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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50253 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of human LST2 bound to human mTOR complex 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MTOR / MTORC1 / LST2 / ZFYVE28 / EGFR / TOS / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.02 Å | |||||||||
データ登録者 | Craigie LM / Maier T | |||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: mTORC1 phosphorylates and stabilizes LST2 to negatively regulate EGFR 著者: Battaglioni S / Craigie LM / Filippini S / Maier T / Hall MN | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50253.map.gz | 257.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50253-v30.xml emd-50253.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50253_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50253.png | 34.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50253.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_50253_half_map_1.map.gz emd_50253_half_map_2.map.gz | 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50253 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50253 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50253_validation.pdf.gz | 836.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50253_full_validation.pdf.gz | 835.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50253_validation.xml.gz | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50253_validation.cif.gz | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50253 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50253 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50253.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50253_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50253_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : mTORC1 in complex with LST2
全体 | 名称: mTORC1 in complex with LST2 |
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要素 |
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-超分子 #1: mTORC1 in complex with LST2
超分子 | 名称: mTORC1 in complex with LST2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4719 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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