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- EMDB-50617: Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50617
タイトルCoxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313)
マップデータDensity map of Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) obtained by cryoEM and single-particle processing in cryoSPARC at global resolution 2.69 A.
試料
  • ウイルス: Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline
キーワードAntiviral / capsid stabilizer / hydrophobic pocket / cryoEM / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス) / Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Plavec Z / Butcher SJ / Mitchell C / Buckner C
資金援助 フィンランド, 3件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland315950 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation95-7202-38 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2024
タイトル: SAR Analysis of Novel Coxsackie virus A9 Capsid Binders.
著者: Chiara Tammaro / Zlatka Plavec / Laura Myllymäki / Cristopher Mitchell / Sara Consalvi / Mariangela Biava / Alessia Ciogli / Aušra Domanska / Valtteri Leppilampi / Cienna Buckner / Simone ...著者: Chiara Tammaro / Zlatka Plavec / Laura Myllymäki / Cristopher Mitchell / Sara Consalvi / Mariangela Biava / Alessia Ciogli / Aušra Domanska / Valtteri Leppilampi / Cienna Buckner / Simone Manetto / Pietro Sciò / Antonio Coluccia / Mira Laajala / Giulio M Dondio / Chiara Bigogno / Varpu Marjomäki / Sarah J Butcher / Giovanna Poce /
要旨: Enterovirus infections are common in humans, yet there are no approved antiviral treatments. In this study we concentrated on inhibition of one of the (EV-B), namely Coxsackievirus A9 (CVA9), using ...Enterovirus infections are common in humans, yet there are no approved antiviral treatments. In this study we concentrated on inhibition of one of the (EV-B), namely Coxsackievirus A9 (CVA9), using a combination of medicinal chemistry, virus inhibition assays, structure determination from cryogenic electron microscopy and molecular modeling, to determine the structure activity relationships for a promising class of novel -phenylbenzylamines. Of the new 29 compounds synthesized, 10 had half maximal effective concentration (EC) values between 0.64-10.46 μM, and of these, 7 had 50% cytotoxicity concentration (CC) values higher than 200 μM. In addition, this new series of compounds showed promising physicochemical properties and act through capsid stabilization, preventing capsid expansion and subsequent release of the genome.
履歴
登録2024年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50617.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) obtained by cryoEM and single-particle processing in cryoSPARC at global resolution 2.69 A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 450 pix.
= 436.5 Å		0.97 Å/pix.
x 450 pix.
= 436.5 Å		0.97 Å/pix.
x 450 pix.
= 436.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.4800019 - 1.2811129
平均 (標準偏差)0.03351838 (±0.12779804)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 436.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map of Coxsackievirus A9 bound with compound...

ファイルemd_50617_half_map_1.map
注釈Half map of Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) obtained by cryoEM and single-particle processing in cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of Coxsackievirus A9 bound with compound...

ファイルemd_50617_half_map_2.map
注釈Half map of Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) obtained by cryoEM and single-particle processing in cryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A9

全体名称: Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
要素
  • ウイルス: Coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline

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超分子 #1: Coxsackievirus A9

超分子名称: Coxsackievirus A9 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Coxsackievirus A9 was propagated on green monkey kidney cells and purified on a sucrose gradient.
NCBI-ID: 12067 / 生物種: Coxsackievirus A9 / Sci species strain: Griggs / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: icosahedral capsid / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.86902 KDa
配列文字列: GDVEEAIERA VVHVADTMRS GPSNSASVPA LTAVETGHTS QVTPSDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLGR SACVYMEEYK TTDNDVNKK FVAWPINTKQ MVQMRRKLEM FTYLRFDMEV TFVITSRQDP GTTLAQDMPV LTHQIMYVPP GGPIPAKVDD Y AWQTSTNP ...文字列:
GDVEEAIERA VVHVADTMRS GPSNSASVPA LTAVETGHTS QVTPSDTMQT RHVKNYHSRS ESTVENFLGR SACVYMEEYK TTDNDVNKK FVAWPINTKQ MVQMRRKLEM FTYLRFDMEV TFVITSRQDP GTTLAQDMPV LTHQIMYVPP GGPIPAKVDD Y AWQTSTNP SIFWTEGNAP ARMSIPFISI GNAYSNFYDG WSNFDQRGSY GYNTLNNLGH IYVRHVSGSS PHPITSTIRV YF KPKHTRA WVPRPPRLCQ YKKAFSVDFT PTPITDTRKD INTVTTVAQS RRRGDMSTLN TH

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 28.885518 KDa
配列文字列: SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGRWPT YLRDDEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSIK WEKGSVGWWW KFPEALSDM GLFGQNMQYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGGAVVGQ AFSATAMANG DKAYEFTSAT Q SDQTKVQT ...文字列:
SPTVEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGRWPT YLRDDEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLDSIK WEKGSVGWWW KFPEALSDM GLFGQNMQYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGGAVVGQ AFSATAMANG DKAYEFTSAT Q SDQTKVQT AIHNAGMGVG VGNLTIYPHQ WINLRTNNSA TIVMPYINSV PMDNMFRHYN FTLMVIPFVK LDYADTASTY VP ITVTVAP MCAEYNGLRL AQAQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.335072 KDa
配列文字列: GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPCALPQFDV TPSMNIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVQD TTDQMEMFRI PVTINAPLQQ QVFGLRLQP GLDSVFKHTL LGEILNYYAH WSGSMKLTFV FCGSAMATGK FLIAYSPPGA NPPKTRKDAM LGTHIIWDIG L QSSCVLCV ...文字列:
GLPTMNTPGS TQFLTSDDFQ SPCALPQFDV TPSMNIPGEV KNLMEIAEVD SVVPVNNVQD TTDQMEMFRI PVTINAPLQQ QVFGLRLQP GLDSVFKHTL LGEILNYYAH WSGSMKLTFV FCGSAMATGK FLIAYSPPGA NPPKTRKDAM LGTHIIWDIG L QSSCVLCV PWISQTHYRL VQQDEYTSAG YVTCWYQTGM IVPPGTPNSS SIMCFASACN DFSVRMLRDT PFISQDNKLQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coxsackievirus A9 (strain Griggs) (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 7.352039 KDa
配列文字列:
GAQVSTQKTG AHETSLSAAG NSIIHYTNIN YYKDAASNSA NRQDFTQDPS KFTEPVKDVM IKSLPALN

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-y...

分子名称: ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1IEH
分子量理論値: 331.403 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s..
詳細Compound 19 (CL313) was solubilized in DMSO and diluted to the final concentration in PBS + 2 mM MgCl2. Purified Coxsackievirus A9 was incubated with compound 19 (CL313) for 1h at 37C after which the sample was vitrified on a semi-automatic plunger Leica EM GP on copper Quantifoil R1.2/1.3 grids with thin carbon film and 300 mesh. This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 93.15 K / 最高: 103.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 1496 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1496 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 630 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 27004
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated in cryoSPARC utilising Ab Initio model protocol.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement job in cryoSPARC was used for final reconstruction angle assignment
使用した粒子像数: 22525
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0)
ソフトウェア - 詳細: Protocol for Ab Initio implemented in cryoSPARC was used for model creation
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / ソフトウェア - 詳細: 3D classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8at5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化温度因子: 131.7
得られたモデル

PDB-9fo5:
Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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