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- EMDB-50105: Initial 3D Map of relaxosome complex with oriT DNA ds-67_+113(pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50105
タイトルInitial 3D Map of relaxosome complex with oriT DNA ds-67_+113(poly-dT15-17_-3)deltaTraM
マップデータ3D refinement map Unsharpened
試料
  • 複合体: Complex of the relaxosome containing oriT DNA, accessory protein TraY, host protein IHF and relaxase TraI. TraM was excluded from complex formation
キーワードRelaxosome / Bacterial Conjugation / DNA processing / Relaxase / DNA binding proteins / DNA BINDING PROTEIN
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å
データ登録者Williams SM / Waksman G
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM Structure of the relaxosome, a complex essential for bacterial mating and the spread of antibiotic resistance genes.
著者: Sunanda M Williams / Sandra Raffl / Sabine Kienesberger / Aravindan Ilangovan / Ellen L Zechner / Gabriel Waksman /
要旨: Bacterial mating, or conjugation, was discovered nearly 80 years ago as a process transferring genes from one bacterial cell (the donor) to another (the recipient). It requires three key multiprotein ...Bacterial mating, or conjugation, was discovered nearly 80 years ago as a process transferring genes from one bacterial cell (the donor) to another (the recipient). It requires three key multiprotein complexes in the donor cell: a DNA-processing machinery called the relaxosome, a double-membrane spanning type 4 secretion system (T4SS), and an extracellular appendage termed pilus. While the near-atomic resolution structures of the T4SS and pilus are already known, that of the relaxosome has not been reported to date. Here, we describe the cryo-EM structure of the fully assembled relaxosome encoded by the paradigm F plasmid in two different states corresponding to distinct functional steps along the DNA processing reaction. By varying the structures of model DNAs we delineate conformational changes required to initiate conjugation. Mutational studies of the various protein-protein and protein-DNA interaction hubs suggest a complex sensitive to trigger signals, that could arise from cell-to-cell contacts with recipient cells.
履歴
登録2024年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D refinement map Unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 347.76 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 347.76 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 347.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.2805335 - 0.78170955
平均 (標準偏差)0.0027212382 (±0.027481796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 347.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 7 A low-pass filtered refinement map

ファイルemd_50105_additional_1.map
注釈7 A low-pass filtered refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refinement map - Half-A

ファイルemd_50105_half_map_1.map
注釈Refinement map - Half-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refinement map - Half-B

ファイルemd_50105_half_map_2.map
注釈Refinement map - Half-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the relaxosome containing oriT DNA, accessory protein ...

全体名称: Complex of the relaxosome containing oriT DNA, accessory protein TraY, host protein IHF and relaxase TraI. TraM was excluded from complex formation
要素
  • 複合体: Complex of the relaxosome containing oriT DNA, accessory protein TraY, host protein IHF and relaxase TraI. TraM was excluded from complex formation

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超分子 #1: Complex of the relaxosome containing oriT DNA, accessory protein ...

超分子名称: Complex of the relaxosome containing oriT DNA, accessory protein TraY, host protein IHF and relaxase TraI. TraM was excluded from complex formation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.5, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The complex after assembly and gel filtration was subjected to glutaraldehyde cross-linking

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Movies were collected in counting mode fractionated over 50 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: A reconstruction resulting from initial processing of the cryoEM dataset to yield a low resolution map showing order/disorder in the trans-esterase (TE) domain of TraI. In this initial 3D map ...詳細: A reconstruction resulting from initial processing of the cryoEM dataset to yield a low resolution map showing order/disorder in the trans-esterase (TE) domain of TraI. In this initial 3D map of the relaxosome, TE domain is ordered as the oriT DNA (ds-67_+113(poly-dT15-17_-3)deltaTraM) used was conducive to dsDNA melting.
使用した粒子像数: 346208
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: CryoSPARC ab-initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Homogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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