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タイトルA broadly reactive ultralong bovine antibody that can determine the integrity of foot-and-mouth disease virus capsids.
ジャーナル・号・ページJ Gen Virol, Vol. 105, Issue 10, Year 2024
掲載日2024年10月18日
著者John D Clarke / Helen M E Duyvesteyn / Eva Perez-Martin / Undīne Latišenko / Claudine Porta / Kathleen V Humphreys / Abigail L Hay / Jingshan Ren / Elizabeth E Fry / Erwin van den Born / Bryan Charleston / Marie Bonnet-Di Placido / Raymond J Owens / David I Stuart / John A Hammond /
PubMed 要旨Foot-and-mouth disease vaccination using inactivated virus is suboptimal, as the icosahedral viral capsids often disassemble into antigenically distinct pentameric units during long-term storage, or ...Foot-and-mouth disease vaccination using inactivated virus is suboptimal, as the icosahedral viral capsids often disassemble into antigenically distinct pentameric units during long-term storage, or exposure to elevated temperature or lowered pH, and thus raise a response that is no longer protective. Furthermore, as foot-and-mouth disease virus (FMDV)'s seven serotypes are antigenically diverse, cross-protection from a single serotype vaccine is limited, and most existing mouse and bovine antibodies and camelid single-domain heavy chain-only antibodies are serotype-specific. For quality control purposes, there is a real need for pan-serotype antibodies that clearly distinguish between pentamer (12S) and protective intact FMDV capsid. To date, few cross-serotype bovine-derived antibodies have been reported in the literature. We identify a bovine antibody with an ultralong CDR-H3, Ab117, whose structural analysis reveals that it binds to a deep, hydrophobic pocket on the interior surface of the capsid via the CDR-H3. Main-chain and hydrophobic interactions provide broad serotype specificity. ELISA analysis confirms that Ab117 is a novel pan-serotype and conformational epitope-specific 12S reagent, suitable for assessing capsid integrity.
リンクJ Gen Virol / PubMed:39422666 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 Å
構造データ

51105

9g6v

EMDB-51105, PDB-9g6v:
Dissociated FMDV SAT2 Pentamer in complex with ultralong Fab117
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • foot-and-mouth disease virus sat 2 (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / disrupted / dissociated / VLP / internal epitope / pan-specific / ultralong

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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