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- EMDB-50864: Structure of the Sabia Virus spike complex in a closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50864
タイトルStructure of the Sabia Virus spike complex in a closed conformation
マップデータUnfiltered map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Spike complex of Sabia virus
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water
キーワードClass-I spike complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Sabia virus (サビアウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Diskin R / Cohen-Dvashi H
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation209/20 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Metal-induced conformational changes in the Sabiá virus spike complex.
著者: Hadas Cohen-Dvashi / Michael Katz / Ron Diskin /
要旨: Haemorrhagic fever viruses from the Arenaviridae are a source of concern owing to their potential to cause lethal outbreaks and the lack of effective therapeutics. While structures of spike proteins ...Haemorrhagic fever viruses from the Arenaviridae are a source of concern owing to their potential to cause lethal outbreaks and the lack of effective therapeutics. While structures of spike proteins from 'Old World' arenaviruses are available, the differences and similarities to 'New World' arenaviruses, such as the Sabiá virus, remain unclear owing to the lack of New World spike structures. Here we present the structure of the isolated spike complex from the Sabiá virus, which mediates viral attachment and entry to the host cells, using single-particle cryo-electron microscopy. We find two distinct conformational states of the spike, representing its native closed state at 2.6 Å resolution and an open state at 2.9 Å resolution that it assumes during cell entry. In addition, we show that the opening of the spike and subsequent cell entry are dependent on acidic pH and an unidentified metal ion. Our study suggests potential differences in the cell entry mechanisms of clade B arenaviruses compared with others in the Arenaviridae family.
履歴
登録2024年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.1972377 - 0.4749515
平均 (標準偏差)0.0009098635 (±0.01588337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local resolution-filtered map

ファイルemd_50864_additional_1.map
注釈Local resolution-filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_50864_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_50864_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike complex of Sabia virus

全体名称: Spike complex of Sabia virus
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Spike complex of Sabia virus
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Spike complex of Sabia virus

超分子名称: Spike complex of Sabia virus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Sabia virus (サビアウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein G1

分子名称: Glycoprotein G1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sabia virus (サビアウイルス)
分子量理論値: 22.594738 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FRIGRSTELQ NITFDMLKVF EDHPTSCMVN HSTYYVHENK NATWCLEVSV TDVTLLMAEH DRQVLNNLSN CVHPAVEHRS RMVGLLEWI FRALKYDFNH DPTPLCQKQT STVNETRVQI NITEGFGSHG FEDTILQRLG VLFGSRIAFS NIQDLGKKRF L LIRNSTWK ...文字列:
FRIGRSTELQ NITFDMLKVF EDHPTSCMVN HSTYYVHENK NATWCLEVSV TDVTLLMAEH DRQVLNNLSN CVHPAVEHRS RMVGLLEWI FRALKYDFNH DPTPLCQKQT STVNETRVQI NITEGFGSHG FEDTILQRLG VLFGSRIAFS NIQDLGKKRF L LIRNSTWK NQCEMNHVNS MHLMLANAGR SSGSRRPL

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #2: Glycoprotein G2

分子名称: Glycoprotein G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sabia virus (サビアウイルス)
分子量理論値: 28.552533 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GIFSWTITDA VGNDMPGGYC LERWMLVTSD LKCFGNTALA KCNLDHDSEF CDMLKLFEFN KKAIETLNDN TKNKVNLLTH SINALISDN LLMKNRLKEL LNTPYCNYTK FWYVNHTASG EHSLPRCWLV RNNSYLNESE FRNDWIIESD HLLSEMLNKE Y IDRQGKTP ...文字列:
GIFSWTITDA VGNDMPGGYC LERWMLVTSD LKCFGNTALA KCNLDHDSEF CDMLKLFEFN KKAIETLNDN TKNKVNLLTH SINALISDN LLMKNRLKEL LNTPYCNYTK FWYVNHTASG EHSLPRCWLV RNNSYLNESE FRNDWIIESD HLLSEMLNKE Y IDRQGKTP LTLVDICFWS TLFFTTTLFL HLVGFPTHRH IRGEPCPLPH RLNSRGGCRC GKYPELKKPI TWHKNHGGGS DY KDDDDK

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #7: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 114761
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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