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- EMDB-49797: Structure of MurJ in complex with single gene lysis protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49797
タイトルStructure of MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7
マップデータ
試料
  • 複合体: MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7
    • 複合体: soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ fusion
      • タンパク質・ペプチド: Lipid II flippase MurJ
    • 複合体: single gene lysis protein from phage PP7
      • タンパク質・ペプチド: Lysis protein
キーワードlipid II flippase / phage single gene lysis proteins / peptidoglycan biosynthesis / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid translocation / lipid-linked peptidoglycan transport / lipid-linked peptidoglycan transporter activity / division septum / lipid translocation / cardiolipin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan biosynthesis protein MurJ / : / Lipid II flippase MurJ
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipid II flippase MurJ / Lysis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Li YE / Clemons WM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114611 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundationto W.M.C. 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Convergent MurJ flippase inhibition by phage lysis proteins.
著者: Yancheng E Li / S Francesca Antillon / Grace F Baron / Karthik Chamakura / Ry Young / William M Clemons /
要旨: Antimicrobial drug resistance poses a global health challenge that necessitates the identification of new druggable targets. The essential lipid II flippase MurJ is a promising yet underexplored ...Antimicrobial drug resistance poses a global health challenge that necessitates the identification of new druggable targets. The essential lipid II flippase MurJ is a promising yet underexplored antimicrobial target in bacterial cell wall biosynthesis. The only known inhibitors of Gram-negative (diderm) MurJ are the single-gene lysis proteins (Sgls) from the lytic single-strand RNA phages M (Sgl) and PP7 (Sgl). Sgl and Sgl have distinct evolutionary origins and share no sequence similarity. Here we describe a common mechanism of MurJ inhibition by these phage-encoded Sgls. We determined the structures of MurJ-bound Sgl and Sgl and discovered a third distinct MurJ-targeting Sgl from the predicted phage Changjiang3 (Sgl) that we also characterized structurally. Our findings demonstrate that all three Sgls evolved convergently to trap MurJ in a periplasm-open conformation through a common MurJ interface, revealing a pathway for drug design.
履歴
登録2025年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49797.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49797.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.108
最小 - 最大-0.3104725 - 0.47740674
平均 (標準偏差)-0.00009691839 (±0.008062261)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49797_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_49797_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49797_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49797_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7

全体名称: MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7
要素
  • 複合体: MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7
    • 複合体: soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ fusion
      • タンパク質・ペプチド: Lipid II flippase MurJ
    • 複合体: single gene lysis protein from phage PP7
      • タンパク質・ペプチド: Lysis protein

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超分子 #1: MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7

超分子名称: MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 6 KDa

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超分子 #2: soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ fusion

超分子名称: soluble cytochrome b562, lipid II flippase MurJ fusion
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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超分子 #3: single gene lysis protein from phage PP7

超分子名称: single gene lysis protein from phage PP7 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)

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分子 #1: Lipid II flippase MurJ

分子名称: Lipid II flippase MurJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 66.66868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLLF SLAAVSIATM FSRVLGFARD AIVARIFGAG MATDAFFVAF KLPNLLRRIF A EGAFSQAF ...文字列:
MADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDILV GQIDDALKLA NEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLLF SLAAVSIATM FSRVLGFARD AIVARIFGAG MATDAFFVAF KLPNLLRRIF A EGAFSQAF VPILAEYKSK QGEDATRVFV SYVSGLLTLA LAVVTVAGML AAPWVIMVTA PGFADTADKF ALTSQLLKIT FP YILLISL ASLVGAILNT WNRFSIPAFA PTLLNISMIG FALFAAPYFN PPVLALAWAV TVGGVLQLVY QLPHLKKIGM LVL PRINFH DAGAMRVVKQ MGPAILGVSV SQISLIINTI FASFLASGSV SWMYYADRLM EFPSGVLGVA LGTILLPSLS KSFA SGNHD EYNRLMDWGL RLCFLLALPS AVALGILSGP LTVSLFQYGK FTAFDALMTQ RALIAYSVGL IGLIVVKVLA PGFYS RQDI KTPVKIAIVT LILTQLMNLA FIGPLKHAGL SLSIGLAACL NASLLYWQLR KQKIFTPQPG WMAFLLRLVV AVLVMS GVL LGMLHIMPEW SLGTMPWRLL RLMAVVLAGI AAYFAALAVL GSAWSHPQFE K

UniProtKB: Lipid II flippase MurJ

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分子 #2: Lysis protein

分子名称: Lysis protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
分子量理論値: 6.058651 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGHHHHHHGS GSGSGSGSGS GSGSGSGSGS SKPLVALAYV TLYLLASVFL SQLAYPIGSW AV

UniProtKB: Lysis protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
5.0 %C3H8O3Glycerol
0.005 %C47H88O22LMNG
0.0005 %C31H50O4CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 67547
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6cc4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1-v4

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9nu5:
Structure of MurJ in complex with single gene lysis protein from phage PP7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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