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万見
- EMDB-51072: AMo stained beta-galactosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51072
タイトルAMo stained beta-galactosidase
マップデータbeta-galactosidase, tetramer
試料
  • 複合体: tetrameric complex of beta-galactosidase
    • タンパク質・ペプチド: beta galactoside
キーワードhydrolysis / metabolism / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.06 Å
データ登録者Gunkel M / Behrmann E
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST 216/512/1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2024
タイトル: Revisiting sodium phosphotungstate and ammonium molybdate as nonradioactive negative-staining agents for single-particle analysis.
著者: Monika Gunkel / Arthur Macha / Elmar Behrmann /
要旨: This study reports the successful replacement of uranyl-based stains by either sodium phosphotungstate or ammonium molybdate in negative-staining electron microscopy. Using apoferritin as a test ...This study reports the successful replacement of uranyl-based stains by either sodium phosphotungstate or ammonium molybdate in negative-staining electron microscopy. Using apoferritin as a test specimen, it is demonstrated that in combination with a facile on-grid fixation step, both stains yield comparable images to uranyl formate. Subsequently, using β-galactosidase, it is shown that both stains can also successfully be employed for single-particle analysis, yielding virtually indistinguishable results from uranyl formate. As both replacement stains are nonradioactive, they are not subjected to the same handling restrictions as uranyl-based stains. Therefore they are not only cheaper to use, but also make decentralized sample-grid preparation, directly after purification, accessible to a broader range of scientists.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈beta-galactosidase, tetramer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.86 Å/pix.
x 180 pix.
= 334.8 Å		1.86 Å/pix.
x 180 pix.
= 334.8 Å		1.86 Å/pix.
x 180 pix.
= 334.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.11901437 - 1.9702744
平均 (標準偏差)0.029796086 (±0.18789606)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 334.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: beta-galactosidase, tetramer, halfmap odd

ファイルemd_51072_half_map_1.map
注釈beta-galactosidase, tetramer, halfmap odd
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: beta-galactosidase, tetramer, halfmap even

ファイルemd_51072_half_map_2.map
注釈beta-galactosidase, tetramer, halfmap even
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : tetrameric complex of beta-galactosidase

全体名称: tetrameric complex of beta-galactosidase
要素
  • 複合体: tetrameric complex of beta-galactosidase
    • タンパク質・ペプチド: beta galactoside

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超分子 #1: tetrameric complex of beta-galactosidase

超分子名称: tetrameric complex of beta-galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 466 KDa

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分子 #1: beta galactoside

分子名称: beta galactoside / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-galactosidase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEA VPESWLECDL PEADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN P TGCYSLTF NVDESWLQEG QTRIIFDGVN SAFHLWCNGR WVGYGQDSRL ...文字列:
MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEA VPESWLECDL PEADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN P TGCYSLTF NVDESWLQEG QTRIIFDGVN SAFHLWCNGR WVGYGQDSRL PSEFDLSAFL RA GENRLAV MVLRWSDGSY LEDQDMWRMS GIFRDVSLLH KPTTQISDFH VATRFNDDFS RAV LEAEVQ MCGELRDYLR VTVSLWQGET QVASGTAPFG GEIIDERGGY ADRVTLRLNV ENPK LWSAE IPNLYRAVVE LHTADGTLIE AEACDVGFRE VRIENGLLLL NGKPLLIRGV NRHEH HPLH GQVMDEQTMV QDILLMKQNN FNAVRCSHYP NHPLWYTLCD RYGLYVVDEA NIETHG MVP MNRLTDDPRW LPAMSERVTR MVQRDRNHPS VIIWSLGNES GHGANHDALY RWIKSVD PS RPVQYEGGGA DTTATDIICP MYARVDEDQP FPAVPKWSIK KWLSLPGETR PLILCEYA H AMGNSLGGFA KYWQAFRQYP RLQGGFVWDW VDQSLIKYDE NGNPWSAYGG DFGDTPNDR QFCMNGLVFA DRTPHPALTE AKHQQQFFQF RLSGQTIEVT SEYLFRHSDN ELLHWMVALD GKPLASGEV PLDVAPQGKQ LIELPELPQP ESAGQLWLTV RVVQPNATAW SEAGHISAWQ Q WRLAENLS VTLPAASHAI PHLTTSEMDF CIELGNKRWQ FNRQSGFLSQ MWIGDKKQLL TP LRDQFTR APLDNDIGVS EATRIDPNAW VERWKAAGHY QAEAALLQCT ADTLADAVLI TTA HAWQHQ GKTLFISRKT YRIDGSGQMA ITVDVEVASD TPHPARIGLN CQLAQVAERV NWLG LGPQE NYPDRLTAAC FDRWDLPLSD MYTPYVFPSE NGLRCGTREL NYGPHQWRGD FQFNI SRYS QQQLMETSHR HLLHAEEGTW LNIDGFHMGI GGDDSWSPSV SAEFQLSAGR YHYQLV WCQ K

UniProtKB: Beta-galactosidase

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
50.0 mMSodiumclorideNaCl
2.0 mMMagnesiumchlorideMgCl2
0.5 mMTCEP

詳細: 25 mM Tris at pH 8, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Ammonium Molybdate
詳細: Negative stained EM specimens were prepared using ammonium Molybdate negative staining.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 246 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 33.0 e/Å2 / 詳細: 163 were used
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 15955
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 7919
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6x1q


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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