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タイトルAn NADH-controlled gatekeeper of ATP synthase.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 85, Issue 13, Page 2567-2580.e12, Year 2025
掲載日2025年7月3日
著者Fabian Schildhauer / Petra S J Ryl / Simon M Lauer / Swantje Lenz / Ayşe Berçin Barlas / Vasileios R Ouzounidis / Kate Jeffrey / Daniel-Cosmin Marcu / Francis J O'Reilly / Andrea Graziadei / Marchel Stuiver / Kita Schmidt / Helge Ewers / Christian M T Spahn / Ezgi Karaca / Karl Emanuel Busch / Dhanya Cheerambathur / David Schwefel / Juri Rappsilber /
PubMed 要旨ATP fuels crucial cellular processes and is obtained mostly by oxidative phosphorylation (OXPHOS) at the inner mitochondrial membrane. While significant progress has been made in mechanistic ...ATP fuels crucial cellular processes and is obtained mostly by oxidative phosphorylation (OXPHOS) at the inner mitochondrial membrane. While significant progress has been made in mechanistic understanding of ATP production, critical aspects surrounding its substrate supply logistics are poorly understood. We identify an interaction between mitochondrial apoptosis-inducing factor 1 (AIFM1) and adenylate kinase 2 (AK2) as gatekeeper of ATP synthase. This interaction is NADH dependent and influenced by glycolysis, linking it to the cell's metabolic state. Genetic interference with AIFM1/AK2 association impedes the ability of Caenorhabditis elegans animals to handle altered metabolic rates and nutrient availability. Together, the results imply AIFM1 as a cellular NADH sensor, placing AK2 next to the OXPHOS complexes for local ADP regeneration as the substrate for ATP synthesis. This metabolic signal relay balances ATP synthase substrate supply against ATP conservation, enabling cells to adapt to fluctuating energy availability, with possible implications for AIFM1-related mitochondrial diseases.
リンクMol Cell / PubMed:40578349
手法EM (単粒子)
解像度4.3 - 6.2 Å
構造データ

50532

9fl7

EMDB-50532, PDB-9fl7:
Cryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (residues 102-613), class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-50534: Cryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (residues 102-613), class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-50535: Cryo-EM structure of human AK2 bound to reduced human AIFM1 (residues 102-613), class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

化合物

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードFLAVOPROTEIN / Mitochondria / Mitochondrial Intermembrane Space / IMS / Mitochondrial Inner Membrane / IM / Apoptosis-inducing Factor 1 / Adenylate Kinase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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