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- EMDB-51105: Dissociated FMDV SAT2 Pentamer in complex with ultralong Fab117 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51105
タイトルDissociated FMDV SAT2 Pentamer in complex with ultralong Fab117
マップデータMap of SAT2 Foot and Mouth Disease pentamer unit with Fab117.
試料
  • 複合体: Complex of pentamer from Foot and Mouth Disease virus serotype SAT2 VLPs with Fab117.
    • 複合体: Pentamer from Foot and Mouth Disease Virus serotype SAT2 VLPs
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • 複合体: Fab117
      • タンパク質・ペプチド: Fab117 Heavy Chain
キーワードdisrupted / dissociated / VLP / internal epitope / pan-specific / ultralong / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Foot-and-mouth disease virus SAT 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Clarke JD / Duyvesteyn HME / Ren J / Fry EE / Owens RJ / Stuart DI / Hammond JA
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2024
タイトル: A broadly reactive ultralong bovine antibody that can determine the integrity of foot-and-mouth disease virus capsids.
著者: John D Clarke / Helen M E Duyvesteyn / Eva Perez-Martin / Undīne Latišenko / Claudine Porta / Kathleen V Humphreys / Abigail L Hay / Jingshan Ren / Elizabeth E Fry / Erwin van den Born / ...著者: John D Clarke / Helen M E Duyvesteyn / Eva Perez-Martin / Undīne Latišenko / Claudine Porta / Kathleen V Humphreys / Abigail L Hay / Jingshan Ren / Elizabeth E Fry / Erwin van den Born / Bryan Charleston / Marie Bonnet-Di Placido / Raymond J Owens / David I Stuart / John A Hammond /
要旨: Foot-and-mouth disease vaccination using inactivated virus is suboptimal, as the icosahedral viral capsids often disassemble into antigenically distinct pentameric units during long-term storage, or ...Foot-and-mouth disease vaccination using inactivated virus is suboptimal, as the icosahedral viral capsids often disassemble into antigenically distinct pentameric units during long-term storage, or exposure to elevated temperature or lowered pH, and thus raise a response that is no longer protective. Furthermore, as foot-and-mouth disease virus (FMDV)'s seven serotypes are antigenically diverse, cross-protection from a single serotype vaccine is limited, and most existing mouse and bovine antibodies and camelid single-domain heavy chain-only antibodies are serotype-specific. For quality control purposes, there is a real need for pan-serotype antibodies that clearly distinguish between pentamer (12S) and protective intact FMDV capsid. To date, few cross-serotype bovine-derived antibodies have been reported in the literature. We identify a bovine antibody with an ultralong CDR-H3, Ab117, whose structural analysis reveals that it binds to a deep, hydrophobic pocket on the interior surface of the capsid via the CDR-H3. Main-chain and hydrophobic interactions provide broad serotype specificity. ELISA analysis confirms that Ab117 is a novel pan-serotype and conformational epitope-specific 12S reagent, suitable for assessing capsid integrity.
履歴
登録2024年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of SAT2 Foot and Mouth Disease pentamer unit with Fab117.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 303.552 Å		1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 303.552 Å		1.05 Å/pix.
x 288 pix.
= 303.552 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.344
最小 - 最大-3.88694 - 6.992956
平均 (標準偏差)0.0047465707 (±0.14026685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 303.552 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of SAT2 Foot and Mouth Disease pentamer unit with Fab117.

ファイルemd_51105_half_map_1.map
注釈Half map of SAT2 Foot and Mouth Disease pentamer unit with Fab117.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of SAT2 Foot and Mouth Disease pentamer unit with Fab117.

ファイルemd_51105_half_map_2.map
注釈Half map of SAT2 Foot and Mouth Disease pentamer unit with Fab117.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of pentamer from Foot and Mouth Disease virus serotype SA...

全体名称: Complex of pentamer from Foot and Mouth Disease virus serotype SAT2 VLPs with Fab117.
要素
  • 複合体: Complex of pentamer from Foot and Mouth Disease virus serotype SAT2 VLPs with Fab117.
    • 複合体: Pentamer from Foot and Mouth Disease Virus serotype SAT2 VLPs
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • 複合体: Fab117
      • タンパク質・ペプチド: Fab117 Heavy Chain

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超分子 #1: Complex of pentamer from Foot and Mouth Disease virus serotype SA...

超分子名称: Complex of pentamer from Foot and Mouth Disease virus serotype SAT2 VLPs with Fab117.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #2: Pentamer from Foot and Mouth Disease Virus serotype SAT2 VLPs

超分子名称: Pentamer from Foot and Mouth Disease Virus serotype SAT2 VLPs
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus SAT 2 (ウイルス)
株: SAT2/ZIM/7/83

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超分子 #3: Fab117

超分子名称: Fab117 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: B-Lymphocyte

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus SAT 2 (ウイルス)
株: SAT2/Zim/7/83
分子量理論値: 24.160275 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTSSGEGADV VTTDPSTHGG AVTEKKRVHT DVAFVMDRFT HVLTNRTAFA VDLMDTNEKT LVGALLRAAT YYFCDLEIAC LGEHERVWW QPNGAPRTTT LRDNPMVFSH NNVTRFAVPY TAPHRLLSTR YNGECKYTQQ STAIRGDRAV LAAKYANTKH K LPSTFNFG ...文字列:
TTSSGEGADV VTTDPSTHGG AVTEKKRVHT DVAFVMDRFT HVLTNRTAFA VDLMDTNEKT LVGALLRAAT YYFCDLEIAC LGEHERVWW QPNGAPRTTT LRDNPMVFSH NNVTRFAVPY TAPHRLLSTR YNGECKYTQQ STAIRGDRAV LAAKYANTKH K LPSTFNFG YVTADKPVDV YYRMKRAELY CPRPLLPGYD HADRDRFDSP IGVKKQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus SAT 2 (ウイルス)
株: SAT2/Zim/7/83
分子量理論値: 24.631531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRHG TTTSTTQSSV GITYGYADAD SFRPGPNTSG LETRVEQAER FFKEKLFDWT SDKPFGTLYV LELPKDHKG IYGYLTDAYT YMRNGWDVQV SATSTQFNGG SLLVAMVPEL CSLKDREEFQ LSLYPHQFIN PRTNTTAHIQ V PYLGVNRH ...文字列:
DKKTEETTLL EDRILTTRHG TTTSTTQSSV GITYGYADAD SFRPGPNTSG LETRVEQAER FFKEKLFDWT SDKPFGTLYV LELPKDHKG IYGYLTDAYT YMRNGWDVQV SATSTQFNGG SLLVAMVPEL CSLKDREEFQ LSLYPHQFIN PRTNTTAHIQ V PYLGVNRH DQGKRHQAWS LVVMVLTPLT TEAQMQSGTV EVYANIAPTN VFVAGEKPAK Q

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus SAT 2 (ウイルス)
株: SAT2/Zim/7/83
分子量理論値: 24.620328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GIIPVACFDG YGGFQNTDPK TADPIYGYVY NPSRNDCHGR YSNLLDVAEA CPTFLNFDGK PYVVTKNNGD KVMTCFDVAF THKVHKNTF LAGLADYYAQ YQGSLNYHFM YTGPTHHKAK FMVAYIPPGI ETDRLPKTPE DAAHCYHSEW DTGLNSQFTF A VPYVSASD ...文字列:
GIIPVACFDG YGGFQNTDPK TADPIYGYVY NPSRNDCHGR YSNLLDVAEA CPTFLNFDGK PYVVTKNNGD KVMTCFDVAF THKVHKNTF LAGLADYYAQ YQGSLNYHFM YTGPTHHKAK FMVAYIPPGI ETDRLPKTPE DAAHCYHSEW DTGLNSQFTF A VPYVSASD FSYTHTDTPA MATTNGWVAV FQVTDTHSAE AAVVVSVSAG PDLEFRFPVD PVRQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Fab117 Heavy Chain

分子名称: Fab117 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 細胞: B-Lymphocyte
分子量理論値: 32.247385 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAQV QLRESGPSLV KPSQTLSLTC TASGFSLSDK AVGWVRQAPG KALEWLGSVD SGGNTGYNP GLKSRLSITK DNSKSQVSLS VSSVTTEDSA TYYCTTVLQQ TTKKENNCPD GYSCGYRCRS GWGCSGDECC G RRGGGWGS ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAQV QLRESGPSLV KPSQTLSLTC TASGFSLSDK AVGWVRQAPG KALEWLGSVD SGGNTGYNP GLKSRLSITK DNSKSQVSLS VSSVTTEDSA TYYCTTVLQQ TTKKENNCPD GYSCGYRCRS GWGCSGDECC G RRGGGWGS IELIACCSST YIHEFHVDAW GQGLLVTVSS ASTTAPKVYP LSSCCGDKSS STVTLGCLVS SYMPEPVTVT WN SGALKSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSMV TVPGSTSGTQ TFTCNVAHPA SSTKVDKAVD PRCGKHHHHH H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.55
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
150.0 mMNH2C(CH2OH)3HClTrizma-Hydrochloride
40.0 mMNa3PO4Sodium Phosphate

詳細: 150 mM NaCl, 150 mM Tris-HCl, 40 mM Na3PO4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Grids glow discharged using Harrick Plasma PDC-002-CE on 'High' setting.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in air atmosphere..
詳細Foot and mouth disease virus SAT2 serotype virus like particle pentamer unit incubated with Fab117.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10965 / 平均露光時間: 4.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 267890
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5aca

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 110210
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9g6v:
Dissociated FMDV SAT2 Pentamer in complex with ultralong Fab117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る