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- EMDB-50141: Pyrococcus abyssi PolD-Rpa2 winged helix domain complex class 1 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50141
タイトルPyrococcus abyssi PolD-Rpa2 winged helix domain complex class 1 main component map
マップデータ
試料
  • 複合体: PolD-Rpa2 winged-helix domain complex from Pyrococcus abyssi
    • タンパク質・ペプチド: PolD DP1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: PolD DP2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Rpa2 winged-helix domain
キーワードDNA Polymerase / Archaea / replication / RPA
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Martinez-Carranza M / Sauguet L
資金援助 フランス, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Communication between DNA polymerases and Replication Protein A within the archaeal replisome.
著者: Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J ...著者: Markel Martínez-Carranza / Léa Vialle / Clément Madru / Florence Cordier / Ayten Dizkirici Tekpinar / Ahmed Haouz / Pierre Legrand / Rémy A Le Meur / Patrick England / Rémi Dulermo / J Iñaki Guijarro / Ghislaine Henneke / Ludovic Sauguet /
要旨: Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. ...Replication Protein A (RPA) plays a pivotal role in DNA replication by coating and protecting exposed single-stranded DNA, and acting as a molecular hub that recruits additional replication factors. We demonstrate that archaeal RPA hosts a winged-helix domain (WH) that interacts with two key actors of the replisome: the DNA primase (PriSL) and the replicative DNA polymerase (PolD). Using an integrative structural biology approach, combining nuclear magnetic resonance, X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we unveil how RPA interacts with PriSL and PolD through two distinct surfaces of the WH domain: an evolutionarily conserved interface and a novel binding site. Finally, RPA is shown to stimulate the activity of PriSL in a WH-dependent manner. This study provides a molecular understanding of the WH-mediated regulatory activity in central replication factors such as RPA, which regulate genome maintenance in Archaea and Eukaryotes.
履歴
登録2024年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 350 pix.
= 336. Å		0.96 Å/pix.
x 350 pix.
= 336. Å		0.96 Å/pix.
x 350 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.6715585 - 2.772887
平均 (標準偏差)0.00044400038 (±0.045199916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50141_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50141_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50141_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PolD-Rpa2 winged-helix domain complex from Pyrococcus abyssi

全体名称: PolD-Rpa2 winged-helix domain complex from Pyrococcus abyssi
要素
  • 複合体: PolD-Rpa2 winged-helix domain complex from Pyrococcus abyssi
    • タンパク質・ペプチド: PolD DP1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: PolD DP2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Rpa2 winged-helix domain

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超分子 #1: PolD-Rpa2 winged-helix domain complex from Pyrococcus abyssi

超分子名称: PolD-Rpa2 winged-helix domain complex from Pyrococcus abyssi
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: PolD DP1 subunit

分子名称: PolD DP1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGKHHHHSGH HHTGHHHHSG SHHHTSSSAS TGENLYFQGT GDGSDELVKA LERAGYLLTP SAYYLLVDHF KEGKFSLVEL VKFAKSKGVF IIDGDLAYEF LQFLGLGVPQ EIKESYISTG EEAEKTVESQ ETRASELEEG GVSQVSSGEL QELKEESPEI STTEEEIGGL ...文字列:
MGKHHHHSGH HHTGHHHHSG SHHHTSSSAS TGENLYFQGT GDGSDELVKA LERAGYLLTP SAYYLLVDHF KEGKFSLVEL VKFAKSKGVF IIDGDLAYEF LQFLGLGVPQ EIKESYISTG EEAEKTVESQ ETRASELEEG GVSQVSSGEL QELKEESPEI STTEEEIGGL ELVQSSISTG SEVEYNNGEN GESVVVLDKY GYPILYAPEE IGEEKEYSKY EDVVIEWNPS VTPVQIEKNY EVKFDVRQVK LRPPKVKNGS GKEGEIIVEA YASLFKSRLS KLKRILRENP EISNVVDIGK LNYVSGDEEV TIIGLVNSKR ETNRGLIFEV EDKTGIVKVF LPKDSEDYRE AFKVLPDAVV AFKGFYSKKG IFFANKFYLP DVPLYRKQKP PLEEKVYAIL ISDIHVGSRE FCEKAFLKFL EWLNGHVESK EEEEIVSRVK YLIIAGDVVD GIGIYPGQYS DLVIPDIFDQ YEALANLLAN VPEHITMFIG PGNADAARPA IPQPEFYKEY AKPIYKLKNA IIISNPAVIR LHGRDFLIAH GRGIEDVVSF VPGLTHHKPG LPMVELLKMR HLAPTFGGKV PIAPDPEDLL VIEEVPDLVQ MGHVHVYDAV VYRGVQLVNS ATWQAQTEFQ KMVNIVPTPA KVPVVDVESA RVVKVLDFSG WC

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分子 #2: PolD DP2 subunit

分子名称: PolD DP2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKFG DLGSREKYAE QAVRTALAIL TEGIVSAPIE GIANVKIKRN TWADNSEYLA LYYAGPIRSS GGTAQALSVL VGDYVRRKLG ...文字列:
MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKFG DLGSREKYAE QAVRTALAIL TEGIVSAPIE GIANVKIKRN TWADNSEYLA LYYAGPIRSS GGTAQALSVL VGDYVRRKLG LDRFKPSEKH IERMVEEVDL YHRAVTRLQY HPSPEEVRLA MRNIPIEITG EATDDVEVSH RDVPGVETNQ LRGGAILVLA EGVLQKAKKL VKYIDKMGIE GWEWLKEFVE AKEKGEPKEE GKEESLAEST LEETKVEVDM GFYYSLYQKF KEEIAPSDKY AKEVIGGRPL FSDPSKPGGF RLRYGRSRAS GFATWGINPA TMILVDEFLA IGTQLKTERP GKGAVVTPVT TIEGPIVKLK DGSVLRVDDY NLALKVREDV EEILYLGDAV IAFGDFVENN QTLLPANYCE EWWILEFVKA LKEIYEVHLE PFTENEEESI EEASDYLEID PEFLKEMLRD PLRVKPPVEL AIHFSEVLGI PLHPYYTLYW NSVEPKDVEK LWRLLKNYAE IEWSNFRGIK FAKKIVISQE KLGDSKRTLE LLGLPHTVRD GNVIVDYPWA AALLTPLGNL NWEFMAKPLY ATIDIINENN EIKLRDRGIS WIGARMGRPE KAKERKMKPP VQVLFPIGLA GGSSRDIKKA AEEGKVAEVE IAFFKCPKCG HVGPEHLCPN CGTRKELLWV CPRCNAEYPE SQAEGYNYTC PKCNVKLRPY AKRKIRPSEL LNRAMENVKV YGVDKLKGVM GMTSGWKMPE PLEKGLLRAK NDVYVFKDGT IRFDATDAPI THFRPREIGV SVEKLRELGY THDFEGKPLV SEDQIVELKP QDIILSKEAG RYLLKVAKFV DDLLEKFYGL PRFYNAEKME DLIGHLVIGL APHTSAGIVG RIIGFVDALV GYAHPYFHAA KRRNCDGDED AVMLLLDALL NFSRYYLPEK RGGKMDAPLV ITTRLDPREV DSEVHNMDIV RYYPLEFYEA TYELKSPKEL VGVIERVEDR LGKPEMYYGL KFTHDTDDIA LGPKMSLYKQ LGDMEEKVRR QLEVAKRIRA VDEHGVAEKI LNSHLIPDLR GNLRSFTRQE FRCVKCNTKF RRPPLNGKCP VCGGKIVLTV SKGAIEKYLG TAKMLVTEYN VKNYTRQRIC LTERDIDSLF ENVFPETQLT LIVNPNDICQ RLVMARTGEV NKSGLLENLS NGSKKTEKAE KAEKPRKKSD EKPKKKRVIS LEEFFSRKSK

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分子 #3: Rpa2 winged-helix domain

分子名称: Rpa2 winged-helix domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGKHHHHSGH HHTGHHHHSG SHHHTSSSAS TGENLYFQGT GGIMMEERSI EEPMEELLEE EIPEEKEENE LLEKAKEDIL NILRQKRTAI SRKYILKKLG DKYDEETIDD AITELLAQGE IYEPETGYYK LL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6t8h

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 169361
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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