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万見
- EMDB-50218: Negative staining EM map for Mis18 core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50218
タイトルNegative staining EM map for Mis18 core complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Mis18 alpha, Mis18 beta, Mis18BP1 20-130
    • タンパク質・ペプチド: Mis18 alpha
    • タンパク質・ペプチド: Mis18 beta
    • タンパク質・ペプチド: Mis18BP1
キーワードCentromere / CENP-A / Mis18 complex / Centromere Inheritance / Integrative structural analysis / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle ...chromocenter / CENP-A containing chromatin assembly / cell communication / chromosome, centromeric region / Cajal body / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / chromosome segregation / nuclear speck / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
SANT associated / Mis18 domain / KNL2-like / SANTA (SANT Associated) / Mis18 domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains ...SANT associated / Mis18 domain / KNL2-like / SANTA (SANT Associated) / Mis18 domain profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Mis18-beta / Mis18-binding protein 1 / Protein Mis18-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 27.3 Å
データ登録者Jeyaprakash AA / Medina-Pritchard B
資金援助 英国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202811 英国
European Research Council (ERC)101054950European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/X0012451/1 英国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2024
タイトル: Structural basis for Mis18 complex assembly and its implications for centromere maintenance.
著者: Reshma Thamkachy / Bethan Medina-Pritchard / Sang Ho Park / Carla G Chiodi / Juan Zou / Maria de la Torre-Barranco / Kazuma Shimanaka / Maria Alba Abad / Cristina Gallego Páramo / Regina ...著者: Reshma Thamkachy / Bethan Medina-Pritchard / Sang Ho Park / Carla G Chiodi / Juan Zou / Maria de la Torre-Barranco / Kazuma Shimanaka / Maria Alba Abad / Cristina Gallego Páramo / Regina Feederle / Emilija Ruksenaite / Patrick Heun / Owen R Davies / Juri Rappsilber / Dina Schneidman-Duhovny / Uhn-Soo Cho / A Arockia Jeyaprakash /
要旨: The centromere, defined by the enrichment of CENP-A (a Histone H3 variant) containing nucleosomes, is a specialised chromosomal locus that acts as a microtubule attachment site. To preserve ...The centromere, defined by the enrichment of CENP-A (a Histone H3 variant) containing nucleosomes, is a specialised chromosomal locus that acts as a microtubule attachment site. To preserve centromere identity, CENP-A levels must be maintained through active CENP-A loading during the cell cycle. A central player mediating this process is the Mis18 complex (Mis18α, Mis18β and Mis18BP1), which recruits the CENP-A-specific chaperone HJURP to centromeres for CENP-A deposition. Here, using a multi-pronged approach, we characterise the structure of the Mis18 complex and show that multiple hetero- and homo-oligomeric interfaces facilitate the hetero-octameric Mis18 complex assembly composed of 4 Mis18α, 2 Mis18β and 2 Mis18BP1. Evaluation of structure-guided/separation-of-function mutants reveals structural determinants essential for cell cycle controlled Mis18 complex assembly and centromere maintenance. Our results provide new mechanistic insights on centromere maintenance, highlighting that while Mis18α can associate with centromeres and deposit CENP-A independently of Mis18β, the latter is indispensable for the optimal level of CENP-A loading required for preserving the centromere identity.
履歴
登録2024年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 288 pix.
= 426.24 Å		1.48 Å/pix.
x 288 pix.
= 426.24 Å		1.48 Å/pix.
x 288 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.46923497 - 3.5841312
平均 (標準偏差)0.000047806774 (±0.16808733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50218_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50218_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50218_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mis18 alpha, Mis18 beta, Mis18BP1 20-130

全体名称: Mis18 alpha, Mis18 beta, Mis18BP1 20-130
要素
  • 複合体: Mis18 alpha, Mis18 beta, Mis18BP1 20-130
    • タンパク質・ペプチド: Mis18 alpha
    • タンパク質・ペプチド: Mis18 beta
    • タンパク質・ペプチド: Mis18BP1

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超分子 #1: Mis18 alpha, Mis18 beta, Mis18BP1 20-130

超分子名称: Mis18 alpha, Mis18 beta, Mis18BP1 20-130 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mis18 alpha

分子名称: Mis18 alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAAGVRSLR CSRGCAGGCE CGDKGKCSDS SLLGKRLSED SSRHQLLQKW ASMWSSMSED ASVADMERAQ LEEEAAAAEE RPLVFLCSGC RRPLGDSLSW VASQEDTNCI LLRCVSCNVS VDKEQKLSKR EKENGCVLET LCCAGCSLNL GYVYRCTPKN LDYKRDLFCL ...文字列:
SNAAGVRSLR CSRGCAGGCE CGDKGKCSDS SLLGKRLSED SSRHQLLQKW ASMWSSMSED ASVADMERAQ LEEEAAAAEE RPLVFLCSGC RRPLGDSLSW VASQEDTNCI LLRCVSCNVS VDKEQKLSKR EKENGCVLET LCCAGCSLNL GYVYRCTPKN LDYKRDLFCL SVEAIESYVL GSSEKQIVSE DKELFNLESR VEIEKSLTQM EDVLKALQMK LWEAESKLSF ATCKS

UniProtKB: Protein Mis18-alpha

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分子 #2: Mis18 beta

分子名称: Mis18 beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAAAQPLRH RSRCATPPRG DFCGGTERAI DQASFTTSME WDTQVVKGSS PLGPAGLGAE EPAAGPQLPS WLQPERCAVF QCAQCHAVLA DSVHLAWDLS RSLGAVVFSR VTNNVVLEAP FLVGIEGSLK GSTYNLLFCG SCGIPVGFHL YSTHAALAAL RGHFCLSSDK ...文字列:
SNAAAQPLRH RSRCATPPRG DFCGGTERAI DQASFTTSME WDTQVVKGSS PLGPAGLGAE EPAAGPQLPS WLQPERCAVF QCAQCHAVLA DSVHLAWDLS RSLGAVVFSR VTNNVVLEAP FLVGIEGSLK GSTYNLLFCG SCGIPVGFHL YSTHAALAAL RGHFCLSSDK MVCYLLKTKA IVNASEMDIQ NVPLSEKIAE LKEKIVLTHN RLKSLMKILS EVTPDQSKPE N

UniProtKB: Protein Mis18-beta

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分子 #3: Mis18BP1

分子名称: Mis18BP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: 20-130 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPDSMQRRNL PMDAIFFDSI PSGTLTPVKD LVKYQNSSLK LNDHKKNQFL KMTTFNNKNI FQSTMLTEAT TSNSSLDISA IKPNKDGLKN KANYESPGKI FLRMKEKVLR DKQEQP

UniProtKB: Mis18-binding protein 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% uranyl acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1756
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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