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万見
- EMDB-5102: Immature Dengue Virus (DENV) in complex with Fab fragments of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5102
タイトルImmature Dengue Virus (DENV) in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53
マップデータCryoEM reconstruction of immature Dengue Virus (DENV) in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53.
試料
  • 試料: Immature Dengue Virus complexed with E53 Fab
  • ウイルス: Immature Dengue Virus
キーワードDengue Virus / DENV / immature / fusion loop / Fab / E53
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Immature Dengue Virus
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Cherrier MV / Kaufmann B / Nybakken GE / Lok SM / Warren JT / Nelson CA / Kostyuchenko VA / Holdaway HA / Chipman PR / Kuhn RJ ...Cherrier MV / Kaufmann B / Nybakken GE / Lok SM / Warren JT / Nelson CA / Kostyuchenko VA / Holdaway HA / Chipman PR / Kuhn RJ / Diamond MS / Rossmann MG / Fremont DH
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the preferential recognition of immature flaviviruses by a fusion-loop antibody.
著者: Mickaël V Cherrier / Bärbel Kaufmann / Grant E Nybakken / Shee-Mei Lok / Julia T Warren / Beverly R Chen / Christopher A Nelson / Victor A Kostyuchenko / Heather A Holdaway / Paul R Chipman ...著者: Mickaël V Cherrier / Bärbel Kaufmann / Grant E Nybakken / Shee-Mei Lok / Julia T Warren / Beverly R Chen / Christopher A Nelson / Victor A Kostyuchenko / Heather A Holdaway / Paul R Chipman / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Michael G Rossmann / Daved H Fremont /
要旨: Flaviviruses are a group of human pathogens causing severe encephalitic or hemorrhagic diseases that include West Nile, dengue and yellow fever viruses. Here, using X-ray crystallography we have ...Flaviviruses are a group of human pathogens causing severe encephalitic or hemorrhagic diseases that include West Nile, dengue and yellow fever viruses. Here, using X-ray crystallography we have defined the structure of the flavivirus cross-reactive antibody E53 that engages the highly conserved fusion loop of the West Nile virus envelope glycoprotein. Using cryo-electron microscopy, we also determined that E53 Fab binds preferentially to spikes in noninfectious, immature flavivirions but is unable to bind significantly to mature virions, consistent with the limited solvent exposure of the epitope. We conclude that the neutralizing impact of E53 and likely similar fusion-loop-specific antibodies depends on its binding to the frequently observed immature component of flavivirus particles. Our results elucidate how fusion-loop antibodies, which comprise a significant fraction of the humoral response against flaviviruses, can function to control infection without appreciably recognizing mature virions. As these highly cross-reactive antibodies are often weakly neutralizing they also may contribute to antibody-dependent enhancement and flavi virus pathogenesis thereby complicating development of safe and effective vaccines.
履歴
登録2009年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年2月27日-
マップ公開2009年9月10日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-3c6d
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  • 原子モデルPDB-3c6d
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3ixy
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5102_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5102.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 74.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM reconstruction of immature Dengue Virus (DENV) in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
2.69 Å/pix.
x 271 pix.
= 728.99 Å		2.69 Å/pix.
x 271 pix.
= 728.99 Å		2.69 Å/pix.
x 271 pix.
= 728.99 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-7.60900021 - 5.1560998
平均 (標準偏差)-0.00172193 (±0.99465996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-135-135-135
サイズ271271271
Spacing271271271
セルA=B=C: 728.99 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.692.692.69
M x/y/z271271271
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z728.990728.990728.990
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-135-135-135
NX/NY/NZ271271271
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-135-135-135
NC/NR/NS271271271
D min/max/mean-7.6095.156-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Immature Dengue Virus complexed with E53 Fab

全体名称: Immature Dengue Virus complexed with E53 Fab
要素
  • 試料: Immature Dengue Virus complexed with E53 Fab
  • ウイルス: Immature Dengue Virus

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超分子 #1000: Immature Dengue Virus complexed with E53 Fab

超分子名称: Immature Dengue Virus complexed with E53 Fab / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: T1 icosahedron with three E monomers and two Fab per asymmetric unit
Number unique components: 2
分子量理論値: 24.4 MDa

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超分子 #1: Immature Dengue Virus

超分子名称: Immature Dengue Virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Immature Dengue Virus / 生物種: Immature Dengue Virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Immature Dengue Virus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 18.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Guillotine-style plunge freezeing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT / Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細low dose
日付2008年4月4日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.69 µm / 実像数: 23 / 平均電子線量: 15.0 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47244 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.728 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.876 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: EUCENTRIC / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細400 mesh copper grid
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, XMIPP / 使用した粒子像数: 2741

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3c6d

ソフトウェア名称: EMFIT
詳細Protocol: Rigid Body. Each E molecule was divided into two rigid bodies, DI-DIII and DII-pr
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3c6d:
The pseudo-atomic structure of dengue immature virus

PDB-3ixy:
The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3c5x

ソフトウェア名称: EMFIT
詳細Protocol: Rigid Body. Each E molecule was divided into two rigid bodies, DI-DIII and DII-pr
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3c6d:
The pseudo-atomic structure of dengue immature virus

PDB-3ixy:
The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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