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- EMDB-49594: Cryo-EM structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribos... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49594
タイトルCryo-EM structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.13A resolution
マップデータFull map of Thermus thermophilus 70S ribosome with 2'deoxy-A76-peptidyl-tRNA and release factor 1
試料
  • 複合体: Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 51種
  • リガンド: x 5種
キーワードTranslation termination / peptide release / release factor / hydrolysis / peptidyl-tRNA / 70S ribosome / cryo-EM / pre-termination state / peptidyl transferase center / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 1 / : / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / : / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain ...Peptide chain release factor 1 / : / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / : / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / : / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 ...Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Peptide chain release factor 1 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア) / Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Aleksandrova EV / Syroegin EA / Basu RS / Vassilevski AA / Gagnon MG / Polikanov YS
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1907273 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM132302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM151957 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM136936 米国
Other governmentUniversity of Illinois Startup Funds
Welch FoundationH-2032-20230405 米国
引用ジャーナル: Science / : 2025
タイトル: Mechanism of release factor-mediated peptidyl-tRNA hydrolysis on the ribosome.
著者: Elena V Aleksandrova / Egor A Syroegin / Ritwika S Basu / Alexander A Vassilevski / Matthieu G Gagnon / Yury S Polikanov /
要旨: Translation termination is essential in all living organisms because it ensures that proteins have lengths strictly defined by their genes. This universal process is mediated by peptide release ...Translation termination is essential in all living organisms because it ensures that proteins have lengths strictly defined by their genes. This universal process is mediated by peptide release factors (RFs) that recognize stop codons and catalyze the hydrolysis of peptidyl transfer RNA (peptidyl-tRNA) on the ribosome, presumably by activating a water molecule. We report structures of the bacterial ribosome in complex with peptidyl-tRNA and RFs in the prepeptide release state. No hydrolytic water molecule was seen in the peptidyl transferase center. Instead, RFs induced rearrangements of the peptidyl-tRNA adenine 76 (A76) ribose pucker that orient the 2'-OH for the nucleophilic attack onto the neighboring carbonyl group. These findings suggest a catalytic mechanism of RF-mediated peptide release and provide a structural basis for the universal conservation of the catalytic domain in peptide RFs.
履歴
登録2025年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of Thermus thermophilus 70S ribosome with 2'deoxy-A76-peptidyl-tRNA and release factor 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 431.258 Å
0.84 Å/pix.
x 512 pix.
= 431.258 Å
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x 512 pix.
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表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8423 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.12407838 - 0.4411776
平均 (標準偏差)0.00015218285 (±0.012346141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 431.2576 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49594_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Sharpened map of Thermus thermophilus 70S ribosome with...

ファイルemd_49594_additional_1.map
注釈Sharpened map of Thermus thermophilus 70S ribosome with 2'deoxy-A76-peptidyl-tRNA and release factor 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map of Thermus thermophilus 70S ribosome with...

ファイルemd_49594_half_map_1.map
注釈Half map of Thermus thermophilus 70S ribosome with 2'deoxy-A76-peptidyl-tRNA and release factor 1
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map of Thermus thermophilus 70S ribosome with...

ファイルemd_49594_half_map_2.map
注釈Half map of Thermus thermophilus 70S ribosome with 2'deoxy-A76-peptidyl-tRNA and release factor 1
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q2...

全体名称: Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys
要素
  • 複合体: Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys
    • RNA: 23S Ribosomal RNA
    • RNA: 5S Ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 16S Ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein Thx
    • RNA: CYS-Stop mRNA
    • タンパク質・ペプチド: Peptide chain release factor 1
    • RNA: P-site Peptidyl-tRNA fMEAAAKC-tRNAcys RNA-part
    • タンパク質・ペプチド: P-site Peptidyl-tRNA fMEAAAKC-tRNAcys Peptide-part
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: water

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超分子 #1: Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q2...

超分子名称: Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#56
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / : HB8

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分子 #1: 23S Ribosomal RNA

分子名称: 23S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 948.007562 KDa
配列文字列: GUCAAGAUGG UAAGGGCCCA CGGUGGAUGC CUCGGCACCC GAGCCGAUGA AGGACGUGGC UACCUGCGAU AAGCCAGGGG GAGCCGGUA GCGGGCGUGG AUCCCUGGAU GUCCGAAUGG GGGAACCCGG CCGGCGGGAA CGCCGGUCAC CGCGCUUUUG C GCGGGGGG ...文字列:
GUCAAGAUGG UAAGGGCCCA CGGUGGAUGC CUCGGCACCC GAGCCGAUGA AGGACGUGGC UACCUGCGAU AAGCCAGGGG GAGCCGGUA GCGGGCGUGG AUCCCUGGAU GUCCGAAUGG GGGAACCCGG CCGGCGGGAA CGCCGGUCAC CGCGCUUUUG C GCGGGGGG AACCUGGGGA ACUGAAACAU CUCAGUACCC AGAGGAGAGG AAAGAGAAAU CGACUCCCUG AGUAGCGGCG AG CGAAAGG GGACCAGCCU AAACCGUCCG GCUUGUCCGG GCGGGGUCGU GGGGCCCUCG GACACCGAAU CCCCAGCCUA GCC GAAGCU GUUGGGAAGC AGCGCCAGAG AGGGUGAAAG CCCCGUAGGC GAAAGGUGGG GGGAUAGGUG AGGGUACCCG AGUA CCCCG UGGUUCGUGG AGCCAUGGGG GAAUCUGGGC GGACCACCGC CUAAGGCUAA GUACUCCGGG UGACCGAUAG CGCAC CAGU ACCGUGAGGG AAAGGUGAAA AGAACCCCGG GAGGGGAGUG AAAUAGAGCC UGAAACCGUG GGCUUACAAG CAGUCA CGG CCCCGCAAGG GGUUGUGGCG UGCCUAUUGA AGCAUGAGCC GGCGACUCAC GGUCGUGGGC GAGCUUAAGC CGUUGAG GC GGAGGCGUAG GGAAACCGAG UCCGAACAGG GCGCAAGCGG GCCGCACGCG GCCCGCAAAG UCCGCGGCCG UGGACCCG A AACCGGGCGA GCUAGCCCUG GCCAGGGUGA AGCUGGGGUG AGACCCAGUG GAGGCCCGAA CCGGUGGGGG AUGCAAACC CCUCGGAUGA GCUGGGGCUA GGAGUGAAAA GCUAACCGAG CCCGGAGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGA CUUUAGGGUC AGCCUCAGG CGCUGACUGG GGCCUGUAGA GCACUGAUAG GGCUAGGGGG CCCACCAGCC UACCAAACCC UGUCAAACUC C GAAGGGUC CCAGGUGGAG CCUGGGAGUG AGGGCGCGAG CGAUAACGUC CGCGUCCGAG CGCGGGAACA ACCGAGACCG CC AGCUAAG GCCCCCAAGU CUGGGCUAAG UGGUAAAGGA UGUGGCGCCG CGAAGACAGC CAGGAGGUUG GCUUAGAAGC AGC CAUCCU UUAAAGAGUG CGUAAUAGCU CACUGGUCGA GUGGCGCCGC GCCGAAAAUG AUCGGGGCUU AAGCCCAGCG CCGA AGCUG CGGGUCUGGG GGAUGACCCC AGGCGGUAGG GGAGCGUUCC CGAUGCCGAU GAAGGCCGAC CCGCGAGGGC GGCUG GAGG UAAGGGAAGU GCGAAUGCCG GCAUGAGUAA CGAUAAAGAG GGUGAGAAUC CCUCUCGCCG UAAGCCCAAG GGUUCC UAC GCAAUGGUCG UCAGCGUAGG GUUAGGCGGG ACCUAAGGUG AAGCCGAAAG GCGUAGCCGA AGGGCAGCCG GUUAAUA UU CCGGCCCUUC CCGCAGGUGC GAUGGGGGGA CGCUCUAGGC UAGGGGGACC GGAGCCAUGG ACGAGCCCGG CCAGAAGC G CAGGGUGGGA GGUAGGCAAA UCCGCCUCCC AACAAGCUCU GCGUGGUGGG GAAGCCCGUA CGGGUGACAA CCCCCCGAA GCCAGGGAGC CAAGAAAAGC CUCUAAGCAC AACCUGCGGG AACCCGUACC GCAAACCGAC ACAGGUGGGC GGGUGCAAGA GCACUCAGG CGCGCGGGAG AACCCUCGCC AAGGAACUCU GCAAGUUGGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCUCCCU G GGGUGAUG AGCCCCGGGG AGCCGCAGUG AACAGGCUCU GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGCUCUCU GCGAACUCGU AA GAGGAGG UAUAGGGAGC GACGCUUGCC CGGUGCCGGA AGGUCAAGGG GAGGGGUGCA AGCCCCGAAC CGAAGCCCCG GUG AACGGC GGCCG(PSU)AAC(5MU) A(PSU)AA(OMC)GGUCC UAAGGUAGCG AAA(5MU)UC(5MC)UUG UCGGGUAAGU UCCGAC(5MC)UG CACGAAAAGC GUAACGACCG GAGCGCUGUC UCGGCGAGGG ACCCGGUGAA AUUGAACUGG CCGUGAA GA UGCGGCCUAC CCGUGGCAGG ACGAAAAGAC CCCGUGGAGC UUUACUGCAG CCUGGUGUUG GCUCUUGGUC GCGCCUGC G UAGGAUAGGU GGGAGCCUGU GAACCCCCGC CUCCGGGUGG GGGGGAGGCG CCGGUGAAAU ACCACCCUGG CGCGGCUGG GGGCCUAACC CUCGGAUGGG GGGACAGCGC UUGGCGGGCA GUUUGACUG(OMG) GGCGGUCGCC UCCUAAAAGG UAACGG AGG CGCCCAAAGG UCCCCUCAGG CGGGACGGAA AUCCGCCGGA GAGCGCAAGG GUAGAAGGGG GCCUGACUGC GAGGCCU GC AAGCCGAGCA GGGGCGAAAG CCGGGCCUAG UGAACCGGUG GUCCCGUGUG GAAGGGCCAU CGAUCAACGG AUAAAAGU U ACCCCGGGGA UAACAGGCUG AUCUCCCCCG AGCGUCCACA GCGGCGGGGA GGUUUGGCAC CUCG(2MA)UGUCG GCUCG UCGC AUCCUGGGGC UGAAGAAGGU CCCAAGGGUU GGGC(OMU)GUUCG CCCAUUAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUCA GA ACGUCGU GAGACAGU(PSU)C GGUCUCUAUC CGCCACGGGC GCAGGAGGCU UGAGGGGGGC UCUUCCUAGU ACGAGAGGA CCGGAAGGGA CGCACCUCUG GUUUCCCAGC UGUCCCUCCA GGGGCAUAAG CUGGGUAGCC AUGUGCGGAA GGGAUAACCG CUGAAAGCA UCUAAGCGGG AAGCCCGCCC CAAGAUGAGG CCUCCCACGG CGUCAAGCCG GUAAGGACCC GGGAAGACCA C CCGGUGGA UGGGCCGGGG GUGUAAGCGC CGCGAGGCGU UGAGCCGACC GGUCCCAAUC GUCCGAGGUC UUGACCCCUC C

GENBANK: GENBANK: AP008226.1

+
分子 #2: 5S Ribosomal RNA

分子名称: 5S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 39.188371 KDa
配列文字列:
UCCCCCGUGC CCAUAGCGGC GUGGAACCAC CCGUUCCCAU UCCGAACACG GAAGUGAAAC GCGCCAGCGC CGAUGGUACU GGGCGGGCG ACCGCCUGGG AGAGUAGGUC GGUGCGGGGG AU

GENBANK: GENBANK: AP008226.1

+
分子 #32: 16S Ribosomal RNA

分子名称: 16S Ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 493.863625 KDa
配列文字列: UUGUUGGAGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGGU GAACGCUGGC GGCGUGCCUA AGACAUGCAA GUCGUGCGGG CCGCGGGGUU UUACUCCGU GGUCAGCGGC GGACGGGUGA GUAACGCGUG GGUGACCUAC CCGGAAGAGG GGGACAACCC GGGGAAACUC G GGCUAAUC ...文字列:
UUGUUGGAGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGGU GAACGCUGGC GGCGUGCCUA AGACAUGCAA GUCGUGCGGG CCGCGGGGUU UUACUCCGU GGUCAGCGGC GGACGGGUGA GUAACGCGUG GGUGACCUAC CCGGAAGAGG GGGACAACCC GGGGAAACUC G GGCUAAUC CCCCAUGUGG ACCCGCCCCU UGGGGUGUGU CCAAAGGGCU UUGCCCGCUU CCGGAUGGGC CCGCGUCCCA UC AGCUAGU UGGUGGGGUA AUGGCCCACC AAGGCGACGA CGGGUAGCCG GUCUGAGAGG AUGGCCGGCC ACAGGGGCAC UGA GACACG GGCCCCACUC CUACGGGAGG CAGCAGUUAG GAAUCUUCCG CAAUGGGCGC AAGCCUGACG GAGCGACGCC GCUU GGAGG AAGAAGCCCU UCGGGGUGUA AACUCCUGAA CCCGGGACGA AACCCCCGAC GAGGGGACUG ACGGUACCGG GGUAA UAGC GCCGGCCAAC UCCG(PSU)GCCAG CAGCC(G7M)CGGU AAUACGGAGG GCGCGAGCGU UACCCGGAUU CACUGGGC G UAAAGGGCGU GUAGGCGGCC UGGGGCGUCC CAUGUGAAAG ACCACGGCUC AACCGUGGGG GAGCGUGGGA UACGCUCAG GCUAGACGGU GGGAGAGGGU GGUGGAAUUC CCGGAGUAGC GGUGAAAUGC GCAGAUACCG GGAGGAACGC CGAUGGCGAA GGCAGCCAC CUGGUCCACC CGUGACGCUG AGGCGCGAAA GCGUGGGGAG CAAACCGGAU UAGAUACCCG GGUAGUCCAC G CCCUAAAC GAUGCGCGCU AGGUCUCUGG GUCUCCUGGG GGCCGAAGCU AACGCGUUAA GCGCGCCGCC UGGGGAGUAC GG CCGCAAG GCUGAAACUC AAAGGAAUUG ACGGGGGCCC GCACAAGCGG UGGAGCAUGU GGUUUAAUUC GAA(M2G)(5MC) AACG CGAAGAACCU UACCAGGCCU UGACAUGCUA GGGAACCCGG GUGAAAGCCU GGGGUGCCCC GCGAGGGGAG CCCUAG CAC AGGUGCUGCA UGGCCGUCGU CAGCUCGUGC CGUGAGGUGU UGGGUUAAGU CCCGCAACGA GCGCAACCCC CGCCGUU AG UUGCCAGCGG UUCGGCCGGG CACUCUAACG GGACUGCCCG CGAAAGCGGG AGGAAGGAGG GGACGACGUC UGGUCAGC A UG(2MG)CCCUUAC GGCCUGGGCG ACACACGUGC UACAAUGCCC ACUACAAAGC GAUGCCACCC GGCAACGGGG AGCUA AUCG CAAAAAGGUG GGCCCAGUUC GGAUUGGGGU CUGCAACCCG ACCCCAUGAA GCCGGAAUCG CUAGUAAUCG CGGAUC AGC CAUGCCGCGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACAC(5MC)G (4OC)C(5MC)GU(5MC)ACGC CAUGGGAGCG G GCUCUACC CGAAGUCGCC GGGAGCCUAC GGGCAGGCGC CGAGGGUAGG GCCCGUGACU GGGGCGAAGU CG(UR3)AACAA G GUAGCUGUAC CGG(MA6)(MA6)GGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUUUCU

GENBANK: GENBANK: AP008226.1

+
分子 #53: CYS-Stop mRNA

分子名称: CYS-Stop mRNA / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 7.827775 KDa
配列文字列:
GGCAAGGAGG UAAAAUGCUA AUAA

+
分子 #55: P-site Peptidyl-tRNA fMEAAAKC-tRNAcys RNA-part

分子名称: P-site Peptidyl-tRNA fMEAAAKC-tRNAcys RNA-part / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 23.927459 KDa
配列文字列:
GGCGCGU(4SU)AA CAAAGCGG(H2U)(H2U) AUGUAGCGGA (PSU)UGCA(MIA)A(PSU)CC GUCUAGUCCG G(5MU) (PSU)CGACUC CGGAACGCGC CUCCA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 30.532551 KDa
配列文字列: MAVKKFKPYT PSRRFMTVAD FSEITKTEPE KSLVKPLKKT GGRNNQGRIT VRFRGGGHKR LYRIIDFKRW DKVGIPAKVA AIEYDPNRS ARIALLHYVD GEKRYIIAPD GLQVGQQVVA GPDAPIQVGN ALPLRFIPVG TVVHAVELEP KKGAKLARAA G TSAQIQGR ...文字列:
MAVKKFKPYT PSRRFMTVAD FSEITKTEPE KSLVKPLKKT GGRNNQGRIT VRFRGGGHKR LYRIIDFKRW DKVGIPAKVA AIEYDPNRS ARIALLHYVD GEKRYIIAPD GLQVGQQVVA GPDAPIQVGN ALPLRFIPVG TVVHAVELEP KKGAKLARAA G TSAQIQGR EGDYVILRLP SGELRKVHGE CYATVGAVGN ADHKNIVLGK AGRSRWLGRR PHVRGAAMNP VDHPHGGGEG RA PRGRPPA SPWGWQTKGL KTRKRRKPSS RFIIARRKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 22.450213 KDa
配列文字列: MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM ...文字列:
MKGILGVKVG MTRIFRDDRA VPVTVILAGP CPVVQRRTPE KDGYTAVQLG FLPQNPKRVN RPLKGHFAKA GVEPVRILRE IRDFNPEGD TVTVEIFKPG ERVDVTGTSK GRGFAGVMKR WNFAGGPDSH GAHKIHRHPG SIGNRKTPGR VYKGKKMAGH Y GAERVTVM NLEVVDVIPE ENLLLVKGAV PGPNGGLVIV RETKKAAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 23.271914 KDa
配列文字列: MKEVAVYQIP VLSPSGRREL AADLPAEINP HLLWEVVRWQ LAKRRRGTAS TKTRGEVAYS GRKIWPQKHT GRARHGDIGA PIFVGGGVV FGPKPRDYSY TLPKKVRKKG LAMAVADRAR EGKLLLVEAF AGVNGKTKEF LAWAKEAGLD GSESVLLVTG N ELVRRAAR ...文字列:
MKEVAVYQIP VLSPSGRREL AADLPAEINP HLLWEVVRWQ LAKRRRGTAS TKTRGEVAYS GRKIWPQKHT GRARHGDIGA PIFVGGGVV FGPKPRDYSY TLPKKVRKKG LAMAVADRAR EGKLLLVEAF AGVNGKTKEF LAWAKEAGLD GSESVLLVTG N ELVRRAAR NLPWVVTLAP EGLNVYDIVR TERLVMDLDA WEVFQNRIGG EA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 21.061596 KDa
配列文字列:
MPLDVALKRK YYEEVRPELI RRFGYQNVWE VPRLEKVVIN QGLGEAKEDA RILEKAAQEL ALITGQKPAV TRAKKSISNF KLRKGMPIG LRVTLRRDRM WIFLEKLLNV ALPRIRDFRG LNPNSFDGRG NYNLGLREQL IFPEITYDMV DALRGMDIAV V TTAETDEE ARALLELLGF PFRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 19.568926 KDa
配列文字列:
MSRIGRLPIP VPKGVSVEVA PGRVKVKGPK GELEVPVSPE MRVVVEEGVV RVERPSDERR HKSLHGLTRT LIANAVKGVS EGYSKELLI KGIGYRARLV GRALELTVGF SHPVVVEPPE GITFEVPEPT RVRVSGIDKQ KVGQVAANIR AIRKPSAYHE K GIYYAGEP VRLKPGKAGA KK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 16.42218 KDa
配列文字列:
MKVILLEPLE NLGDVGQVVD VKPGYARNYL LPRGLAVLAT ESNLKALEAR IRAQAKRLAE RKAEAERLKE ILENLTLTIP VRAGETKIY GSVTAKDIAE ALSRQHGVTI DPKRLALEKP IKELGEYVLT YKPHPEVPIQ LKVSVVAQE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 15.927903 KDa
配列文字列:
MKTYVPKQVE PRWVLIDAEG KTLGRLATKI ATLLRGKHRP DWTPNVAMGD FVVVVNADKI RVTGKKLEQK IYTRYSGYPG GLKKIPLEK MLATHPERVL EHAVKGMLPK GPLGRRLFKR LKVYAGPDHP HQAQRPEKLE V

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 13.323612 KDa
配列文字列:
MIQPQTYLEV ADNTGARKIM CIRVLKGSNA KYATVGDVIV ASVKEAIPRG AVKEGDVVKA VVVRTKKEIK RPDGSAIRFD DNAAVIINN QLEPRGTRVF GPVARELREK GFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 16.319142 KDa
配列文字列:
MKLSDLRPNP GANKRRKRVG RGPGSGHGKT ATRGHKGQKS RSGGLKDPRR FEGGRSTTLM RLPKRGMQGQ VPGEIKRPRY QGVNLKDLA RFEGEVTPEL LVRAGLLKKG YRLKILGEGE AKPLKVVAHA FSKSALEKLK AAGGEPVLLE A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 15.993909 KDa
配列文字列:
MLMPRRMKYR KQQRGRLKGA TKGGDYVAFG DYGLVALEPA WITAQQIEAA RVAMVRHFRR GGKIFIRIFP DKPYTKKPLE VRMGKGKGN VEGYVAVVKP GRVMFEVAGV TEEQAMEALR IAGHKLPIKT KIVRRDAYDE AQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 13.750148 KDa
配列文字列:
MRHLKSGRKL NRHSSHRLAL YRNQAKSLLT HGRITTTVPK AKELRGFVDH LIHLAKRGDL HARRLVLRDL QDVKLVRKLF DEIAPRYRD RQGGYTRVLK LAERRRGDGA PLALVELVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 12.639845 KDa
配列文字列:
MARLTAYERR KFRVRNRIKR TGRLRLSVFR SLKHIYAQII DDEKGVTLVS ASSLALKLKG NKTEVARQVG RALAEKALAL GIKQVAFDR GPYKYHGRVK ALAEGAREGG LEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 17.18883 KDa
配列文字列:
MNRGALIKLV ESRYVRTDLP EFRPGDTVRV SYKVKEGNRT RIQDFEGIVI RIRRNGFNTT FTVRKVSYGV GVERIFPLHS PLIQKIDIV QRGRARRAKL YFIRNLSDRE IRRKLRADRK RIDQDRAAER AAKEEAQKAQ EPKASQE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 13.779275 KDa
配列文字列:
MPRAKTGVVR RRKHKKILKL AKGYWGLRSK SFRKARETLF AAGNYAYAHR KRRKRDFRRL WIVRINAACR QHGLNYSTFI HGLKKAGIE VDRKNLADLA VREPQVFAEL VERAKAAQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.069153 KDa
配列文字列:
MFAIVKTGGK QYRVEPGLKL RVEKLDAEPG ATVELPVLLL GGEKTVVGTP VVEGASVVAE VLGHGRGKKI LVSKFKAKVQ YRRKKGHRQ PYTELLIKEI RG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 12.808055 KDa
配列文字列:
MEAKAIARYV RISPRKVRLV VDLIRGKSLE EARNILRYTN KRGAYFVAKV LESAAANAVN NHDMLEDRLY VKAAYVDEGP ALKRVLPRA RGRADIIKKR TSHITVILGE KHGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 10.759808 KDa
配列文字列:
MKTAYDVILA PVLSEKAYAG FAEGKYTFWV HPKATKTEIK NAVETAFKVK VVKVNTLHVR GKKKRLGRYL GKRPDRKKAI VQVAPGQKI EALEGLI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 12.085611 KDa
配列文字列:
MRVKMHVKKG DTVLVASGKY KGRVGKVKEV LPKKYAVIVE GVNIVKKAVR VSPKYPQGGF IEKEAPLHAS KVRPICPACG KPTRVRKKF LENGKKIRVC AKCGGALDTE E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 23.238572 KDa
配列文字列: MEYRLKAYYR EGEKPSALRR AGKLPGVMYN RHLNRKVYVD LVEFDKVFRQ ASIHHVIVLE LPDGQSLPTL VRQVNLDKRR RRPEHVDFF VLSDEPVEMY VPLRFVGTPA GVRAGGVLQE IHRDILVKVS PRNIPEFIEV DVSGLEIGDS LHASDLKLPP G VELAVSPE ...文字列:
MEYRLKAYYR EGEKPSALRR AGKLPGVMYN RHLNRKVYVD LVEFDKVFRQ ASIHHVIVLE LPDGQSLPTL VRQVNLDKRR RRPEHVDFF VLSDEPVEMY VPLRFVGTPA GVRAGGVLQE IHRDILVKVS PRNIPEFIEV DVSGLEIGDS LHASDLKLPP G VELAVSPE ETIAAVVPPE DVEKLAEEAA AEVAEPEVIK KGKEEEEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 9.529074 KDa
配列文字列:
MAHKKGLGST RNGRDSQAKR LGVKRYEGQV VRAGNILVRQ RGTRFKPGKN VGMGRDFTLF ALVDGVVEFQ DRGRLGRYVH VRPLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.00416 KDa
配列文字列:
MSKVCEISGK RPIVANSIQR RGKAKREGGV GKKTTGISKR RQYPNLQKVR VRVAGQEITF RVAASHIPKV YELVERAKGL KLEGLSPKE IKKELLKLL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 8.670258 KDa
配列文字列:
MKLSEVRKQL EEARKLSPVE LEKLVREKKR ELMELRFQAS IGQLSQNHKI RDLKRQIARL LTVLNEKRRQ NA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 6.799126 KDa
配列文字列:
MPRLKVKLVK SPIGYPKDQK AALKALGLRR LQQERVLEDT PAIRGNVEKV AHLVRVEVVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 8.300543 KDa
配列文字列:
MKEGIHPKLV PARIICGCGN VIETYSTKPE IYVEVCSKCH PFYTGQQRFV DTEGRVERFQ RRYGDSYRKG R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 6.72205 KDa
配列文字列:
MAKHPVPKKK TSKARRDARR SHHALTPPTL VPCPECKAMK PPHTVCPECG YYAGRKVLEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 6.632896 KDa
配列文字列:
MASEVRIKLL LECTECKRRN YATEKNKRNT PNKLELRKYC PWCRKHTVHR EVKI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 6.132449 KDa
配列文字列:
MKRTWQPNRR KRAKTHGFRA RMRTPGGRKV LKRRRQKGRW RLTPAVRKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 7.506178 KDa
配列文字列:
MPKMKTHKGA KKRVKITASG KVVAMKTGKR HLNWQKSGKE IRQKGRKFVL AKPEAERIKL LLPYE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 4.435411 KDa
配列文字列:
MKVRASVKRI CDKCKVIRRH GRVYVICENP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 29.317703 KDa
配列文字列: MPVEITVKEL LEAGVHFGHE RKRWNPKFAR YIYAERNGIH IIDLQKTMEE LERTFRFIED LAMRGGTILF VGTKKQAQDI VRMEAERAG MPYVNQRWLG GMLTNFKTIS QRVHRLEELE ALFASPEIEE RPKKEQVRLK HELERLQKYL SGFRLLKRLP D AIFVVDPT ...文字列:
MPVEITVKEL LEAGVHFGHE RKRWNPKFAR YIYAERNGIH IIDLQKTMEE LERTFRFIED LAMRGGTILF VGTKKQAQDI VRMEAERAG MPYVNQRWLG GMLTNFKTIS QRVHRLEELE ALFASPEIEE RPKKEQVRLK HELERLQKYL SGFRLLKRLP D AIFVVDPT KEAIAVREAR KLFIPVIALA DTDSDPDLVD YIIPGNDDAI RSIQLILSRA VDLIIQARGG VVEPSPSYAL VQ EAEATET PEGESEVEA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 26.751076 KDa
配列文字列: MGNKIHPIGF RLGITRDWES RWYAGKKQYR HLLLEDQRIR GLLEKELYSA GLARVDIERA ADNVAVTVHV AKPGVVIGRG GERIRVLRE ELAKLTGKNV ALNVQEVQNP NLSAPLVAQR VAEQIERRFA VRRAIKQAVQ RVMESGAKGA KVIVSGRIGG A EQARTEWA ...文字列:
MGNKIHPIGF RLGITRDWES RWYAGKKQYR HLLLEDQRIR GLLEKELYSA GLARVDIERA ADNVAVTVHV AKPGVVIGRG GERIRVLRE ELAKLTGKNV ALNVQEVQNP NLSAPLVAQR VAEQIERRFA VRRAIKQAVQ RVMESGAKGA KVIVSGRIGG A EQARTEWA AQGRVPLHTL RANIDYGFAL ARTTYGVLGV KAYIFLGEVI GGQKPKARPE LPKAEERPRR RRPAVRVKKE E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 24.373447 KDa
配列文字列: MGRYIGPVCR LCRREGVKLY LKGERCYSPK CAMERRPYPP GQHGQKRARR PSDYAVRLRE KQKLRRIYGI SERQFRNLFE EASKKKGVT GSVFLGLLES RLDNVVYRLG FAVSRRQARQ LVRHGHITVN GRRVDLPSYR VRPGDEIAVA EKSRNLELIR Q NLEAMKGR ...文字列:
MGRYIGPVCR LCRREGVKLY LKGERCYSPK CAMERRPYPP GQHGQKRARR PSDYAVRLRE KQKLRRIYGI SERQFRNLFE EASKKKGVT GSVFLGLLES RLDNVVYRLG FAVSRRQARQ LVRHGHITVN GRRVDLPSYR VRPGDEIAVA EKSRNLELIR Q NLEAMKGR KVGPWLSLDV EGMKGKFLRL PDREDLALPV NEQLVIEFYS R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 17.583416 KDa
配列文字列:
MPETDFEEKM ILIRRTARMQ AGGRRFRFGA LVVVGDRQGR VGLGFGKAPE VPLAVQKAGY YARRNMVEVP LQNGTIPHEI EVEFGASKI VLKPAAPGTG VIAGAVPRAI LELAGVTDIL TKELGSRNPI NIAYATMEAL RQLRTKADVE RLRKGEAHAQ A QG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.988753 KDa
配列文字列:
MRRYEVNIVL NPNLDQSQLA LEKEIIQRAL ENYGARVEKV EELGLRRLAY PIAKDPQGYF LWYQVEMPED RVNDLARELR IRDNVRRVM VVKSQEPFLA NA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 18.050973 KDa
配列文字列:
MARRRRAEVR QLQPDLVYGD VLVTAFINKI MRDGKKNLAA RIFYDACKII QEKTGQEPLK VFKQAVENVK PRMEVRSRRV GGANYQVPM EVSPRRQQSL ALRWLVQAAN QRPERRAAVR IAHELMDAAE GKGGAVKKKE DVERMAEANR AYAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 15.86857 KDa
配列文字列:
MLTDPIADML TRIRNATRVY KESTDVPASR FKEEILRILA REGFIKGYER VDVDGKPYLR VYLKYGPRRQ GPDPRPEQVI HHIRRISKP GRRVYVGVKE IPRVRRGLGI AILSTSKGVL TDREARKLGV GGELICEVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 14.410614 KDa
配列文字列:
MEQYYGTGRR KEAVARVFLR PGNGKVTVNG QDFNEYFQGL VRAVAALEPL RAVDALGHFD AYITVRGGGK SGQIDAIKLG IARALVQYN PDYRAKLKPL GFLTRDARVV ERKKYGKHKA RRAPQYSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.954968 KDa
配列文字列:
MPKIRIKLRG FDHKTLDASA QKIVEAARRS GAQVSGPIPL PTRVRRFTVI RGPFKHKDSR EHFELRTHNR LVDIINPNRK TIEQLMTLD LPTGVEIEIK TVGGGR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 13.737868 KDa
配列文字列:
MAKKPSKKKV KRQVASGRAY IHASYNNTIV TITDPDGNPI TWSSGGVIGY KGSRKGTPYA AQLAALDAAK KAMAYGMQSV DVIVRGTGA GREQAIRALQ ASGLQVKSIV DDTPVPHNGC RPKKKFRKAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 14.683476 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK GREKVRKKSK VPALKGAPFR RGVCTVVRTV TPKKPNSALR KVAKVRLTSG YEVTAYIPGE GHNLQEHSVV LIRGGRVK(0TD) LPGVRYHIVR GVYDAAGVKD RKKSRSKYGT KKPKEAAKTA AKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 14.338861 KDa
配列文字列:
MARIAGVEIP RNKRVDVALT YIYGIGKARA KEALEKTGIN PATRVKDLTE AEVVRLREYV ENTWKLEGEL RAEVAANIKR LMDIGCYRG LRHRRGLPVR GQRTRTNART RKGPRKTVAG KKKAPRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 7.158725 KDa
配列文字列:
MARKALIEKA KRTPKFKVRA YTRCVRCGRA RSVYRFFGLC RICLRELAHK GQLPGVRKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 10.578407 KDa
配列文字列:
MPITKEEKQK VIQEFARFPG DTGSTEVQVA LLTLRINRLS EHLKVHKKDH HSHRGLLMMV GQRRRLLRYL QREDPERYRA LIEKLGIRG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 10.409983 KDa
配列文字列:
MVKIRLARFG SKHNPHYRIV VTDARRKRDG KYIEKIGYYD PRKTTPDWLK VDVERARYWL SVGAQPTDTA RRLLRQAGVF RQEAREGA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 12.325655 KDa
配列文字列:
MPKKVLTGVV VSDKMQKTVT VLVERQFPHP LYGKVIKRSK KYLAHDPEEK YKLGDVVEII ESRPISKRKR FRVLRLVESG RMDLVEKYL IRRQNYESLS KRGGKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 10.258299 KDa
配列文字列:
MSTKNAKPKK EAQRRPSRKA KVKATLGEFD LRDYRNVEVL KRFLSETGKI LPRRRTGLSA KEQRILAKTI KRARILGLLP FTEKLVRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 10.605464 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGVF VDDHLLEKVL ELNAKGEKRL IKTWSRRSTI VPEMVGHTIA VYNGKQHVPV YITENMVGHK LGEFAPTRTY RGHGKEAKA TKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.736143 KDa
配列文字列:
MAQKKPKRNL SALKRHRQSL KRRLRNKAKK SAIKTLSKKA IQLAQEGKAE EALKIMRKAE SLIDKAAKGS TLHKNAAARR KSRLMRKVR QLLEAAGAPL IGGGLSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #52: 30S ribosomal protein Thx

分子名称: 30S ribosomal protein Thx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 3.35003 KDa
配列文字列:
MGKGDRRTRR GKIWRGTYGK YRPRKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bTHX

+
分子 #54: Peptide chain release factor 1

分子名称: Peptide chain release factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 40.167559 KDa
配列文字列: MLDKLDRLEE EYRELEALLS DPEVLKDKGR YQSLSRRYAE MGEVIGLIRE YRKVLEDLEQ AESLLDDPEL KEMAKAEREA LLARKEALE KELERHLLPK DPMDERDAIV EIRAGTGGEE AALFARDLFN MYLRFAEEMG FETEVLDSHP TDLGGFSKVV F EVRGPGAY ...文字列:
MLDKLDRLEE EYRELEALLS DPEVLKDKGR YQSLSRRYAE MGEVIGLIRE YRKVLEDLEQ AESLLDDPEL KEMAKAEREA LLARKEALE KELERHLLPK DPMDERDAIV EIRAGTGGEE AALFARDLFN MYLRFAEEMG FETEVLDSHP TDLGGFSKVV F EVRGPGAY GTFKYESGVH RVQRVPVTET QGRIHTSTAT VAVLPKAEEE DFALNMDEIR IDVMRASGPG G(MEQ)GVNTTD S AVRVVHLPTG IMVTCQDSRS QIKNREKALM ILRSRLLEMK RAEEAERLRK TRLAQIGTGE RSEKIRTYNF PQSRVTDHR IGFTTHDLEG VLSGHLTPIL EALKRADQER QLAALAEG

UniProtKB: Peptide chain release factor 1

+
分子 #56: P-site Peptidyl-tRNA fMEAAAKC-tRNAcys Peptide-part

分子名称: P-site Peptidyl-tRNA fMEAAAKC-tRNAcys Peptide-part / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 751.891 Da
配列文字列:
(FME)EAAAKC

+
分子 #57: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1685 / : MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #58: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 52 / : K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #59: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 6 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #60: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 60 / コピー数: 1 / : SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #61: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 61 / コピー数: 4759 / : HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.375 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 5 mM HEPES-KOH, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, 10 mM Mg(CH3COO)2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 気圧: 0.024 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 25104 / 平均露光時間: 1.1984 sec. / 平均電子線量: 39.7153 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.1) / 使用した粒子像数: 617938
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9no7:
Cryo-EM structure of the wild-type Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, A-site Q230-N5-methylated Release Factor 1, and P-site 2'-deoxy-A76-fMEAAAKC-peptidyl-tRNAcys at 2.13A resolution

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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