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- EMDB-50258: CryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50258
タイトルCryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit
マップデータPost-processed masked map from Relion used to build model.
試料
  • 複合体: Proteasome 20S
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 1種
キーワードProteasome / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Putative proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Putative proteasome alpha 7 subunit / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta ...Proteasome subunit beta / Putative proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Putative proteasome alpha 7 subunit / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rowland P
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Pharmacological and structural understanding of the Trypanosoma cruzi proteasome provides key insights for developing site-specific inhibitors.
著者: Thomas C Eadsforth / Leah S Torrie / Paul Rowland / Emma V Edgar / Lorna M MacLean / Christy Paterson / David A Robinson / Sharon M Shepherd / John Thomas / Michael G Thomas / David W Gray / ...著者: Thomas C Eadsforth / Leah S Torrie / Paul Rowland / Emma V Edgar / Lorna M MacLean / Christy Paterson / David A Robinson / Sharon M Shepherd / John Thomas / Michael G Thomas / David W Gray / Vincent L G Postis / Manu De Rycker /
要旨: The proteasome is considered an excellent drug target for many infectious diseases as well as cancer. Challenges with robust and safe supply of proteasomes from infectious agents, lack of structural ...The proteasome is considered an excellent drug target for many infectious diseases as well as cancer. Challenges with robust and safe supply of proteasomes from infectious agents, lack of structural information, and complex pharmacology due to multiple active sites have hampered progress in the infectious disease space. We recombinantly expressed the proteasome of the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, the causative agent of Chagas disease, and demonstrate pharmacological equivalence to the native T. cruzi proteasome. Active-site mutant recombinant proteasomes reveal substrate promiscuity for WT proteasomes, with important implications for assessing pharmacological responses of active-site selective inhibitors. Using these mutant proteasomes, we show that some selective parasite proteasome inhibitors only partially inhibit the chymotrypsin-like activity, including a newly developed 5-(phenoxymethyl)furan-2-carboxamide-based proteasome inhibitor. In spite of partial inhibition, these compounds remain potent inhibitors of intracellular T. cruzi growth. Drug-resistant mutants provide further insights in drug mode-of-inhibition. We also present the high-resolution CryoEM structures of both native and recombinantly-expressed T. cruzi proteasomes which reveal pharmacologically relevant differences in the ligand-binding site compared to the related Leishmania proteasome. Furthermore, we show that the trypanosomatid β4/β5 selectivity pocket is not present in the proteasome structures of other protozoan parasites. This work highlights the need, and provides approaches, to precisely assess proteasome substrate selectivity and pharmacology. It enables structure-guided drug discovery for this promising Chagas disease drug target, provides a new chemical starting point for drug discovery, and paves the road for development of robust proteasome drug discovery programmes for other eukaryotic infectious diseases.
履歴
登録2024年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed masked map from Relion used to build model.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.001
最小 - 最大-0.04946458 - 0.0949385
平均 (標準偏差)0.00016369768 (±0.0029292114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Proteasome 20S

全体名称: Proteasome 20S
要素
  • 複合体: Proteasome 20S
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type
    • タンパク質・ペプチド: Putative proteasome alpha 7 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Putative proteasome beta 3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Proteasome 20S

超分子名称: Proteasome 20S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 29.876949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRTGFDKYI TVFSPEGSLY QVEYAFKAVT YAGLLTVAIR CKDAVLVFTQ HNVPDRLMRP DTITSLHNIN KDIGTCITGR APDGKSLVQ KARQEASEYK YRYGSPIPVS VLAKRVADMA QVRTQHAGLR LMGVVMTFLG MEQNDADGSW VPQIYCVDPA G WCGSYHAC ...文字列:
MSRTGFDKYI TVFSPEGSLY QVEYAFKAVT YAGLLTVAIR CKDAVLVFTQ HNVPDRLMRP DTITSLHNIN KDIGTCITGR APDGKSLVQ KARQEASEYK YRYGSPIPVS VLAKRVADMA QVRTQHAGLR LMGVVMTFLG MEQNDADGSW VPQIYCVDPA G WCGSYHAC AIGKKQIEAN AFLEKKQKNA PFHTLSQKDA AMIALAALQS ALGASLKATD VEVGRCSVED HCFRRVPDED VE EWLTALA EADAENLYFQ SHHHHHHHHH H

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 25.080297 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSESAYGLTT FSPSGRLVQI EYATTAASKG TTALGVKAMD GVVIAAEKKT TSPLAASLTV QKVFVLDDHV GCTYSGIGPD CRVLVDAAR KACQKYRLTY HEPMPVSQLV RHISSLYQEF TQSGGVRPFG CSLLVAGADS QGNHLYQVDP SGTFWAWKAT S IGKGSTDA ...文字列:
MSESAYGLTT FSPSGRLVQI EYATTAASKG TTALGVKAMD GVVIAAEKKT TSPLAASLTV QKVFVLDDHV GCTYSGIGPD CRVLVDAAR KACQKYRLTY HEPMPVSQLV RHISSLYQEF TQSGGVRPFG CSLLVAGADS QGNHLYQVDP SGTFWAWKAT S IGKGSTDA KTFLEKRYTN EMEIEDAVHT ALLTLKEGFD GTMTAENTQV GRVSEGKFEL FTVDQLKDYL DQI

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 31.997125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYAEEAISQ AGTVIGILTT GGVVLGAEKG VQNSLFDSEN MEDKNISGEK MYKIASHIGC SVAGVTSDA YALLNYARLS ANRHHYTYQE PMAAEDLCRL LCDEKQLYTQ YGGVRPFGVS FLLAGWDRHH GYQLYHTDTS G NYNAWRAY ...文字列:
MSSRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYAEEAISQ AGTVIGILTT GGVVLGAEKG VQNSLFDSEN MEDKNISGEK MYKIASHIGC SVAGVTSDA YALLNYARLS ANRHHYTYQE PMAAEDLCRL LCDEKQLYTQ YGGVRPFGVS FLLAGWDRHH GYQLYHTDTS G NYNAWRAY AIGQNDQVAQ SLLKRDWKPE LTLDEGIVLC LRVLGKTMDT VKLSAERLEV AVLHKVPAPA TQKLLEPYGV LP KTVPEFK ILRETDLKPL IAEADRQREA EEAAEAEKEK KKEQKLTSS

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 28.109943 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVRKGL CAVGVRGKDS IIFAVEKKSV QKLQDSRTIR KIYKLDEHIY LAFAGLSADA RVLVNHAQL ECQRFRLNYE DAVDVDLLVR YVAKVQQKST QSSGSRPYGV STIIGGFNEN GQPHLWKTDP SGMSSAWRAV A IGRNDKTV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVRKGL CAVGVRGKDS IIFAVEKKSV QKLQDSRTIR KIYKLDEHIY LAFAGLSADA RVLVNHAQL ECQRFRLNYE DAVDVDLLVR YVAKVQQKST QSSGSRPYGV STIIGGFNEN GQPHLWKTDP SGMSSAWRAV A IGRNDKTV LEFMEKSYQE NMTRDQCVHF AIKALLEAVE SGSKNIELVV LENKKALYMG DDELRKFVVE VEKEREEEAA RK RRLAEEE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 27.163762 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFSSKTEYDR GVNTFSPEGR IFQIEYAIEA IKLGSTSLGI QTPDAVVIAA EKRVPSVLVD PSSMNKILEI DYHMGTVLSG MVADARILV EHARVEAQNH RFTYDEPMRV ESCALATCDL SVRFGESGGR KKLMSRPFGV SLLIAGVDEN GPQLWQTDPS G TYTRYDAQ ...文字列:
MFSSKTEYDR GVNTFSPEGR IFQIEYAIEA IKLGSTSLGI QTPDAVVIAA EKRVPSVLVD PSSMNKILEI DYHMGTVLSG MVADARILV EHARVEAQNH RFTYDEPMRV ESCALATCDL SVRFGESGGR KKLMSRPFGV SLLIAGVDEN GPQLWQTDPS G TYTRYDAQ AIGAGAEAAQ TVFNEIYHRN MTVEEAETLA VRILKQVMEE ELTKSNIEIA IVPASTGKLE VYDQTKIQRI ID RLTEE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type

分子名称: Proteasome subunit alpha type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 29.400271 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFKNQYDTNT TTWSPTGRLF QVEYANEAVN NGSAAVGTKN KDFVVLTALK RSPVAQFSSY QEKVFKLDDH VGMAIAGLVA DGRMLARFV RTECMNYRYM HDSDNPLPLI AEIVGEKYQR HIQFAGKRPF GVGLLIAGYD STGPHLYHTV PSGDVFDFKA T AMGLRSQA ...文字列:
MFKNQYDTNT TTWSPTGRLF QVEYANEAVN NGSAAVGTKN KDFVVLTALK RSPVAQFSSY QEKVFKLDDH VGMAIAGLVA DGRMLARFV RTECMNYRYM HDSDNPLPLI AEIVGEKYQR HIQFAGKRPF GVGLLIAGYD STGPHLYHTV PSGDVFDFKA T AMGLRSQA ARTYLEKHFE SFPDCGLDEL IMHALKALAA ATSGGAELNI KNTTIAIVGK GTPFMVLTEE AARKYLDGFK MR PEDIPPA PEAEEEETLQ ERSLDVEE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #7: Putative proteasome alpha 7 subunit

分子名称: Putative proteasome alpha 7 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 25.643092 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGTEHDQST DIFSADGRVF QVEYACKAVD NGSTAVAACC TDGVVVAVEK ILTSRMLEEG SNDRIHAVDR QAGVCICGML PDGRAVVSR ARAEAENSRD VFATPIPGSV LASRIGEFMH VYTTHYAYRP FGCSVIIASY ADDGPQLFVS DPSGTVAGYY G IALGKGKT ...文字列:
MSGTEHDQST DIFSADGRVF QVEYACKAVD NGSTAVAACC TDGVVVAVEK ILTSRMLEEG SNDRIHAVDR QAGVCICGML PDGRAVVSR ARAEAENSRD VFATPIPGSV LASRIGEFMH VYTTHYAYRP FGCSVIIASY ADDGPQLFVS DPSGTVAGYY G IALGKGKT VAKTELEKLN FKSITCDEAV VKLTKILHDV HDKSKDKLYE LEVAWVCNKS NCVFQHVPND MIPKPPASQ

UniProtKB: Putative proteasome alpha 7 subunit

+
分子 #8: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 30.777965 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MIKRPEGALL HEPSCPMEIK HELTFNGPAQ SAKKLFEPEA AVLDPQLNEA VSLGTTIMAV AFKGGVVLAA DSRTSTGTYV VNRASNKLT KLAEKIYCCR SGSAADTQAL AEQTANYLES YEIDTSKPVN VTTAANIFKK LCYMNKWNIS AGIIVAGYDP L NGGSVYSI ...文字列:
MIKRPEGALL HEPSCPMEIK HELTFNGPAQ SAKKLFEPEA AVLDPQLNEA VSLGTTIMAV AFKGGVVLAA DSRTSTGTYV VNRASNKLT KLAEKIYCCR SGSAADTQAL AEQTANYLES YEIDTSKPVN VTTAANIFKK LCYMNKWNIS AGIIVAGYDP L NGGSVYSI PSGGSCVKLD YALGGSGSIF LYSFFDANYK TGMSKEECVC FCQRAVAHAY SRDGSSGGLI RTIALHQGEP ED MTIPWTK TPYCMEKDPK YRDLAVQNPP FSSSAKITVN QSRSERI

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #9: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 32.086119 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MCVVSVEKNC NNSKFNLVLR AYSIVKKEEE KKGRPRIMPG FSFANVQRNL NLQRQGLQPP KTLKTGTTIV GVVYKEGVVL GADTRATEG SIVADKRCKK IHYMAPNIMC CGAGTAADTE AVTNMVSANL ALHRLDTGKQ SRVHEALTML KRHLYRYQGH V SAALVLGG ...文字列:
MCVVSVEKNC NNSKFNLVLR AYSIVKKEEE KKGRPRIMPG FSFANVQRNL NLQRQGLQPP KTLKTGTTIV GVVYKEGVVL GADTRATEG SIVADKRCKK IHYMAPNIMC CGAGTAADTE AVTNMVSANL ALHRLDTGKQ SRVHEALTML KRHLYRYQGH V SAALVLGG VDVEGPFLAT VAPHGSTDRL PFVSMGSGSI AAMSALETGY KENMTLEEAK ELVASAIRKG IFNDPYSGTQ VD LCVITKT KTELLIGYDK PNERKYPKQE IRFPPGTTPV LREEIRRLVT ITDVE

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #10: Putative proteasome beta 3 subunit

分子名称: Putative proteasome beta 3 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 22.424807 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSILTYSGGS CLAMAGDGCF VIVSDNRLGE QLKTISMEVP KLHVINESIV LGLTGLRTDQ QTFSEKVRFR NELYKLREER EIGGKAFAA LVSSMLYEAR FGPWFVEPVI ASIDKRTGEV YLCAMDLIGA PCEPEDYVCA GTCAESLHGM CEALWRPGLG P EELFEVAA ...文字列:
MSILTYSGGS CLAMAGDGCF VIVSDNRLGE QLKTISMEVP KLHVINESIV LGLTGLRTDQ QTFSEKVRFR NELYKLREER EIGGKAFAA LVSSMLYEAR FGPWFVEPVI ASIDKRTGEV YLCAMDLIGA PCEPEDYVCA GTCAESLHGM CEALWRPGLG P EELFEVAA QAMLSACDRD SLSGYGAVAA IVTRDKMTTR LINGRKD

UniProtKB: Putative proteasome beta 3 subunit

+
分子 #11: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 22.745156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSETTIAFRC NGFVLVAAAG LNAFYYIKIM DTEDKVTQLD SHKVVACAGE NGPRVNFVEY IKCNMALKRM REHGRVIRTS AAASFMRNA LAGALRSRDG AYLVNCLLAG YDVAASSDDD IATGPHLYYM DYLGTMQEVP YGCHGYGASF VIAMLDRLWR P DLTAQEAV ...文字列:
MSETTIAFRC NGFVLVAAAG LNAFYYIKIM DTEDKVTQLD SHKVVACAGE NGPRVNFVEY IKCNMALKRM REHGRVIRTS AAASFMRNA LAGALRSRDG AYLVNCLLAG YDVAASSDDD IATGPHLYYM DYLGTMQEVP YGCHGYGASF VIAMLDRLWR P DLTAQEAV DLMQKCCDEV KKRVVISNDK FICKAVTENG VEIVNTVS

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 34.977438 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MIADFESVLR TDFSLDDCPR IGPFTWHNVP GLDGSDEGDE WDAPMLSSYG SIETRPRRND DFRVIPSTGE MLTEDPLSTS NRLQTDMRM WKLMKTCPVP RSVPKLDMKK GTTTLGFHFD GGIILAVDSR ASSGQYISSQ TVMKVLEINE YLLGTMAGGA A DCQYWERV ...文字列:
MIADFESVLR TDFSLDDCPR IGPFTWHNVP GLDGSDEGDE WDAPMLSSYG SIETRPRRND DFRVIPSTGE MLTEDPLSTS NRLQTDMRM WKLMKTCPVP RSVPKLDMKK GTTTLGFHFD GGIILAVDSR ASSGQYISSQ TVMKVLEINE YLLGTMAGGA A DCQYWERV LGMECRLWEL RNNCRISVAA ASKILANITY SYRNYGLSMG TMVAGWDQFG PSLYYVDDKG TRVKHELFSV GS GSIYAYG VLDQGYRKNL TVEEACELAR RSIFHATYRD GASGGIVTVY HVHQGGWTQI SRDDQTKLYD RYVL

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #13: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 27.832482 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MIEDHMEYGH HFPRKLADST LSLPRQGVKE QQWSPYADNG GTIAAIAGKN YVILGGDTRL NGDFCIHTRD DRTKLFQLTE HTFLASTGM QADRLQLQQM LKYRIQWYQY NNGGKLPSTK AIAKLTSTML YQRRFFPYYT FNMVVGLDEK GAGVCYSYDP V GSTEPFRY ...文字列:
MIEDHMEYGH HFPRKLADST LSLPRQGVKE QQWSPYADNG GTIAAIAGKN YVILGGDTRL NGDFCIHTRD DRTKLFQLTE HTFLASTGM QADRLQLQQM LKYRIQWYQY NNGGKLPSTK AIAKLTSTML YQRRFFPYYT FNMVVGLDEK GAGVCYSYDP V GSTEPFRY GTSGSASSFV EPLMDCLLTR QHMVQQAPAE LSMTETLEML KNAFTGAAER DIFTGDAVCF HIITADGIRS EL FELRND

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #14: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
分子量理論値: 24.22277 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
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MASGGSVIGV KYNGGVLLAC DTLLSYGSLA KWPNIPRMKL VGAYTVMCAT GDYADFQEMT TMIENHVNRQ QMYGGGALTP NEVFCYLQR HVYHKRSQFE PCLCRFVVAG CHGGEPFLGG VDDVGTRWTD DCVAAGYGAY VALPLLRQAL EKPGGLTREE A IRVIKDCL RVLFYRECRA INKFQIADAT SDMVSIGEPF EVETNWEYDG FCFEKTAIIR

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #15: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1074 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92013
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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