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万見
- EMDB-50891: Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-Mac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50891
タイトルCryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam
マップデータCryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-macrobody 5 and Levetiracetam
試料
  • 複合体: SV2A bound to TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam
    • 複合体: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
      • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
    • 複合体: TeNT-Hc
      • タンパク質・ペプチド: Tetanus toxin heavy chain
    • 複合体: Pro-Macrobody 5
      • タンパク質・ペプチド: Pro-Macrobody 5,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside
  • リガンド: (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide
キーワードsynaptic vesicles / MFS transporter / MEMBRANE PROTEIN / epilepsy / Levetiracetam / clostridial neurotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / synaptic vesicle priming / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / protein transmembrane transporter activity ...tentoxilysin / symbiont-mediated perturbation of host neurotransmitter secretion / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / synaptic vesicle priming / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / presynaptic active zone / transmembrane transporter activity / protein transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / GABA-ergic synapse / cell chemotaxis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / neuromuscular junction / metalloendopeptidase activity / intracellular calcium ion homeostasis / synaptic vesicle membrane / endocytic vesicle membrane / cell-cell junction / outer membrane-bounded periplasmic space / toxin activity / periplasmic space / neuron projection / DNA damage response / protein kinase binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SV2A/B/C luminal domain / Synaptic vesicle protein SV2 / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain ...: / SV2A/B/C luminal domain / Synaptic vesicle protein SV2 / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / MFS transporter superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptic vesicle glycoprotein 2A / Tetanus toxin / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ) / Clostridium tetani E88 (破傷風菌) / Lama glama (ラマ) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Schenck S / Brunner JD
資金援助 ベルギー, 1件
OrganizationGrant number国
Vrije Universiteit Brussel ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of native SV2A reveal the binding mode for tetanus neurotoxin and anti-epileptic racetams.
著者: Stephan Schenck / Toon Laeremans / Jan Steyaert / Janine D Brunner /
要旨: The synaptic vesicle glycoprotein 2A (SV2A) is a synaptic vesicle (SV) resident with homology to the major facilitator superfamily (MFS) and essential in vertebrate neurotransmission. Despite its ...The synaptic vesicle glycoprotein 2A (SV2A) is a synaptic vesicle (SV) resident with homology to the major facilitator superfamily (MFS) and essential in vertebrate neurotransmission. Despite its unclear physiological role, SV2A is of high medical relevance as it is the target of the anti-epileptic drug Levetiracetam (LEV) and a receptor for clostridial neurotoxins (CNTs), among them presumably tetanus neurotoxin (TeNT). To obtain detailed insights about these molecular interactions we subjected native SV2A, purified from brain tissue, to cryo-EM. We discover that TeNT binds SV2A strikingly different from botulinum neurotoxin A and unveil the precise geometry of TeNT binding to dipartite SV2-ganglioside receptors. The structures deliver compelling support for SV2A as the protein receptor for TeNT in central neurons and reinforce the concepts of the dual receptor hypothesis for CNT entry into neurons. Further, our LEV-bound structure of SV2A reveals the drug-interacting residues, delineates a putative substrate pocket in SV2A and provides insights into the SV2-isoform-specificity of LEV. Our work has implications for CNT engineering from a hitherto unrecognized SV2 binding interface and for improved designs of anti-convulsant drugs in epilepsy treatment.
履歴
登録2024年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50891.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-macrobody 5 and Levetiracetam
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.71 Å/pix.
x 448 pix.
= 318.08 Å		0.71 Å/pix.
x 448 pix.
= 318.08 Å		0.71 Å/pix.
x 448 pix.
= 318.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0547
最小 - 最大-0.13135806 - 0.2808858
平均 (標準偏差)0.00043160154 (±0.0068635317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 318.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50891_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Phenix-density-modified map of 'Focused refienment on Levetiracetam'

ファイルemd_50891_additional_1.map
注釈Phenix-density-modified map of 'Focused refienment on Levetiracetam'
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite map

ファイルemd_50891_additional_2.map
注釈Composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement on TeNT-Gangliosides

ファイルemd_50891_additional_3.map
注釈Focused refinement on TeNT-Gangliosides
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_50891_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_50891_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : SV2A bound to TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam

全体名称: SV2A bound to TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam
要素
  • 複合体: SV2A bound to TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam
    • 複合体: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
      • タンパク質・ペプチド: Synaptic vesicle glycoprotein 2A
    • 複合体: TeNT-Hc
      • タンパク質・ペプチド: Tetanus toxin heavy chain
    • 複合体: Pro-Macrobody 5
      • タンパク質・ペプチド: Pro-Macrobody 5,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside
  • リガンド: (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide

+
超分子 #1: SV2A bound to TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam

超分子名称: SV2A bound to TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 53.6 KDa

+
超分子 #2: Synaptic vesicle glycoprotein 2A

超分子名称: Synaptic vesicle glycoprotein 2A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)

+
超分子 #3: TeNT-Hc

超分子名称: TeNT-Hc / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Clostridium tetani E88 (破傷風菌)

+
超分子 #4: Pro-Macrobody 5

超分子名称: Pro-Macrobody 5 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

+
分子 #1: Synaptic vesicle glycoprotein 2A

分子名称: Synaptic vesicle glycoprotein 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 82.640938 KDa
配列文字列: MEEGFRDRAA FIRGAKDIAK EVKKHAAKKV VKGLDRVQDE YSRRSYSRFE EEDDDDDFPA PADGYYRGEG AQDEEEGGAS SDATEGHDE DDEIYEGEYQ GIPRAESGGK GERMADGAPL AGVRGGLGDG EGPPGGRGEA QRRKEREELA QQYEAILREC G HGRFQWTL ...文字列:
MEEGFRDRAA FIRGAKDIAK EVKKHAAKKV VKGLDRVQDE YSRRSYSRFE EEDDDDDFPA PADGYYRGEG AQDEEEGGAS SDATEGHDE DDEIYEGEYQ GIPRAESGGK GERMADGAPL AGVRGGLGDG EGPPGGRGEA QRRKEREELA QQYEAILREC G HGRFQWTL YFVLGLALMA DGVEVFVVGF VLPSAEKDMC LSDSNKGMLG LIVYLGMMVG AFLWGGLADR LGRRQCLLIS LS VNSVFAF FSSFVQGYGT FLFCRLLSGV GIGGSIPIVF SYFSEFLAQE KRGEHLSWLC MFWMIGGVYA AAMAWAIIPH YGW SFQMGS AYQFHSWRVF VLVCAFPSVF AIGALTTQPE SPRFFLENGK HDEAWMVLKQ VHDTNMRAKG HPERVFSVTH IKTI HQEDE LIEIQSDTGA WYQRWGVRAL SLGGQVWGNF LSCFGPEYRR ITLMMMGVWF TMSFSYYGLT VWFPDMIRHL QAVDY AART KVFPGERVEH VTFNFTLENQ IHRGGQYFND KFIGLRLKSV SFEDSLFEEC YFEDVTSSNT FFRNCTFINT VFYNTD LFE YKFVNSRLVN STFLHNKEGC PLDVTGTGEG AYMVYFVSFL GTLAVLPGNI VSALLMDKIG RLRMLAGSSV MSCVSCF FL SFGNSESAMI ALLCLFGGVS IASWNALDVL TVELYPSDKR TTAFGFLNAL CKLAAVLGIS IFTSFVGITK AAPILFAS A ALALGSSLAL KLPETRGQVL Q

UniProtKB: Synaptic vesicle glycoprotein 2A

+
分子 #2: Tetanus toxin heavy chain

分子名称: Tetanus toxin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetani E88 (破傷風菌)
分子量理論値: 53.718535 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MGKHHHHHHH HHHGSASLEV LFQGPSHMED IDVILKKSTI LNLDINNDII SDISGFNSSV ITYPDAQLVP GINGKAIHLV NNESSEVIV HKAMDIEYND MFNNFTVSFW LRVPKVSASH LEQYGTNEYS IISSMKKHSL SIGSGWSVSL KGNNLIWTLK D SAGEVRQI ...文字列:
MGKHHHHHHH HHHGSASLEV LFQGPSHMED IDVILKKSTI LNLDINNDII SDISGFNSSV ITYPDAQLVP GINGKAIHLV NNESSEVIV HKAMDIEYND MFNNFTVSFW LRVPKVSASH LEQYGTNEYS IISSMKKHSL SIGSGWSVSL KGNNLIWTLK D SAGEVRQI TFRDLPDKFN AYLANKWVFI TITNDRLSSA NLYINGVLMG SAEITGLGAI REDNNITLKL DRCNNNNQYV SI DKFRIFC KALNPKEIEK LYTSYLSITF LRDFWGNPLR YDTEYYLIPV ASSSKDVQLK NITDYMYLTN APSYTNGKLN IYY RRLYNG LKFIIKRYTP NNEIDSFVKS GDFIKLYVSY NNNEHIVGYP KDGNAFNNLD RILRVGYNAP GIPLYKKMEA VKLR DLKTY SVQLKLYDDK NASLGLVGTH NGQIGNDPNR DILIASNWYF NHLKDKILGC DWYFVPTDEG WTND

UniProtKB: Tetanus toxin

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分子 #3: Pro-Macrobody 5,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,...

分子名称: Pro-Macrobody 5,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 53.674238 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: GPSQVQLVES GGGLVQAGGS LRLSCAASGR TFSRFIMGWF RQAPGKEREF VAAVGKSGDT TYYADSMSGR FAISRDNAKN TVYLQMISL KPEDTAVYYC AADSSYFYHT HESEYDYWGQ GTQVTVPPLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE H PDKLEEKF ...文字列:
GPSQVQLVES GGGLVQAGGS LRLSCAASGR TFSRFIMGWF RQAPGKEREF VAAVGKSGDT TYYADSMSGR FAISRDNAKN TVYLQMISL KPEDTAVYYC AADSSYFYHT HESEYDYWGQ GTQVTVPPLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE H PDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDRF GGYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NK DLLPNPP KTWEEIPALD KELKAKGKSA LMFNLQEPYF TWPLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLI KNKHMN ADTDYSIAEA AFNKGETAMT INGPWAWSNI DTSKVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEF LENYL LTDEGLEAVN KDKPLGAVAL KSYEEELAKD PRIAATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDE ALKD AQTPGA

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #7: omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside

分子名称: omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 6UZ
分子量理論値: 494.573 Da
Chemical component information

ChemComp-6UZ:
omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside

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分子 #8: (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide

分子名称: (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: UKX
分子量理論値: 170.209 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Hepes-NaOH 7.5, 150 mM NaCl, 3 mM maltose, 0.03 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside, 0.006% cholesterol hemisuccinate, 250 uM Levetiracetam
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 17809 / 平均露光時間: 2.796 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. cryoSPARC-v.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. cryoSPARC-v.4) / 使用した粒子像数: 158703
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9fyr:
Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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