[日本語] English
万見
- EMDB-49737: Subtomogram Average of in situ Lipoprotein Lipase Filament -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49737
タイトルSubtomogram Average of in situ Lipoprotein Lipase Filament
マップデータSubtomogram average of human Lipoprotein Lipase from images taken of vesicles presenting gold-labeled syndecan-1. B factor of 1000 applied during post-processing.
試料
  • 複合体: Lipoprotein Lipase Filament found in Vesicles
キーワードLipase / Filament / Helical Complex / HYDROLASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Gunn KH / Wheless A / Neher SB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL125654 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL163352 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00 GM146024-04 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Cryogenic electron tomography reveals helical organization of lipoprotein lipase in storage vesicles.
著者: Kathryn H Gunn / Anna Wheless / Thomas Calcraft / Mark Kreutzberger / Kareem El-Houshy / Edward H Egelman / Peter B Rosenthal / Saskia B Neher /
要旨: Lipoprotein lipase (LPL) is a triglyceride lipase that is contained in intracellular vesicles in an inactive storage form before secretion, but the precise structural details have not yet been ...Lipoprotein lipase (LPL) is a triglyceride lipase that is contained in intracellular vesicles in an inactive storage form before secretion, but the precise structural details have not yet been resolved. Using cryo-electron tomography (cryo-ET), we observe that LPL exists inside of storage vesicles as a filament with an 11-nanometer diameter and is packed in these vesicles in two distinct patterns. Next, we solved a 4.2-Å resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of this 11-nanometer LPL filament using purified protein. The filament is made of repeating pairs of LPL molecules with occluded active sites, rendering the LPL inactive. The comparison of the in situ subtomogram average and the in vitro cryo-EM structure indicates that the previously uncharacterized physiological storage form of LPL is an inactive filament.
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49737.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of human Lipoprotein Lipase from images taken of vesicles presenting gold-labeled syndecan-1. B factor of 1000 applied during post-processing.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 503.04 Å		1.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 503.04 Å		1.97 Å/pix.
x 256 pix.
= 503.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.965 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00854
最小 - 最大-0.06017094 - 0.15254377
平均 (標準偏差)0.00054924283 (±0.004803483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 503.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_49737_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unfiltered and unweighted reconstruction, lowpass filtered to 32...

ファイルemd_49737_additional_1.map
注釈Unfiltered and unweighted reconstruction, lowpass filtered to 32 Angstroms.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unfiltered and unweighted half map (2/2).

ファイルemd_49737_half_map_1.map
注釈Unfiltered and unweighted half map (2/2).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Unfiltered and unweighted half map (1/2).

ファイルemd_49737_half_map_2.map
注釈Unfiltered and unweighted half map (1/2).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Lipoprotein Lipase Filament found in Vesicles

全体名称: Lipoprotein Lipase Filament found in Vesicles
要素
  • 複合体: Lipoprotein Lipase Filament found in Vesicles

-
超分子 #1: Lipoprotein Lipase Filament found in Vesicles

超分子名称: Lipoprotein Lipase Filament found in Vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.2 5% Sorbitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細Purified vesicles from HEK293 cells overexpressing lipoprotein lipase and syndecan-1

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.46 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用したサブトモグラム数: 2452
抽出トモグラム数: 19 / 使用した粒子像数: 8155 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
CTF補正タイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る