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- EMDB-50055: Cryo-EM structure of SAVED-Lon protease CCaCalpL filament bound to cA4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50055
タイトルCryo-EM structure of SAVED-Lon protease CCaCalpL filament bound to cA4
マップデータ
試料
  • 複合体: Filament fragment of cA4 bound CCaCalpL
    • 複合体: CCaCalpL
      • タンパク質・ペプチド: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
    • 複合体: cA4
      • RNA: cA4
キーワードLON PROTEASE / SAVED DOMAIN / CRISPR / HYDROLASE
機能・相同性SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Cloacimonas acidaminovorans (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Tamulaitiene G / Sasnauskas G / Smalakyte D / Tamulaitis G
資金援助リトアニア, 1件
OrganizationGrant number国
Research Council of LithuaniaS-MIP-22-9リトアニア
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Filament formation activates protease and ring nuclease activities of CRISPR Lon-SAVED.
著者: Dalia Smalakyte / Audrone Ruksenaite / Giedrius Sasnauskas / Giedre Tamulaitiene / Gintautas Tamulaitis
要旨: To combat phage infection, type III CRISPR-Cas systems utilize cyclic oligoadenylates (cA) signaling to activate various auxiliary effectors, including the CRISPR-associated Lon-SAVED protease CalpL, ...To combat phage infection, type III CRISPR-Cas systems utilize cyclic oligoadenylates (cA) signaling to activate various auxiliary effectors, including the CRISPR-associated Lon-SAVED protease CalpL, which forms a tripartite effector system together with an anti-σ factor, CalpT, and an ECF-like σ factor, CalpS. Here, we report the characterization of the Candidatus Cloacimonas acidaminovorans CalpL-CalpT-CalpS. We demonstrate that cA binding triggers CalpL filament formation and activates it to cleave CalpT within the CalpT-CalpS dimer. This cleavage exposes the CalpT C-degron, which targets it for further degradation by cellular proteases. Consequently, CalpS is released to bind to RNA polymerase, causing growth arrest in E. coli. Furthermore, the CalpL-CalpT-CalpS system is regulated by the SAVED domain of CalpL, which is a ring nuclease that cleaves cA in a sequential three-step mechanism. These findings provide key mechanistic details for the activation, proteolytic events, and regulation of the signaling cascade in the type III CRISPR-Cas immunity.
履歴
登録2024年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-22.984999999999999 - 43.563408000000003
平均 (標準偏差)0.000000000003838 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Filament fragment of cA4 bound CCaCalpL

全体名称: Filament fragment of cA4 bound CCaCalpL
要素
  • 複合体: Filament fragment of cA4 bound CCaCalpL
    • 複合体: CCaCalpL
      • タンパク質・ペプチド: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
    • 複合体: cA4
      • RNA: cA4

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超分子 #1: Filament fragment of cA4 bound CCaCalpL

超分子名称: Filament fragment of cA4 bound CCaCalpL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: CCaCalpL

超分子名称: CCaCalpL / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Candidatus Cloacimonas acidaminovorans (バクテリア)

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超分子 #3: cA4

超分子名称: cA4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing...

分子名称: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candidatus Cloacimonas acidaminovorans (バクテリア)
株: Evry
分子量理論値: 63.294172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGGSHHHHHH GMASWSHPQF EKGGHHHHHH GGSGENLYFQ GGSGPKFNET ADKYLKSGSA EAELIILQYI QQDRVSEDDE EWVYNLLEK ANNPYIKLNA LLWLSAKRKY LTQLSKLWGI SENELKSLSQ QQPKIGLFPA VDSRKNAFLA KVFVYKLKSE E PIALAILG ...文字列:
MGGSHHHHHH GMASWSHPQF EKGGHHHHHH GGSGENLYFQ GGSGPKFNET ADKYLKSGSA EAELIILQYI QQDRVSEDDE EWVYNLLEK ANNPYIKLNA LLWLSAKRKY LTQLSKLWGI SENELKSLSQ QQPKIGLFPA VDSRKNAFLA KVFVYKLKSE E PIALAILG DKIENFSYLA QLGKQNCLIG FNKNIQGNSW QLAVLATLLV KDEKIISKIA YSGIVLPSGE IITAEEIEYK KR CCQNLVH RIKKIEQLDA WLNTETIPLP VIQYQGEENE LKRWQKAMEQ KVQEKFSWFS YELLEDFYGI TNSDLAIFGN GIL PFEANA WQKLLQEQVK DKFKLLEDKV MPKKVLWFYA GQISTLQLGI GALFGFKRAV SILQMEFSNT TYHEVFILYG KENA RQLKN VSVKKEDYQY IQSELLINEP HKNELGFIIY LGSHNPIGEA KAYCQKQLQI NNFLIIQARE NQGVMETSQN WLPYL QEIN SALNTARQEY HWERIHLFQT APTALCMALG IAVGHFLPVD VYHYQFNAEE PKYRCVFSLD KMLNL

UniProtKB: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein

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分子 #2: cA4

分子名称: cA4 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.271866 KDa
配列文字列:
AAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / 使用した粒子像数: 124470
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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