[日本語] English
万見
- EMDB-50185: KS + AT di-domain of polyketide synthase 13 in Mycobacterium tube... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50185
タイトルKS + AT di-domain of polyketide synthase 13 in Mycobacterium tuberculosis
マップデータFinal map for Pks13 from M. tuberculosis
試料
  • 複合体: Subunit of Pks13
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase Pks13
キーワードMycolic acid synthesis / Claisen condensation / cell wall synthesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Johnston HE / Futterer K
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S000542/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R001154/1 英国
引用ジャーナル: Microbiology (Reading) / 年: 2024
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the di-domain core of polyketide synthase 13, essential for mycobacterial mycolic acid synthesis.
著者: Hannah E Johnston / Sarah M Batt / Alistair K Brown / Christos G Savva / Gurdyal S Besra / Klaus Fütterer /
要旨: Mycobacteria are known for their complex cell wall, which comprises layers of peptidoglycan, polysaccharides and unusual fatty acids known as mycolic acids that form their unique outer membrane. ...Mycobacteria are known for their complex cell wall, which comprises layers of peptidoglycan, polysaccharides and unusual fatty acids known as mycolic acids that form their unique outer membrane. Polyketide synthase 13 (Pks13) of , the bacterial organism causing tuberculosis, catalyses the last step of mycolic acid synthesis prior to export to and assembly in the cell wall. Due to its essentiality, Pks13 is a target for several novel anti-tubercular inhibitors, but its 3D structure and catalytic reaction mechanism remain to be fully elucidated. Here, we report the molecular structure of the catalytic core domains of Pks13 (Mt-Pks13), determined by transmission cryo-electron microscopy (cryoEM) to a resolution of 3.4 Å. We observed a homodimeric assembly comprising the ketoacyl synthase (KS) domain at the centre, mediating dimerization, and the acyltransferase (AT) domains protruding in opposite directions from the central KS domain dimer. In addition to the KS-AT di-domains, the cryoEM map includes features not covered by the di-domain structural model that we predicted to contain a dimeric domain similar to dehydratases, yet likely lacking catalytic function. Analytical ultracentrifugation data indicate a pH-dependent equilibrium between monomeric and dimeric assembly states, while comparison with the previously determined structures of Pks13 indicates architectural flexibility. Combining the experimentally determined structure with modelling in AlphaFold2 suggests a structural scaffold with a relatively stable dimeric core, which combines with considerable conformational flexibility to facilitate the successive steps of the Claisen-type condensation reaction catalysed by Pks13.
履歴
登録2024年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_50185.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map for Pks13 from M. tuberculosis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.000747
最小 - 最大-0.058972042 - 0.115474425
平均 (標準偏差)0.00008320585 (±0.0017154444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 392.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_50185_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_50185_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Subunit of Pks13

全体名称: Subunit of Pks13
要素
  • 複合体: Subunit of Pks13
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase Pks13

-
超分子 #1: Subunit of Pks13

超分子名称: Subunit of Pks13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: H37Rv
分子量理論値: 187 KDa

-
分子 #1: Polyketide synthase Pks13

分子名称: Polyketide synthase Pks13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 186.642188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADVAESQEN APAERAELTV PEMRQWLRNW VGKAVGKAPD SIDESVPMVE LGLSSRDAVA MAADIEDLTG VTLSVAVAFA HPTIESLAT RIIEGEPETD LAGDDAEDWS RTGPAERVDI AIVGLSTRFP GEMNTPEQTW QALLEGRDGI TDLPDGRWSE F LEEPRLAA ...文字列:
MADVAESQEN APAERAELTV PEMRQWLRNW VGKAVGKAPD SIDESVPMVE LGLSSRDAVA MAADIEDLTG VTLSVAVAFA HPTIESLAT RIIEGEPETD LAGDDAEDWS RTGPAERVDI AIVGLSTRFP GEMNTPEQTW QALLEGRDGI TDLPDGRWSE F LEEPRLAA RVAGARTRGG YLKDIKGFDS EFFAVAKTEA DNIDPQQRMA LELTWEALEH ARIPASSLRG QAVGVYIGSS TN DYSFLAV SDPTVAHPYA ITGTSSSIIA NRVSYFYDFH GPSVTIDTAC SSSLVAIHQG VQALRNGEAD VVVAGGVNAL ITP MVTLGF DEIGAVLAPD GRIKSFSADA DGYTRSEGGG MLVLKRVDDA RRDGDAILAV IAGSAVNHDG RSNGLIAPNQ DAQA DVLRR AYKDAGIDPR TVDYIEAHGT GTILGDPIEA EALGRVVGRG RPADRPALLG AVKTNVGHLE SAAGAASMAK VVLAL QHDK LPPSINFAGP SPYIDFDAMR LKMITTPTDW PRYGGYALAG VSSFGFGGAN AHVVVREVLP RDVVEKEPEP EPEPKA AAE PAEAPTLAGH ALRFDEFGNI ITDSAVAEEP EPELPGVTEE ALRLKEAALE ELAAQEVTAP LVPLAVSAFL TSRKKAA AA ELADWMQSPE GQASSLESIG RSLSRRNHGR SRAVVLAHDH DEAIKGLRAV AAGKQAPNVF SVDGPVTTGP VWVLAGFG A QHRKMGKSLY LRNEVFAAWI EKVDALVQDE LGYSVLELIL DDAQDYGIET TQVTIFAIQI ALGELLRHHG AKPAAVIGQ SLGEAASAYF AGGLSLRDAT RAICSRSHLM GEGEAMLFGE YIRLMALVEY SADEIREVFS DFPDLEVCVY AAPTQTVIGG PPEQVDAIL ARAEAEGKFA RKFATKGASH TSQMDPLLGE LTAELQGIKP TSPTCGIFST VHEGRYIKPG GEPIHDVEYW K KGLRHSVY FTHGIRNAVD SGHTTFLELA PNPVALMQVA LTTADAGLHD AQLIPTLARK QDEVSSMVST MAQLYVYGHD LD IRTLFSR ASGPQDYANI PPTRFKRKEH WLPAHFSGDG STYMPGTHVA LPDGRHVWEY APRDGNVDLA ALVRAAAAHV LPD AQLTAA EQRAVPGDGA RLVTTMTRHP GGASVQVHAR IDESFTLVYD ALVSRAGSES VLPTAVGAAT AIAVADGAPV APET PAEDA DAETLSDSLT TRYMPSGMTR WSPDSGETIA ERLGLIVGSA MGYEPEDLPW EVPLIELGLD SLMAVRIKNR VEYDF DLPP IQLTAVRDAN LYNVEKLIEY AVEHRDEVQQ LHEHQKTQTA EEIARAQAEL LHGKVGKTEP VDSEAGVALP SPQNGE QPN PTGPALNVDV PPRDAAERVT FATWAIVTGK SPGGIFNELP RLDDEAAAKI AQRLSERAEG PITAEDVLTS SNIEALA DK VRTYLEAGQI DGFVRTLRAR PEAGGKVPVF VFHPAGGSTV VYEPLLGRLP ADTPMYGFER VEGSIEERAQ QYVPKLIE M QGDGPYVLVG WSLGGVLAYA CAIGLRRLGK DVRFVGLIDA VRAGEEIPQT KEEIRKRWDR YAAFAEKTFN VTIPAIPYE QLEELDDEGQ VRFVLDAVSQ SGVQIPAGII EHQRTSYLDN RAIDTAQIQP YDGHVTLYMA DRYHDDAIMF EPRYAVRQPD GGWGEYVSD LEVVPIGGEH IQAIDEPIIA KVGEHMSRAL GQIEADRTSE VGKQ

UniProtKB: Azurin iso-2

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: Tris
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.9, 50 mM NaCl, 2.5 mM beta-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1412 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 16.5 e/Å2 / 詳細: movie mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 310055
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 168566
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る