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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | SOLIST cryo-tomogram of native left ventricle mouse heart muscle #1 | |||||||||
![]() | M. musculus heart muscle tomogram 1 (cross-section) | |||||||||
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![]() | muscle / motor protein / thick filament / thin filament | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 | |||||||||
![]() | Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F ...Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F / Kalebic N / Coscia F | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Single-particle cryo-EM analysis of the shell architecture and internal organization of an intact α-carboxysome. 著者: Sasha L Evans / Monsour M J Al-Hazeem / Daniel Mann / Nicolas Smetacek / Andrew J Beavil / Yaqi Sun / Taiyu Chen / Gregory F Dykes / Lu-Ning Liu / Julien R C Bergeron / ![]() ![]() ![]() 要旨: Carboxysomes are proteinaceous bacterial microcompartments that sequester the key enzymes for carbon fixation in cyanobacteria and some proteobacteria. They consist of a virus-like icosahedral shell, ...Carboxysomes are proteinaceous bacterial microcompartments that sequester the key enzymes for carbon fixation in cyanobacteria and some proteobacteria. They consist of a virus-like icosahedral shell, encapsulating several enzymes, including ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO), responsible for the first step of the Calvin-Benson-Bassham cycle. Despite their significance in carbon fixation and great bioengineering potentials, the structural understanding of native carboxysomes is currently limited to low-resolution studies. Here, we report the characterization of a native α-carboxysome from a marine cyanobacterium by single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). We have determined the structure of its RuBisCO enzyme, and obtained low-resolution maps of its icosahedral shell, and of its concentric interior organization. Using integrative modeling approaches, we have proposed a complete atomic model of an intact carboxysome, providing insight into its organization and assembly. This is critical for a better understanding of the carbon fixation mechanism and toward repurposing carboxysomes in synthetic biology for biotechnological applications. #1: ![]() タイトル: SOLIST cryo-tomogram of native left ventricle mouse heart muscle #1 著者: Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F / Kalebic N / Coscia F / Erdmann PS | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 235.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 283.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 532.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 532 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | M. musculus heart muscle tomogram 1 (cross-section) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 15.624 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1
全体 | 名称: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1 |
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要素 |
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-超分子 #1: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1
超分子 | 名称: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1 タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: cross-section of thick and thin filaments |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
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試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. 詳細: glow-discharged at 30 mA for 30 s (GloQube Plus Glow discharge system, Quorum Technologies) |
詳細 | SOLIST lamella preparation of native mouse heart muscle |
加圧凍結法 | 装置: OTHER 詳細: Before use, 3 mm type A (100 micrometer well) and type B planchettes were cleaned by sonication for 5 min, 30 s on, 30 s off, 40% Amplitude on a Branson SFX 550. Type B lids were polished ...詳細: Before use, 3 mm type A (100 micrometer well) and type B planchettes were cleaned by sonication for 5 min, 30 s on, 30 s off, 40% Amplitude on a Branson SFX 550. Type B lids were polished with 1 micrometer lapping paper and coated with 0.1% soy lecithin dissolved in chloroform.. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT'} so OTHER is written into the XML file. |
Cryo protectant | 20% dextran, 5% sucrose |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: SOLIST procedure. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 41 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.11.7) / 詳細: final tomogram denoised with CryoCare 2.1 / 使用した粒子像数: 41 |
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