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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of SIWI-piRNA-target(39-nt)-GTSF1-Maelstrom-Spindle-E complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SIWI / GTSF1 / Maelstrom / RNA BINDING PROTEIN / Spindle-E / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報female sex determination / regulation of miRNA-mediated gene silencing / PET complex / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / piRNA processing / male meiotic nuclear division / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing ...female sex determination / regulation of miRNA-mediated gene silencing / PET complex / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / piRNA processing / male meiotic nuclear division / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / helicase activity / spermatogenesis / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / RNA helicase / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sarkar S / Gebert LFR / MacRae IJ | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025タイトル: A conserved PIWI silencing complex detects piRNA-target engagement. 著者: Dipayan De / Sucharita Sarkar / Luca F R Gebert / Timothy Wiryaman / Todd A Anzelon / Ian J MacRae / ![]() 要旨: In animal germ cells, PIWI proteins use piRNAs to detect active selfish genetic elements. Base-pairing to a piRNA defines transposon recognition, but how this interaction triggers a defensive ...In animal germ cells, PIWI proteins use piRNAs to detect active selfish genetic elements. Base-pairing to a piRNA defines transposon recognition, but how this interaction triggers a defensive response remains unclear. Here, we identify a transposon recognition complex composed of the silkworm proteins Siwi, GTSF1, and Maelstrom. Biochemical and cryo-electron microscopy (cryo-EM) analyses show that extended piRNA-target pairing locks Siwi in a conformation that recruits GTSF1 and Maelstrom. Extended piRNA-target pairing is recognized by the N-terminal helix of Maelstrom and the first zinc finger of GTSF1, which act together to hold Siwi in an endonucleolytically active state. The resulting activated complex, termed Siwi, rapidly cleaves target RNAs and recruits the piRNA biogenesis factor Spindle-E. Structural predictions reveal related complexes in animals ranging from humans to sponges, indicating PIWI assembly is a conserved transposon recognition mechanism employed broadly across the metazoan kingdom. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_49422.map.gz | 70.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-49422-v30.xml emd-49422.xml | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_49422.png | 74.5 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-49422.cif.gz | 9 KB | ||
| その他 | emd_49422_half_map_1.map.gz emd_49422_half_map_2.map.gz | 70.7 MB 70.7 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-49422 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_49422_validation.pdf.gz | 788.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_49422_full_validation.pdf.gz | 788.3 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_49422_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_49422_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-49422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-49422 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_49422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_49422_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_49422_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SIWI-piRNA-target(39-nt)-GTSF1-Maelstrom-Spindle-E complex
| 全体 | 名称: SIWI-piRNA-target(39-nt)-GTSF1-Maelstrom-Spindle-E complex |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: SIWI-piRNA-target(39-nt)-GTSF1-Maelstrom-Spindle-E complex
| 超分子 | 名称: SIWI-piRNA-target(39-nt)-GTSF1-Maelstrom-Spindle-E complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Piwi-like protein Siwi
| 分子 | 名称: Piwi-like protein Siwi / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 101.484242 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MSEPRGRGRA RGRAGRGGDG GGPAPRRPGE QAGPSQQSMP PGPRPQPPSG WGPQSSVPPV RAGVPTPTAQ AGRASHRVTP TTHEHPGDI DVQQRMQKLE LGPHSSGGGD ASSVVGRGSR RGGGRVLPET ISILRTRPEA VTSKKGTSGT PLDLLANYFT V ETTPKWGL ...文字列: MSEPRGRGRA RGRAGRGGDG GGPAPRRPGE QAGPSQQSMP PGPRPQPPSG WGPQSSVPPV RAGVPTPTAQ AGRASHRVTP TTHEHPGDI DVQQRMQKLE LGPHSSGGGD ASSVVGRGSR RGGGRVLPET ISILRTRPEA VTSKKGTSGT PLDLLANYFT V ETTPKWGL YQYHVDISPE EDSTGVRKAL MRVHSKTLGG YLFDGTVLYT VNRLHPDPME LYSDRKTDNE RMRILIKLTC EV SPGDYHY IQIFNIIIRK CFNLLKLQLM GRDYFDPEAK IDIPEFKLQI WPGYKTTINQ YEDRLLLVTE IAHKVLRMDT VLQ MLSEYA ATKGNNYKKI FLEDVVGKIV MTDYNKRTYR VDDVAWNVSP KSTFKMRDEN ITYIEYYYKK YNLRIQDPGQ PLLI SRSKP REIRAGLPEL IYLVPELCRQ TGLSDEMRAN FKLMRSLDVH TKIGPDKRIE KLNNFNRRFT STPEVVEELA TWSLK LSKE LVKIKGRQLP PENIIQANNV KYPAGDTTEG WTRDMRSKHL LAIAQLNSWV VITPERQRRD TESFIDLIIK TGGGVG FRM RSPDLVVIRH DGPIEYANMC EEVIARKNPA LILCVLARNY ADRYEAIKKK CTVDRAVPTQ VVCARNMSSK SAMSIAT KV AIQINCKLGG SPWTVDIPLP SLMVVGYDVC HDTRSKEKSF GAFVATLDKQ MTQYYSIVNA HTSGEELSSH MGFNIASA V KKFREKNGTY PARIFIYRDG VGDGQIPYVH SHEVAEIKKK LAEIYAGVEI KLAFIIVSKR INTRIFVQRG RSGENPRPG TVIDDVVTLP ERYDFYLVSQ NVREGTIAPT SYNVIEDTTG LNPDRIQRLT YKLTHLYFNC SSQVRVPSVC QYAHKLAFLA ANSLHNQPH YSLNETLYFL UniProtKB: Piwi-like protein Siwi |
-分子 #4: GTSF1
| 分子 | 名称: GTSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 17.358834 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MEVTIANPKP NQMITCPYEK AHIVEHYRMH IHLQKCRKQH PACNKVQCPF DATHVVNDVE LDFHVTVCPK RHMLDTQLYI TDDEYRPTV EVHATPVLPS DENWDDETST SYIPDPSKKG AHIITKAKGL TRSERQSLRK ELIKTYRPLE UniProtKB: CHHC U11-48K-type domain-containing protein |
-分子 #5: Maelstrom
| 分子 | 名称: Maelstrom / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 49.900469 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MPKKKTPQNP FFFFMMDYRK EQAEIGIKYA NTKELAEAAG PVWQNLRPTL KAKYEEKAKN EKEKNKQTGT KFTSTGIPIK VIEQQQREM KNAEDNEKKD IQNIVKLKVF DQSIKTEDFY VIDVNSYCKA NGDYLIGEFT VTQFSLQDGV KNSYHETIIP S CVPVGYMF ...文字列: MPKKKTPQNP FFFFMMDYRK EQAEIGIKYA NTKELAEAAG PVWQNLRPTL KAKYEEKAKN EKEKNKQTGT KFTSTGIPIK VIEQQQREM KNAEDNEKKD IQNIVKLKVF DQSIKTEDFY VIDVNSYCKA NGDYLIGEFT VTQFSLQDGV KNSYHETIIP S CVPVGYMF DVKLGAEEFG LEMPGTDDAG PNYIQILANI IDYLKQKDRT VQVLPPMFTL PEKVDAVQNF ISQMCNCATE DD SLFRIYK LDTFFFTLIN AISSHHDEGF PKESLALTQL TKDLFDYTPG IACERHESLD RSNVCTTSRV KRWVFTILDR CCP LLGIPL QPGKHLPFDY DINGILIFKE ERKTRAAPSV PRTATASSNS SFINDSLNES FQSLNVTGET AASGSAPGRR VHKP LRMPR TDYSQRIQQA PELTEANFPT LTGHGRGRGL TRSNN UniProtKB: HMG box domain-containing protein |
-分子 #6: Spindle-E
| 分子 | 名称: Spindle-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 163.275547 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MDELKAFFNS PCPSSNQVTK LRGPLTGGFR IPKEDTMNDM NRKEAHRHMV VPSGTDYARE VKDRETELYL KNEIERKQYE SMSAGLESL EQLSLIGASV QNIGELNDEA MTEVYSKYSF QKKEDANNLA INSYKQQILD RIRGFPVVII EGPTGCGKTT Q VPQWLLDD ...文字列: MDELKAFFNS PCPSSNQVTK LRGPLTGGFR IPKEDTMNDM NRKEAHRHMV VPSGTDYARE VKDRETELYL KNEIERKQYE SMSAGLESL EQLSLIGASV QNIGELNDEA MTEVYSKYSF QKKEDANNLA INSYKQQILD RIRGFPVVII EGPTGCGKTT Q VPQWLLDD CYHNRRPCKI IVTQPRRIAA ISITRRVAQE RGWDVGGLVG YQVGLDNRTS TDTRIHYVTT GVLLQKLVSA KT MNEYTHV ILDEVHERGQ EMDFLLLVVK KLLYTMSPAV KVVLMSATFN SKAFADYFMI PTPRGLQMST CIKVEKREHM FTV KTFYLN HLNKFGSVLQ NSMPKNGEPG INPEMHHLVI KLLNAFEQID KQEDNYMDRS EADLPSVLIF LPGINEIEDL YSSL TDHDL RTKVADLECA NYKWWVLPLH STITADEQVR VFQRAPLGHR KIILSTNIAE SSITVPDIKY VVDFCLMKVL EADAI TNFT SLKLCWASKT NCEQRAGRAG RVRDGRVYRL VTDKFYDSLR DECPPEIVRC PLERLALLAK MLDMGPPSDI LALAMD PPD MSNIHRTVLV LKEIGALKKT LDNEWSSSDG DLTYMGRIMA KLPIDVRASK LIVLGYVYGC LDECVIMAAA MSVKNVF NS PFRERLNAYN SKLTWADGST SDCIALLNVY KVWNHLRQQQ QFKQQGSEVQ WSRRFFVQVR ALRELDDMVR ELRLRLSR E GLESEGNASP WARNELPLAL KVIMAGAFYP QYFIQVSQDE EREREALRTL SGFDPRNTVY LRNFPDHQPG EVYASLIKK VVKQQIGDEP CVSFDKNGRK VFLTFNDGSY LSRSEKENSG DPTIPGQVAL PVYKCIKARQ LRLDIRIPLL PLEKANALAS AMQINNKDI SMERTVPRLP EIDDTHFPLK ITHEVNVGKF WVQYDDESTA AELRLIQYAL NHGPLLTHTG DVSADEIYAA P YADASGTV MCRVRVLKLL PMDMVEVAYM DYGGTGRVST CNLHALPAGA SRTCPPLGVP CALAGVAPAR RLHDRPAWSP QA YSCFREL ISRPRLIAKV YSVVHGVVAI ELLTDGGHVS VNEILIKKGF AVPCEESYES KLNHDLRQTA NELNLAQKRA YNK EQTEAA FYQLGDAAPP NYRECVADVC LKGPYSPLES SLHNLMYSSR DKPVQIDSSS VNSVLLDTEP QITYERLLVA AEVG QNESF SKLTLRLSTL MPNIPALPAI IALLFCPTAE LRRDSSATRY VSALCGLGAA PDAAPRFPEH DLLVNIDADL DVEDI GWIN HNRYLTDYML YCGEGQDMPT ADDEFRPQIP GIIRKNLMQL IKKRRKLRPT EAVPTAWEWK SVPEDELMEI TVPDMV ERA VLYELHVPLE LHPVSRDHLL ALKRDNDQLK LLVSRTPISS SAELSCKLCG TGPMPPHAMR LHLYSNIHKE KEEDFQM FQ T UniProtKB: Probable ATP-dependent RNA helicase spindle-E |
-分子 #2: piRNA
| 分子 | 名称: piRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
| 分子量 | 理論値: 8.111833 KDa |
| 配列 | 文字列: UGGAGUGUGA CAAUGGUGUU UGAU(A2M) |
-分子 #3: target RNA (39-nt)
| 分子 | 名称: target RNA (39-nt) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
| 分子量 | 理論値: 12.455611 KDa |
| 配列 | 文字列: AAAAAAAUAU CAAACACCAU UGUCACACUC CAAAAAAAA |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
| 分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #8: ZINC ION
| 分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: ZN |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 濃度 | 1.11 mg/mL | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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| グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa / 詳細: 15 mA | ||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3412 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
| 実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 初期モデル |
| ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||
| 得られたモデル | ![]() PDB-9nhs: |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
データ登録者
米国, 1件
引用















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FIELD EMISSION GUN

