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- EMDB-50672: A 3.3A sub-tomogram average of HIV-1 CA-SP1 from 5 tomograms in E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50672
タイトルA 3.3A sub-tomogram average of HIV-1 CA-SP1 from 5 tomograms in EMPIAR-10164 obtained using RELION 5
マップデータUnmasked map after running the final 'Post-processing' job in RELION 5.
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードvirus-like particle / enveloped / empty / VIRUS
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Toader B / Scheres SHW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
引用
ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2024
タイトル: An image processing pipeline for electron cryo-tomography in RELION-5.
著者: Alister Burt / Bogdan Toader / Rangana Warshamanage / Andriko von Kügelgen / Euan Pyle / Jasenko Zivanov / Dari Kimanius / Tanmay A M Bharat / Sjors H W Scheres /
要旨: Electron tomography of frozen, hydrated samples allows structure determination of macromolecular complexes that are embedded in complex environments. Provided that the target complexes may be ...Electron tomography of frozen, hydrated samples allows structure determination of macromolecular complexes that are embedded in complex environments. Provided that the target complexes may be localised in noisy, three-dimensional tomographic reconstructions, averaging images of multiple instances of these molecules can lead to structures with sufficient resolution for de novo atomic modelling. Although many research groups have contributed image processing tools for these tasks, a lack of standardisation and interoperability represents a barrier for newcomers to the field. Here, we present an image processing pipeline for electron tomography data in RELION-5, with functionality ranging from the import of unprocessed movies to the automated building of atomic models in the final maps. Our explicit definition of metadata items that describe the steps of our pipeline has been designed for interoperability with other software tools and provides a framework for further standardisation.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: An image processing pipeline for electron cryo-tomography in RELION-5
著者: Burt A / Toader B / Warshamanage R / von Kugelgen A / Pyle E / Zivanov J / Kimanius D / Bharat T / Scheres S
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50672.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50672.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unmasked map after running the final 'Post-processing' job in RELION 5.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 259.2 Å		1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 259.2 Å		1.35 Å/pix.
x 192 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.89
最小 - 最大-5.142007 - 7.8236
平均 (標準偏差)-0.00000000000776 (±0.5653958)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50672_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map from the final 'Reconstruct particle' job in RELION 5.

ファイルemd_50672_half_map_1.map
注釈Half-map from the final 'Reconstruct particle' job in RELION 5.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map from the final 'Reconstruct particle' job in RELION 5.

ファイルemd_50672_half_map_2.map
注釈Half-map from the final 'Reconstruct particle' job in RELION 5.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用したサブトモグラム数: 9038
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 36088 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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