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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5030 | |||||||||
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タイトル | GTPase activation of elongation factor EF-Tu by the ribosome during decoding: a cryo-EM structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of EF-Tu, tRNA and guanine nucleotide has been trapped on the ribosome with the antibiotic kirromycin. | |||||||||
マップデータ | This is an electron density map of a Thermus thermophilus ribosome complexed with mRNA, P- and E-site tRNA as well as EF-Tu.aatRNA.GDP ternary complex. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Thermus thermophilus / 70S / ribosome / EF-Tu / kirromycin / elongation factor / mRNA / Cryo / EM / GTPase / decoding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuette J-C / Murphy F / Kelley AC / Weir J / Giesebrecht J / Connelll SR / Loerke J / Mielke T / Zhang W / Penczek PA ...Schuette J-C / Murphy F / Kelley AC / Weir J / Giesebrecht J / Connelll SR / Loerke J / Mielke T / Zhang W / Penczek PA / Ramakrishnan V / Spahn CMT | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2009 タイトル: GTPase activation of elongation factor EF-Tu by the ribosome during decoding. 著者: Jan-Christian Schuette / Frank V Murphy / Ann C Kelley / John R Weir / Jan Giesebrecht / Sean R Connell / Justus Loerke / Thorsten Mielke / Wei Zhang / Pawel A Penczek / V Ramakrishnan / Christian M T Spahn / 要旨: We have used single-particle reconstruction in cryo-electron microscopy to determine a structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), ...We have used single-particle reconstruction in cryo-electron microscopy to determine a structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), tRNA and guanine nucleotide has been trapped on the ribosome using the antibiotic kirromycin. This represents the state in the decoding process just after codon recognition by tRNA and the resulting GTP hydrolysis by EF-Tu, but before the release of EF-Tu from the ribosome. Progress in sample purification and image processing made it possible to reach a resolution of 6.4 A. Secondary structure elements in tRNA, EF-Tu and the ribosome, and even GDP and kirromycin, could all be visualized directly. The structure reveals a complex conformational rearrangement of the tRNA in the A/T state and the interactions with the functionally important switch regions of EF-Tu crucial to GTP hydrolysis. Thus, the structure provides insights into the molecular mechanism of signalling codon recognition from the decoding centre of the 30S subunit to the GTPase centre of EF-Tu. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5030.map.gz | 90.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5030-v30.xml emd-5030.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5030_1.tif | 4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5030 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5030 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5030_validation.pdf.gz | 353.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5030_full_validation.pdf.gz | 353 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5030_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5030 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5030 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is an electron density map of a Thermus thermophilus ribosome complexed with mRNA, P- and E-site tRNA as well as EF-Tu.aatRNA.GDP ternary complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elo...
全体 | 名称: Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), tRNA and guanine nucleotide has been trapped on the ribosome using the antibiotic kirromycin. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elo...
超分子 | 名称: Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), tRNA and guanine nucleotide has been trapped on the ribosome using the antibiotic kirromycin. タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was purified using a His-Tag on the ternary complex, which resulted in high occupancy of the ribosome with EF-Tu ternary complex. 集合状態: 70S ribosome with EF-Tu ternary complex, tRNAs and mRNA Number unique components: 7 |
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-超分子 #1: ribosome
超分子 | 名称: ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Cryo-EM in vitreous ice. A VITROBOT cryo-plunger was used to prepare grids. |
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グリッド | 詳細: Quantifoil grids. |
凍結 | 凍結剤: METHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: VITROBOT |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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詳細 | low-dose conditions |
撮影 | デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 実像数: 452 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | 586688 individual particle images were obtained from 452 micrographs. Multi-particle refinement resulted in maps with different subconformations. The deposited map represents the most prevalent conformation, based on 323688 particle images. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 323688 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 1vsa |
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詳細 | fitting of molecular models was performed using SITUS and SPIDER. |
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-4v68: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: 2hgu |
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詳細 | Protein L11. |
精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-4v68: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: 2j00 |
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精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-4v68: |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: 2j01 |
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精密化 | 空間: REAL |
得られたモデル | PDB-4v68: |