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- EMDB-4990: T=4 MS2 Virus-like-particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4990
タイトルT=4 MS2 Virus-like-particle
マップデータ0.04
試料
  • ウイルス: Escherichia virus MS2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードMS2 / T=4 / BACTERIOPHAGE / VLP / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia phage MS2 (ファージ) / Escherichia virus MS2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者de Martin Garrido N / Ramlaul K
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206212_Z_17_Z 英国
Royal Society206212_Z_17_Z 英国
引用ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2020
タイトル: Bacteriophage MS2 displays unreported capsid variability assembling T = 4 and mixed capsids.
著者: Natàlia de Martín Garrido / Michael A Crone / Kailash Ramlaul / Paul A Simpson / Paul S Freemont / Christopher H S Aylett /
要旨: Bacteriophage MS2 is a positive-sense, single-stranded RNA virus encapsulated in an asymmetric T = 3 pseudo-icosahedral capsid. It infects Escherichia coli through the F-pilus, in which it binds ...Bacteriophage MS2 is a positive-sense, single-stranded RNA virus encapsulated in an asymmetric T = 3 pseudo-icosahedral capsid. It infects Escherichia coli through the F-pilus, in which it binds through a maturation protein incorporated into its capsid. Cryogenic electron microscopy has previously shown that its genome is highly ordered within virions, and that it regulates the assembly process of the capsid. In this study, we have assembled recombinant MS2 capsids with non-genomic RNA containing the capsid incorporation sequence, and investigated the structures formed, revealing that T = 3, T = 4 and mixed capsids between these two triangulation numbers are generated, and resolving structures of T = 3 and T = 4 capsids to 4 Å and 6 Å respectively. We conclude that the basic MS2 capsid can form a mix of T = 3 and T = 4 structures, supporting a role for the ordered genome in favouring the formation of functional T = 3 virions.
履歴
登録2019年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rrt
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rrt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈0.04
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 394.637 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 394.637 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 394.637 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0277 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.005223552 - 0.06659612
平均 (標準偏差)0.009301431 (±0.012062271)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 394.63678 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.02770052083331.02770052083331.0277005208333
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.637394.637394.637
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0050.0670.009

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添付データ

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ハーフマップ: MS2 bacteriophage T=4 virus-like particle half-map 1

ファイルemd_4990_half_map_1.map
注釈MS2 bacteriophage T=4 virus-like particle half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: MS2 bacteriophage T=4 virus-like particle half-map 2

ファイルemd_4990_half_map_2.map
注釈MS2 bacteriophage T=4 virus-like particle half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia virus MS2

全体名称: Escherichia virus MS2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Escherichia virus MS2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Escherichia virus MS2

超分子名称: Escherichia virus MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 329852 / 生物種: Escherichia virus MS2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage MS2 (ファージ)
分子量理論値: 13.869659 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MASNFTQFVL VDNGGTGDVT VAPSNFANGV AEWISSNSRS QAYKVTCSVR QSSAQNRKYT IKVEVPKVAT QTVGGVELPV AAWRSYLNM ELTIPIFATN SDCELIVKAM QGLLKDGNPI PSAIAANSGI Y

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 1 mM EDTA, 100 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2129 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
詳細: Frames were obtained with a beam-splitter Images were recorded at both 100kx and 150kx and resampled in Fourier space to 100kx for refinement
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.3 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Dose weighting was applied with MotionCor2
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8360

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: Version 2.1
詳細: Resolution within a tight mask was 6.16 by FSC 0.143 cut-off while unmasked resolution was 7.
使用した粒子像数: 3499
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: version 2.1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tc1


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Dimers were fitted independently
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6rrt:
T=4 MS2 Virus-like-particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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