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- EMDB-50532: Cryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (resi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50532
タイトルCryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (residues 102-613), class 3
マップデータMain map (sharpened)
試料
  • 複合体: Complex of Apoptosis-inducing factor 1 with Adenylate kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Adenylate kinase 2, mitochondrial
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
キーワードMitochondria / Mitochondrial Intermembrane Space / IMS / Mitochondrial Inner Membrane / IM / Apoptosis-inducing Factor 1 / Adenylate Kinase / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; その他が電子受容体 / AMP metabolic process / mitochondrial disulfide relay system / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / ADP biosynthetic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / adenylate kinase ...酸化還元酵素; その他が電子受容体 / AMP metabolic process / mitochondrial disulfide relay system / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / ADP biosynthetic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / sperm mitochondrial sheath / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / ATP metabolic process / FAD binding / cellular response to nitric oxide / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 2 / Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. ...Adenylate kinase 2 / Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Adenylate kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Lauer SM / Spahn CMT / Schwefel D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SCHW 1851/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (residues 102-613)
著者: Lauer SM / Spahn CMT / Schwefel D
履歴
登録2024年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50532.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50532.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map (sharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 160 pix.
= 272. Å		1.7 Å/pix.
x 160 pix.
= 272. Å		1.7 Å/pix.
x 160 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-2.4641132 - 5.5620847
平均 (標準偏差)-0.0014503052 (±0.15252043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50532_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_50532_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_50532_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Apoptosis-inducing factor 1 with Adenylate kinase 2

全体名称: Complex of Apoptosis-inducing factor 1 with Adenylate kinase 2
要素
  • 複合体: Complex of Apoptosis-inducing factor 1 with Adenylate kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Adenylate kinase 2, mitochondrial
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: Complex of Apoptosis-inducing factor 1 with Adenylate kinase 2

超分子名称: Complex of Apoptosis-inducing factor 1 with Adenylate kinase 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

分子名称: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Residues 1-101 deleted / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素; その他が電子受容体
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.516148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GIDPFTLGLT PEQKQKKAAL SASEGEEVPQ DKAPSHVPFL LIGGGTAAFA AARSIRARDP GARVLIVSED PELPYMRPPL SKELWFSDD PNVTKTLRFK QWNGKERSIY FQPPSFYVSA QDLPHIENGG VAVLTGKKVV QLDVRDNMVK LNDGSQITYE K CLIATGGT ...文字列:
GIDPFTLGLT PEQKQKKAAL SASEGEEVPQ DKAPSHVPFL LIGGGTAAFA AARSIRARDP GARVLIVSED PELPYMRPPL SKELWFSDD PNVTKTLRFK QWNGKERSIY FQPPSFYVSA QDLPHIENGG VAVLTGKKVV QLDVRDNMVK LNDGSQITYE K CLIATGGT PRSLSAIDRA GAEVKSRTTL FRKIGDFRSL EKISREVKSI TIIGGGFLGS ELACALGRKA RALGTEVIQL FP EKGNMGK ILPEYLSNWT MEKVRREGVK VMPNAIVQSV GVSSGKLLIK LKDGRKVETD HIVAAVGLEP NVELAKTGGL EID SDFGGF RVNAELQARS NIWVAGDAAC FYDIKLGRRR VEHHDHAVVS GRLAGENMTG AAKPYWHQSM FWSDLGPDVG YEAI GLVDS SLPTVGVFAK ATAQDNPKSA TEQSGTGIRS ESETESEASE ITIPPSTPAV PQAPVQGEDY GKGVIFYLRD KVVVG IVLW NIFNRMPIAR KIIKDGEQHE DLNEVAKLFN IHED

UniProtKB: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

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分子 #2: Adenylate kinase 2, mitochondrial

分子名称: Adenylate kinase 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: adenylate kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.147502 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GIDPFTMAPS VPAAEPEYPK GIRAVLLGPP GAGKGTQAPR LAENFCVCHL ATGDMLRAMV ASGSELGKKL KATMDAGKLV SDEMVVELI EKNLETPLCK NGFLLDGFPR TVRQAEMLDD LMEKRKEKLD SVIEFSIPDS LLIRRITGRL IHPKSGRSYH E EFNPPKEP ...文字列:
GIDPFTMAPS VPAAEPEYPK GIRAVLLGPP GAGKGTQAPR LAENFCVCHL ATGDMLRAMV ASGSELGKKL KATMDAGKLV SDEMVVELI EKNLETPLCK NGFLLDGFPR TVRQAEMLDD LMEKRKEKLD SVIEFSIPDS LLIRRITGRL IHPKSGRSYH E EFNPPKEP MKDDITGEPL IRRSDDNEKA LKIRLQAYHT QTTPLIEYYR KRGIHSAIDA SQTPDVVFAS ILAAFSKATC KD LVMFI

UniProtKB: Adenylate kinase 2, mitochondrial

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分子 #3: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

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分子 #4: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium chloride
4.0 mMMgCl2Magnesium chloride
0.5 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1748043
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 147096
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9fl7:
Cryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (residues 102-613), class 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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