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- EMDB-50435: Pex5-Eci1 complex - Pex5 local refinement -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50435
タイトルPex5-Eci1 complex - Pex5 local refinement
マップデータPex5 local refinement
試料
  • 複合体: Pex5-Eci1 complex
    • タンパク質・ペプチド: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal targeting signal receptor
キーワードPeroxisome / protein targeting / PTS1 / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / Pexophagy / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / protein import into peroxisome matrix, docking / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / protein carrier chaperone ...Beta-oxidation of very long chain fatty acids / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / Pexophagy / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / protein import into peroxisome matrix, docking / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / protein carrier chaperone / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / peroxisomal membrane / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome / protein-macromolecule adaptor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
PEX5/PEX5L / : / Tetratricopeptide repeat / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Tetratricopeptide repeat / ClpP/crotonase-like domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...PEX5/PEX5L / : / Tetratricopeptide repeat / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Tetratricopeptide repeat / ClpP/crotonase-like domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal targeting signal receptor / 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Elad N / Dym O
資金援助European Union, イスラエル, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)864068European Union
Israel Science Foundation760/17 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An unconventional interaction interface between the peroxisomal targeting factor Pex5 and Eci1 enables PTS1 independent import
著者: Peer L / Elad N / Dym O / Tirosh A / Jacobovitch J / Albeck S / Schuldiner M / Peleg Y / Zalckvar E
履歴
登録2024年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pex5 local refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336.8 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336.8 Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.842 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.62994295 - 1.1483415
平均 (標準偏差)0.00009512036 (±0.022856915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50435_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Pex5 local refinement unfiltered map

ファイルemd_50435_additional_1.map
注釈Pex5 local refinement unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Pex5 local refinement half map A

ファイルemd_50435_half_map_1.map
注釈Pex5 local refinement half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Pex5 local refinement half map B

ファイルemd_50435_half_map_2.map
注釈Pex5 local refinement half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pex5-Eci1 complex

全体名称: Pex5-Eci1 complex
要素
  • 複合体: Pex5-Eci1 complex
    • タンパク質・ペプチド: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Peroxisomal targeting signal receptor

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超分子 #1: Pex5-Eci1 complex

超分子名称: Pex5-Eci1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase

分子名称: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 31.736408 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQEIRQNEK ISYRIEGPFF IIHLMNPDNL NALEGEDYIY LGELLELADR NRDVYFTIIQ SSGRFFSSGA DFKGIAKAQG DDTNKYPSE TSKWVSNFVA RNVYVTDAFI KHSKVLICCL NGPAIGLSAA LVALCDIVYS INDKVYLLYP FANLGLITEG G TTVSLPLK ...文字列:
MSQEIRQNEK ISYRIEGPFF IIHLMNPDNL NALEGEDYIY LGELLELADR NRDVYFTIIQ SSGRFFSSGA DFKGIAKAQG DDTNKYPSE TSKWVSNFVA RNVYVTDAFI KHSKVLICCL NGPAIGLSAA LVALCDIVYS INDKVYLLYP FANLGLITEG G TTVSLPLK FGTNTTYECL MFNKPFKYDI MCENGFISKN FNMPSSNAEA FNAKVLEELR EKVKGLYLPS CLGMKKLLKS NH IDAFNKA NSVEVNESLK YWVDGEPLKR FRQLGSKQRK HRL

UniProtKB: 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase

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分子 #2: Peroxisomal targeting signal receptor

分子名称: Peroxisomal targeting signal receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 69.335766 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列: ADVGSCSVGN NPLAQLHKHT QQNKSLQFNQ KNNGRLNESP LQGTNKPGIS EAFISNVNAI SQENMANMQR FINGEPLIDD KRRMEIGPS SGRLPPFSNV HSLQTSANPT QIKGVNDISH WSQEFQGSNS IQNRNADTGN SEKAWQRGST TASSRFQYPN T MMNNYAYA ...文字列:
ADVGSCSVGN NPLAQLHKHT QQNKSLQFNQ KNNGRLNESP LQGTNKPGIS EAFISNVNAI SQENMANMQR FINGEPLIDD KRRMEIGPS SGRLPPFSNV HSLQTSANPT QIKGVNDISH WSQEFQGSNS IQNRNADTGN SEKAWQRGST TASSRFQYPN T MMNNYAYA SMNSLSGSRL QSPAFMNQQQ SGRSKEGVNE QEQQPWTDQF EKLEKEVSEN LDINDEIEKE ENVSEVEQNK PE TVEKEEG VYGDQYQSDF QEVWDSIHKD AEEVLPSELV NDDLNLGEDY LKYLGGRVNG NIEYAFQSNN EYFNNPNAYK IGC LLMENG AKLSEAALAF EAAVKEKPDH VDAWLRLGLV QTQNEKELNG ISALEECLKL DPKNLEAMKT LAISYINEGY DMSA FTMLD KWAETKYPEI WSRIKQQDDK FQKEKGFTHI DMNAHITKQF LQLANNLSTI DPEIQLCLGL LFYTKDDFDK TIDCF ESAL RVNPNDELMW NRLGASLANS NRSEEAIQAY HRALQLKPSF VRARYNLAVS SMNIGCFKEA AGYLLSVLSM HEVNTN NKK GDVGSLLNTY NDTVIETLKR VFIAMNRDDL LQEVKPGMDL KRFKGEFSF

UniProtKB: Peroxisomal targeting signal receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5577 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 45.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 59382 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 15.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2170575
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 117945
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: The map is from one class out of 10
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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