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万見
- EMDB-50580: SOLIST cryo-tomogram of native left ventricle mouse heart muscle #1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50580
タイトルSOLIST cryo-tomogram of native left ventricle mouse heart muscle #1
マップデータM. musculus heart muscle tomogram 1 (cross-section)
試料
  • 細胞: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1
キーワードmuscle / motor protein / thick filament / thin filament
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法
データ登録者Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F ...Erdmann PS / Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F / Kalebic N / Coscia F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Single-particle cryo-EM analysis of the shell architecture and internal organization of an intact α-carboxysome.
著者: Sasha L Evans / Monsour M J Al-Hazeem / Daniel Mann / Nicolas Smetacek / Andrew J Beavil / Yaqi Sun / Taiyu Chen / Gregory F Dykes / Lu-Ning Liu / Julien R C Bergeron /
要旨: Carboxysomes are proteinaceous bacterial microcompartments that sequester the key enzymes for carbon fixation in cyanobacteria and some proteobacteria. They consist of a virus-like icosahedral shell, ...Carboxysomes are proteinaceous bacterial microcompartments that sequester the key enzymes for carbon fixation in cyanobacteria and some proteobacteria. They consist of a virus-like icosahedral shell, encapsulating several enzymes, including ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO), responsible for the first step of the Calvin-Benson-Bassham cycle. Despite their significance in carbon fixation and great bioengineering potentials, the structural understanding of native carboxysomes is currently limited to low-resolution studies. Here, we report the characterization of a native α-carboxysome from a marine cyanobacterium by single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). We have determined the structure of its RuBisCO enzyme, and obtained low-resolution maps of its icosahedral shell, and of its concentric interior organization. Using integrative modeling approaches, we have proposed a complete atomic model of an intact carboxysome, providing insight into its organization and assembly. This is critical for a better understanding of the carbon fixation mechanism and toward repurposing carboxysomes in synthetic biology for biotechnological applications.
#1: ジャーナル: Nature Structural Biology / 年: 2024
タイトル: SOLIST cryo-tomogram of native left ventricle mouse heart muscle #1
著者: Nguyen HTD / Perone G / Klena N / Vazzana R / Kaluthantrige Don F / Silva M / Sorrentino S / Swuec P / Leroux F / Kalebic N / Coscia F / Erdmann PS
履歴
登録2024年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 256 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈M. musculus heart muscle tomogram 1 (cross-section)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 15.624 Å
密度
最小 - 最大-52.149050000000003 - 26.113842000000002
平均 (標準偏差)0.41883436 (±0.99381924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-128
サイズ512512256
Spacing512512256
セルA: 7999.488 Å / B: 7999.488 Å / C: 3999.744 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1

全体名称: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1
要素
  • 細胞: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1

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超分子 #1: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1

超分子名称: In situ cryo-electron tomogram of native mouse heart muscle #1
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: cross-section of thick and thin filaments
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 N / 器官: heart / 組織: muscle

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実験情報

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構造解析

解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細: glow-discharged at 30 mA for 30 s (GloQube Plus Glow discharge system, Quorum Technologies)
詳細SOLIST lamella preparation of native mouse heart muscle
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: Before use, 3 mm type A (100 micrometer well) and type B planchettes were cleaned by sonication for 5 min, 30 s on, 30 s off, 40% Amplitude on a Branson SFX 550. Type B lids were polished ...詳細: Before use, 3 mm type A (100 micrometer well) and type B planchettes were cleaned by sonication for 5 min, 30 s on, 30 s off, 40% Amplitude on a Branson SFX 550. Type B lids were polished with 1 micrometer lapping paper and coated with 0.1% soy lecithin dissolved in chloroform.. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'BAL-TEC HPM 010', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% dextran, 5% sucrose
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: SOLIST procedure. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 41 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.11.7) / 詳細: final tomogram denoised with CryoCare 2.1 / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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