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- EMDB-50587: TMEM106B filaments from Biondi bodies (Biondi variant) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50587
タイトルTMEM106B filaments from Biondi bodies (Biondi variant)
マップデータPostprocessed cryo-EM map of TMEM106B fold 1 filaments extracted from Biondi bodies
試料
  • 組織: TMEM106B Filaments
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 106B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTMEM106B / Amyloid / Biondi bodies / Choroid plexus / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / regulation of lysosome organization / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / regulation of lysosome organization / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane protein 106 / : / : / TM106 protein C-terminal domain / Transmembrane protein 106 N-terminal region
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 106B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Ghetti B / Schweighauser M / Jacobsen MH / Gray D / Bacioglu M / Murzin AG / Glazier BS / Vidal R / Newell KL / Gao S ...Ghetti B / Schweighauser M / Jacobsen MH / Gray D / Bacioglu M / Murzin AG / Glazier BS / Vidal R / Newell KL / Gao S / Garringer HJ / Spillantini MG / Scheres SHW / Goedert M
資金援助 英国, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025-1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30-AG010133 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30-AG072976 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01-NS110437 米国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2024
タイトル: TMEM106B amyloid filaments in the Biondi bodies of ependymal cells.
著者: Bernardino Ghetti / Manuel Schweighauser / Max H Jacobsen / Derrick Gray / Mehtap Bacioglu / Alexey G Murzin / Bradley S Glazier / Taxiarchis Katsinelos / Ruben Vidal / Kathy L Newell / ...著者: Bernardino Ghetti / Manuel Schweighauser / Max H Jacobsen / Derrick Gray / Mehtap Bacioglu / Alexey G Murzin / Bradley S Glazier / Taxiarchis Katsinelos / Ruben Vidal / Kathy L Newell / Sujuan Gao / Holly J Garringer / Maria Grazia Spillantini / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: Biondi bodies are filamentous amyloid inclusions of unknown composition in ependymal cells of the choroid plexuses, ependymal cells lining cerebral ventricles and ependymal cells of the central canal ...Biondi bodies are filamentous amyloid inclusions of unknown composition in ependymal cells of the choroid plexuses, ependymal cells lining cerebral ventricles and ependymal cells of the central canal of the spinal cord. Their formation is age-dependent and they are commonly associated with a variety of neurodegenerative conditions, including Alzheimer's disease and Lewy body disorders. Here, we show that Biondi bodies are strongly immunoreactive with TMEM239, an antibody specific for inclusions of transmembrane protein 106B (TMEM106B). Biondi bodies were labelled by both this antibody and the amyloid dye pFTAA. Many Biondi bodies were also labelled for TMEM106B and the lysosomal markers Hexosaminidase A and Cathepsin D. By transmission immuno-electron microscopy, Biondi bodies of choroid plexuses were decorated by TMEM239 and were associated with structures that resembled residual bodies or secondary lysosomes. By electron cryo-microscopy, TMEM106B filaments from Biondi bodies of choroid plexuses were similar (Biondi variant), but not identical, to the fold I that was previously identified in filaments from brain parenchyma.
履歴
登録2024年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50587.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed cryo-EM map of TMEM106B fold 1 filaments extracted from Biondi bodies
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.6 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.6 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00868
最小 - 最大-0.024485258 - 0.052142903
平均 (標準偏差)0.00020760878 (±0.0024007175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 329.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50587_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM halfmap 1 of TMEM106B fold 1 filaments...

ファイルemd_50587_half_map_1.map
注釈Cryo-EM halfmap 1 of TMEM106B fold 1 filaments extracted from Biondi bodies
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM halfmap 2 of TMEM106B fold 1 filaments...

ファイルemd_50587_half_map_2.map
注釈Cryo-EM halfmap 2 of TMEM106B fold 1 filaments extracted from Biondi bodies
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMEM106B Filaments

全体名称: TMEM106B Filaments
要素
  • 組織: TMEM106B Filaments
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 106B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: TMEM106B Filaments

超分子名称: TMEM106B Filaments / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: TMEM106B filaments extracted from Biondi bodies of Alzheimer's disease
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Choroid plexus

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分子 #1: Transmembrane protein 106B

分子名称: Transmembrane protein 106B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.50268 KDa
配列文字列:
SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS VEVENITAQV QFSKTVIGKA RLNNITIIGP LDMKQIDYTV PTVIAEEMS YMYDFCTLIS IKVHNIVLMM QVTVTTTYFG HSEQISQERY QYVDCG

UniProtKB: Transmembrane protein 106B

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.88 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.46 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 38763
Segment selection選択した数: 685561 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qvc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9fnb:
TMEM106B filaments from Biondi bodies (Biondi variant)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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