly and inhibition of the Toxoplasma gondii respiratory chain supercomplex.
著者: Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone ...著者: Andrew E MacLean / Shikha Shikha / Mariana Ferreira Silva / Max J Gramelspacher / Aaron Nilsen / Katherine M Liebman / Sovitj Pou / Rolf W Winter / Amit Meir / Michael K Riscoe / J Stone Doggett / Lilach Sheiner / Alexander Mühleip /
要旨: The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an ...The apicomplexan mitochondrial electron transport chain is essential for parasite survival and displays a divergent subunit composition. Here we report cryo-electron microscopy structures of an apicomplexan III-IV supercomplex and of the drug target complex III. The supercomplex structure reveals how clade-specific subunits form an apicomplexan-conserved III-IV interface with a unique, kinked architecture, suggesting that supercomplexes evolved independently in different eukaryotic lineages. A knockout resulting in supercomplex disassembly challenges the proposed role of III-IV in electron transfer efficiency as suggested for mammals. Nevertheless, knockout analysis indicates that III-IV is critical for parasite fitness. The complexes from the model parasite Toxoplasma gondii were inhibited with the antimalarial atovaquone, revealing interactions underpinning species specificity. They were also inhibited with endochin-like quinolone (ELQ)-300, an inhibitor in late-stage preclinical development. Notably, in the apicomplexan binding site, ELQ-300 is flipped compared with related compounds in the mammalian enzyme. On the basis of the binding modes and parasite-specific interactions discovered, we designed more potent ELQs with subnanomolar activity against T. gondii. Our findings reveal critical evolutionary differences in the role of supercomplexes in mitochondrial biology and provide insight into cytochrome b inhibition, informing future drug discovery.
履歴
登録2024年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_51157.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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0.83 Å/pix.
x 480 pix.
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x 480 pix.
= 398.4 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
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平均 (標準偏差)-0.00077314704 (±0.10702249)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51157_msk_1.map
投影像・断面図
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注釈density-modified halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

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注釈density-modified halfmap 1
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軸ZYX

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追加マップ: density-modified full map

ファイルemd_51157_additional_3.map
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軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51157_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: #2

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome bc1 complex from Toxoplasma gondii

全体名称: Cytochrome bc1 complex from Toxoplasma gondii
要素
  • 複合体: Cytochrome bc1 complex from Toxoplasma gondii
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: Putative peptidase M16 family protein
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-MPP
    • タンパク質・ペプチド: Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase
    • タンパク質・ペプチド: QCR8/TGGT1_227910
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 6-chloranyl-7-methoxy-2-methyl-3-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenoxy]phenyl]-1~{H}-quinolin-4-one
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Cytochrome bc1 complex from Toxoplasma gondii

超分子名称: Cytochrome bc1 complex from Toxoplasma gondii / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: RH

+
分子 #1: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 40.79443 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列: FMSLFRAHLV FYRCALNLNS SYNFGFLVAM TFVLQIITGI TLAFRYTSEA SCAFASVQHL VREVAAGWEF RMLHATTASF VFLCILIHM TRGLYNWSYS YLTTAWMSGL VLYLLTIATA FLGYVLPWGQ MSFWGATVIT NLLSPIPYLV PWLLGGYYVS D VTLKRFFV ...文字列:
FMSLFRAHLV FYRCALNLNS SYNFGFLVAM TFVLQIITGI TLAFRYTSEA SCAFASVQHL VREVAAGWEF RMLHATTASF VFLCILIHM TRGLYNWSYS YLTTAWMSGL VLYLLTIATA FLGYVLPWGQ MSFWGATVIT NLLSPIPYLV PWLLGGYYVS D VTLKRFFV LHFILPFIGC IIIVLHIFYL HLNGSSNPAG IDTALKVAFY PHMLMTDAKC LSYLIGLIFL QAAFGLMELS HP DNSIPVN RFVTPLHIVP EWYFLAYYAV LKVIPSKTGG LLVFMSSLIN LGLLSEIRAL NTRMLIRQQF MTRNVVSGWV IIW VYSMIF LIIIGSAIPQ ATYILYGRLA TILYLTTGLV LCLY

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #2: Cytochrome c1, heme protein

分子名称: Cytochrome c1, heme protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 46.025355 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列: MGGGGGGALN KLFPGYKDKI WMKVPVQWRQ QMIQHWNKSY EKQVYSESVA LNRTFQARNQ LVLDRLKPSG AYRLPAVDYK RQLSRGTLV EGADFYLPTA QEQQRLARHF EPYSEQEQEE RRKFRFQSIS VYLAVALGAS FVHDYFYQRR PVAWCLEKEP P HPPSYPFW ...文字列:
MGGGGGGALN KLFPGYKDKI WMKVPVQWRQ QMIQHWNKSY EKQVYSESVA LNRTFQARNQ LVLDRLKPSG AYRLPAVDYK RQLSRGTLV EGADFYLPTA QEQQRLARHF EPYSEQEQEE RRKFRFQSIS VYLAVALGAS FVHDYFYQRR PVAWCLEKEP P HPPSYPFW FKSLFHSHDI PSVRRGYEVY RKVCATCHSM EQLHFRHLVG EVLPEKRVKQ IAAEYDVTDG PNDQGEMYTR PG ILGDAFP SPYPNEEAAR YANGGAYPPD LSLITAARHF GPDYLMALLG GYRDPPEGVE LRPGLYWNVW FPGNAIAMPP PLM DEMIDY EDGTPCNISQ MSKDVVNFLT WATEPTADER KLYGLKCVSA IAIGTVLMTL WWRFYWAMYA TRRIDFGKLK YL

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein

+
分子 #3: Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase

分子名称: Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 54.869145 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列: MRHLARCASR RAVKWTERDS PVANFLRSSS CCPFQLLQAS RAKIQRLRTS ERFRLRSAQK LAPTRFPPFT HGPLFFSLPS RLTVPSSLR SLSAFSAPLS LPFRGTMAFL SSPLFAAKAS LAARVHALGC STTSLTSPLA ARALAASSLS LFSVSPRRHF S VHSHNIRP ...文字列:
MRHLARCASR RAVKWTERDS PVANFLRSSS CCPFQLLQAS RAKIQRLRTS ERFRLRSAQK LAPTRFPPFT HGPLFFSLPS RLTVPSSLR SLSAFSAPLS LPFRGTMAFL SSPLFAAKAS LAARVHALGC STTSLTSPLA ARALAASSLS LFSVSPRRHF S VHSHNIRP DKHELPASEV PLYYNRFDQA DHPSLWQLEE EQQRKHLDQE VTDVSQLVEP VSSPHQTEGW FKRLRYWHYK ET AEPTFPR TPDLSKGELA AGATVTRTSV WHDPNEPAIV SVSRFAPDNF RAVGFAENVP NPESTNSDSH PDFREYRLGP GSV DRRPFV YFMSASYFFI TASMMRSFLC KWVHYWWVSR DMLAAGTTEV DLRPIQEGMT AVFKWRGKPV FVRHRTAEDI AKAQ ADDAL IGTMKDPQLD SERCPRPQWL INIGVCTHLG CIPTDGGNYG GWFCPCHGSH YDTSGRIRLG PAPSNLELPP TVFLD DHTV KLG

UniProtKB: Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase

+
分子 #4: Putative peptidase M16 family protein

分子名称: Putative peptidase M16 family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Putative peptidase M16 family protein / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitochondrial processing peptidase
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 56.986824 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列: MMFRFLPRVA SGASSLSVSQ RRLRASFSSS LQSRGFFSAA PAAATAGVSP LARSVDAAIP EEAFNQPPTL TTTLPNGIRV ATQRLPFHQ TATVGVWIDS GSRYDTKETN GAAHFLEHMT FKGTKRRSRI QLEQEIENMG AHLNAYTSRE QTVYYAKAFK K DIPQCVDI ...文字列:
MMFRFLPRVA SGASSLSVSQ RRLRASFSSS LQSRGFFSAA PAAATAGVSP LARSVDAAIP EEAFNQPPTL TTTLPNGIRV ATQRLPFHQ TATVGVWIDS GSRYDTKETN GAAHFLEHMT FKGTKRRSRI QLEQEIENMG AHLNAYTSRE QTVYYAKAFK K DIPQCVDI LSDILLNSTI DEEAVQMEKH VILREMEEVE RQTEEVIFDR LHTTAFRDSP LGYTILGPEE NIRNMTREHI LE YINRNYT SDRMVVAAAG DVDHKELTAL VEKHFAGLPQ PKRSKIILPT EKPFFCGSEL LHRNDDMGPT AHVAVGFEGV PWK SPDAVT FMLMQAIVGS YRKHDEGIVP GKVSANATVR NVCNKMTVGC ADMFSAFNTC YSDTGLFGFY AQCDEVALEH CVME IMFGI TSLSYAVTDE EVERAKAQLK TQLLGHLDST TAVAEDIGRQ MLAYGRRMPL AEFLKRLEVI DAEEVKRVAW KYLHD AEVA VAGLGPLFGM PQLINLRRAT FWLRY

UniProtKB: Putative peptidase M16 family potein

+
分子 #5: Alpha-MPP

分子名称: Alpha-MPP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 62.238395 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列: MNASILFRRN APGVSTCLRR RCLRPAALAA ASASGVSTPA SGVWTPAFQR TEKRFLSGAA LQPKAGPAPE YRRVPFVKED MEKVMEEVP EFKYYYVGKE NTKGNVYEGI PLDQSILEPA DLRDYVPPHS NIQYSKLDNG LRIASMDRGG LTASLGLFVH A GTRFEDVT ...文字列:
MNASILFRRN APGVSTCLRR RCLRPAALAA ASASGVSTPA SGVWTPAFQR TEKRFLSGAA LQPKAGPAPE YRRVPFVKED MEKVMEEVP EFKYYYVGKE NTKGNVYEGI PLDQSILEPA DLRDYVPPHS NIQYSKLDNG LRIASMDRGG LTASLGLFVH A GTRFEDVT NFGVTHMIQN LAFASTAHLS LLRTVKTIEV LGANAGCVVG REHLVYSAEC LRSHMPLLVP MLTGNVLFPR FL PWELKAC KEKLIMARKR LEHMPDQMVS ELLHTTAWHN NTLGHKLHCT ERSLGHYNPD VIRHYMLQHF SPENMVFVGV NVN HDELCT WLMRAFVDYN AIPPSKRTVA SPVYTGGDVR LETPSPHAHM AIAFETPGGW NGGDLVAYSV LQTILGGGGA FSTG GPGKG MYTRLYLNVL NQNEWVESAM AFNTQYTDSG IFGLYMLADP TKSANAVKVM AEQFGKMGSV TKEELQRAKN SLKSS IFMN LECRGIVMED VGRQLLMSNR VISPQEFCTA IDAVTEADIK RVVDAMYKKP PTVVAYGDVS TVPHYEEVRA ALRAAG VGK

UniProtKB: Putative peptidase M16, alpha subunit

+
分子 #6: Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein

分子名称: Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 10.509094 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列:
MSYPYYCEFF VKFPNYIPPK DPAERLVDPR QKLEPGCTAR CSLWVNEYDA CTKRVRARTD NKGNCSGQYE ELHVCIDRCV AKDIFKYLK

UniProtKB: Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein

+
分子 #7: Ubiquinol-cytochrome c reductase

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 26.777564 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列: MAQFHREIGK LFASYSNKIT ANSPVQYVPS PPTKGKVRRA LSSALMPVWF KFFRGPLDRW NLAVMAKYLR DHGLMYDDLY SDKEPVFAR ALELLPPDIQ AARFRRLMRG TYLNHLRLYL PVHEQNYDPF IPYMAPYVEE AKFQLQEEEE LLGYHMWEGV W YSGGVTGF ...文字列:
MAQFHREIGK LFASYSNKIT ANSPVQYVPS PPTKGKVRRA LSSALMPVWF KFFRGPLDRW NLAVMAKYLR DHGLMYDDLY SDKEPVFAR ALELLPPDIQ AARFRRLMRG TYLNHLRLYL PVHEQNYDPF IPYMAPYVEE AKFQLQEEEE LLGYHMWEGV W YSGGVTGF GDKEPGEHFL VALPNLYGAG GSPMQAGGKH FSSHAASAAR ARLATLAQKR LEEAMQQRER QSVSQN

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome c reductase

+
分子 #8: QCR8/TGGT1_227910

分子名称: QCR8/TGGT1_227910 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.391657 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列:
MAASRLCQYL AGRGQTGLLS LSAPRLGAPK FERKMLGSYP VSPEFEMVWR DRLTAHGGYI QQTISPYQLK FIYPFWHTFF ARCWCKCSA YAWPWVWPGL ITFGLVKKMN HDVEEDIRDH YWY

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #9: Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein

分子名称: Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.290577 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列:
MHFSGVFLRT SRVFLASESS AAGSKVAKSL PGIRFGNPWR DDYPEWIWKS LRVSRKDKDM FAPFFKLLNA TKLYEYCLKD NRRYCMFVM GVGLVSSWMW SEWWNSVWRR INKGKLYNDV PYVYPEEDE

UniProtKB: Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein

+
分子 #10: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 9.455947 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列:
MSRAVYAKLW ASTAQYTQRR HYAWYQIWSR VIPWSVPWGI FAMWMVFPAM PVEYRQALTF GIWQKPNIGT HGPDPADAKK

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #11: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.250601 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列:
MATHNCLRQT AAQMLGQNAN VFRFFSKSAP SRPSGNVALE SVKNAAVAET ETFAGRANVA AGTGKLEGSL LPPPHIPGIR RAPREPASP KMAGMEGRMP VRLPPEGSRF RQYVDPRADV YFPLTAVLVT LGPLYMFSKA FF

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #12: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 11.723664 KDa
組換発現生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
配列文字列:
MNCPNLPAPE EFVVPVFSAG PPVGKNCFHC GIRLRRGHSS PTYSFPPYCV TMSYGNGTVL MPIVRRVFIG ALVGIYAYAA TDVVLIPGY AQLMQKWKKG SSTPAHGGGH

UniProtKB: Transmembrane protein

+
分子 #13: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 16 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #14: 6-chloranyl-7-methoxy-2-methyl-3-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenox...

分子名称: 6-chloranyl-7-methoxy-2-methyl-3-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenoxy]phenyl]-1~{H}-quinolin-4-one
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: A1IJD
分子量理論値: 475.844 Da

+
分子 #15: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #18: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 683 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2056878
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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