EMDB-49926: Pseudomonas phage Pa223 full-virion, asymmetric reconstruction, 4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-49926

タイトル

Pseudomonas phage Pa223 full-virion, asymmetric reconstruction, 4 A resolution

マップデータ

試料

ウイルス: Pseudomonas virus Pa223 (ウイルス)

キーワード

Phage assembly / Constituent protein / Structural protein / Phage tail component / VIRUS

生物種

Pseudomonas virus Pa223 (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å

データ登録者

Hou CFD / Cingolani G / Lokareddy KR

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM140733	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100888	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	OD024978	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-resolution cryo-EM analysis of the therapeutic Pseudomonas phage Pa223
著者: Hou CFD / Lokareddy KR / Cingolani G

履歴

登録	2025年3月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月6日	-
マップ公開	2025年8月6日	-
更新	2025年8月6日	-
現状	2025年8月6日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_49926.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_49926.map.gz	666.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-49926-v30.xml emd-49926.xml	16.5 KB 16.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_49926_fsc.xml	21 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_49926.png	89 KB
Filedesc metadata	emd-49926.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_49926_half_map_1.map.gz emd_49926_half_map_2.map.gz	670.7 MB 671 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49926	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_49926_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_49926_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_49926_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_49926_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-49926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-49926	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49882C 49887C 49902C 49909C 49910C 49916C 49925C 9nwiC 9nwmC 9nxkC 9nxoC 9nxpC 9ny2C 9ny6C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_49926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.89 Å/pix. x 600 pix. = 1135.2 Å	1.89 Å/pix. x 600 pix. = 1135.2 Å	1.89 Å/pix. x 600 pix. = 1135.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.892 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.014
最小 - 最大	-0.033034723 - 0.09617776
平均 (標準偏差)	0.00035718104 (±0.006977604)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_49926_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_49926_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Pseudomonas virus Pa223

全体	名称: Pseudomonas virus Pa223 (ウイルス)
要素	ウイルス: Pseudomonas virus Pa223 (ウイルス)

-
超分子 #1: Pseudomonas virus Pa223

超分子	名称: Pseudomonas virus Pa223 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 2590840 / 生物種: Pseudomonas virus Pa223 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 62000
CTF補正	ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 46000 / Random conical tilt - Tilt angle: 15 degrees
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46000
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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