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- PDB-9f9p: CryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f9p
タイトルCryoEM structure of recombinant Trypanosoma cruzi apo proteasome 20S subunit
要素
  • (Proteasome subunit ...) x 12
  • (Putative proteasome ...) x 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteolysis involved in protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Putative proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Putative proteasome alpha 7 subunit / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta ...Proteasome subunit beta / Putative proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Putative proteasome alpha 7 subunit / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rowland, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Pharmacological and structural understanding of the Trypanosoma cruzi proteasome provides key insights for developing site-specific inhibitors.
著者: Thomas C Eadsforth / Leah S Torrie / Paul Rowland / Emma V Edgar / Lorna M MacLean / Christy Paterson / David A Robinson / Sharon M Shepherd / John Thomas / Michael G Thomas / David W Gray / ...著者: Thomas C Eadsforth / Leah S Torrie / Paul Rowland / Emma V Edgar / Lorna M MacLean / Christy Paterson / David A Robinson / Sharon M Shepherd / John Thomas / Michael G Thomas / David W Gray / Vincent L G Postis / Manu De Rycker /
要旨: The proteasome is considered an excellent drug target for many infectious diseases as well as cancer. Challenges with robust and safe supply of proteasomes from infectious agents, lack of structural ...The proteasome is considered an excellent drug target for many infectious diseases as well as cancer. Challenges with robust and safe supply of proteasomes from infectious agents, lack of structural information, and complex pharmacology due to multiple active sites have hampered progress in the infectious disease space. We recombinantly expressed the proteasome of the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, the causative agent of Chagas disease, and demonstrate pharmacological equivalence to the native T. cruzi proteasome. Active-site mutant recombinant proteasomes reveal substrate promiscuity for WT proteasomes, with important implications for assessing pharmacological responses of active-site selective inhibitors. Using these mutant proteasomes, we show that some selective parasite proteasome inhibitors only partially inhibit the chymotrypsin-like activity, including a newly developed 5-(phenoxymethyl)furan-2-carboxamide-based proteasome inhibitor. In spite of partial inhibition, these compounds remain potent inhibitors of intracellular T. cruzi growth. Drug-resistant mutants provide further insights in drug mode-of-inhibition. We also present the high-resolution CryoEM structures of both native and recombinantly-expressed T. cruzi proteasomes which reveal pharmacologically relevant differences in the ligand-binding site compared to the related Leishmania proteasome. Furthermore, we show that the trypanosomatid β4/β5 selectivity pocket is not present in the proteasome structures of other protozoan parasites. This work highlights the need, and provides approaches, to precisely assess proteasome substrate selectivity and pharmacology. It enables structure-guided drug discovery for this promising Chagas disease drug target, provides a new chemical starting point for drug discovery, and paves the road for development of robust proteasome drug discovery programmes for other eukaryotic infectious diseases.
履歴
登録2024年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type
B: Proteasome subunit alpha type
C: Proteasome subunit alpha type
D: Proteasome subunit alpha type
E: Proteasome subunit alpha type
F: Proteasome subunit alpha type
G: Putative proteasome alpha 7 subunit
H: Proteasome subunit beta
I: Proteasome subunit beta
J: Putative proteasome beta 3 subunit
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
O: Proteasome subunit alpha type
P: Proteasome subunit alpha type
Q: Proteasome subunit alpha type
R: Proteasome subunit alpha type
S: Proteasome subunit alpha type
T: Proteasome subunit alpha type
U: Putative proteasome alpha 7 subunit
V: Proteasome subunit beta
W: Proteasome subunit beta
X: Putative proteasome beta 3 subunit
Y: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)784,67628
ポリマ－784,67628
非ポリマー00
水19,3481074
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

-
Proteasome subunit ... , 12種, 24分子 AOBPCQDRESFTHVIWKYLZMaNb

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 29876.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_2g302 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2W7U6
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 25080.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_243g34, C4B63_43g135 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2V7B1
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 31997.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_25g312 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2VJR6
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 28109.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_43g63, C3747_44g28, ECC02_002871 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2WZ04
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27163.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_43g129 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2V560
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 29400.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: pr29A, C4B63_48g135 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q3ZMB6
#8: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 30777.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_89g44 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2UU31
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 32086.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: TCDM_00108 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: V5BCU3
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22745.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_13g138 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2VNZ4
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 34977.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_48g131 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2V5A7
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 27832.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_6g586 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2VW62
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 24222.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_7g423 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2VV98

-
Putative proteasome ... , 2種, 4分子 GUJX

#7: タンパク質 Putative proteasome alpha 7 subunit


分子量: 25643.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_12g396 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2VRE2
#10: タンパク質 Putative proteasome beta 3 subunit


分子量: 22424.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_112g19 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2V2UWV1

-
非ポリマー , 1種, 1074分子

#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1074 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Proteasome 20S / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1.05 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0405 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92013 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.25→196.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / SU B: 4.508 / SU ML: 0.099 / ESU R: 0.177
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2613 --
obs0.2613 746601 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.973 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 49596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.01249428
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01646680
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8351.64866880
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5441.57107374
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.9356236
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg6.9735338
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg17.418108408
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0810.27512
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0258266
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0211374
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.4122.26425052
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other3.4122.26325052
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.6034.0631252
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other5.6044.06131253
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.6693.2724376
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.6693.2724377
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other9.5555.53335629
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined12.08821.6150871
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other12.09721.6450739
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1010J1555tight positional00.05
1111K1586tight positional00.05
1212L1578tight positional00.05
1313M1647tight positional00.05
1414N1695tight positional00.05
11A1884tight thermal0.080.5
22B1737tight thermal0.080.5
33C2126tight thermal0.140.5
44D1864tight thermal0.160.5
55E1757tight thermal0.130.5
66F1722tight thermal0.080.5
77G1724tight thermal0.10.5
88H1723tight thermal0.060.5
99I1663tight thermal0.10.5
1010J1555tight thermal0.050.5
1111K1586tight thermal0.070.5
1212L1578tight thermal0.050.5
1313M1647tight thermal0.070.5
1414N1695tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.506 55202 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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