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- EMDB-4939: Structure of PTCH1 bound to a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4939
タイトルStructure of PTCH1 bound to a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II: focused refinement of the membrane domain
マップデータFocused refinement of the membrane domain of PTCH1
試料
  • 複合体: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
    • 複合体: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
      • タンパク質・ペプチド: Protein patched homolog 1
    • 複合体: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
      • タンパク質・ペプチド: Sonic hedgehog protein
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate axis specification / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / response to chlorate / neural tube patterning / cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / hedgehog family protein binding / hindlimb morphogenesis / Ligand-receptor interactions ...neural plate axis specification / cell differentiation involved in kidney development / hedgehog receptor activity / response to chlorate / neural tube patterning / cell proliferation involved in metanephros development / smoothened binding / hedgehog family protein binding / hindlimb morphogenesis / Ligand-receptor interactions / epidermal cell fate specification / spinal cord motor neuron differentiation / prostate gland development / limb morphogenesis / Activation of SMO / negative regulation of cell division / patched binding / somite development / dorsal/ventral neural tube patterning / smooth muscle tissue development / cellular response to cholesterol / pharyngeal system development / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / cell fate determination / commissural neuron axon guidance / metanephric collecting duct development / regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / Class B/2 (Secretin family receptors) / embryonic limb morphogenesis / negative regulation of multicellular organism growth / ciliary membrane / cholesterol binding / branching involved in ureteric bud morphogenesis / smoothened signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / spermatid development / dendritic growth cone / keratinocyte proliferation / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / response to retinoic acid / axonal growth cone / heart morphogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / Hedgehog 'off' state / response to mechanical stimulus / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / liver regeneration / animal organ morphogenesis / protein localization to plasma membrane / stem cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / neural tube closure / Hedgehog 'on' state / brain development / protein processing / caveola / endocytic vesicle membrane / apical part of cell / glucose homeostasis / response to estradiol / heparin binding / regulation of protein localization / midbody / in utero embryonic development / postsynaptic membrane / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane receptor, patched / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein patched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Korkhov VM / Qi C
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation150665 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structural basis of sterol recognition by human hedgehog receptor PTCH1.
著者: Chao Qi / Giulio Di Minin / Irene Vercellino / Anton Wutz / Volodymyr M Korkhov /
要旨: Hedgehog signaling is central in embryonic development and tissue regeneration. Disruption of the pathway is linked to genetic diseases and cancer. Binding of the secreted ligand, Sonic hedgehog ...Hedgehog signaling is central in embryonic development and tissue regeneration. Disruption of the pathway is linked to genetic diseases and cancer. Binding of the secreted ligand, Sonic hedgehog (ShhN) to its receptor Patched (PTCH1) activates the signaling pathway. Here, we describe a 3.4-Å cryo-EM structure of the human PTCH1 bound to ShhN, a modified hedgehog ligand mimicking its palmitoylated form. The membrane-embedded part of PTCH1 is surrounded by 10 sterol molecules at the inner and outer lipid bilayer portion of the protein. The annular sterols interact at multiple sites with both the sterol-sensing domain (SSD) and the SSD-like domain (SSDL), which are located on opposite sides of PTCH1. The structure reveals a possible route for sterol translocation across the lipid bilayer by PTCH1 and homologous transporters.
履歴
登録2019年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2019年10月9日-
現状2019年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4939.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement of the membrane domain of PTCH1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 244.23 Å		0.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 244.23 Å		0.81 Å/pix.
x 300 pix.
= 244.23 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8141 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.03598391 - 0.06646849
平均 (標準偏差)0.00006657017 (±0.001292825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 244.23001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.81410.81410.8141
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z244.230244.230244.230
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ224224224
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0360.0660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II

全体名称: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
要素
  • 複合体: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
    • 複合体: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
      • タンパク質・ペプチド: Protein patched homolog 1
    • 複合体: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
      • タンパク質・ペプチド: Sonic hedgehog protein

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超分子 #1: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II

超分子名称: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II

超分子名称: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II

超分子名称: Complex of PTCH1 with a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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分子 #1: Protein patched homolog 1

分子名称: Protein patched homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASAGNAAEP QDRGGGGSGC IGAPGRPAGG GRRRRTGGLR RAAAPDRDYL HRPSYCDAAF ALEQISKGKA TGRKAPLWLR AKFQRLLFKL GCYIQKNCGK FLVVGLLIFG AFAVGLKAAN LETNVEELWV EVGGRVSREL NYTRQKIGEE AMFNPQLMIQ TPKEEGANVL ...文字列:
MASAGNAAEP QDRGGGGSGC IGAPGRPAGG GRRRRTGGLR RAAAPDRDYL HRPSYCDAAF ALEQISKGKA TGRKAPLWLR AKFQRLLFKL GCYIQKNCGK FLVVGLLIFG AFAVGLKAAN LETNVEELWV EVGGRVSREL NYTRQKIGEE AMFNPQLMIQ TPKEEGANVL TTEALLQHLD SALQASRVHV YMYNRQWKLE HLCYKSGELI TETGYMDQII EYLYPCLIIT PLDCFWEGAK LQSGTAYLLG KPPLRWTNFD PLEFLEELKK INYQVDSWEE MLNKAEVGHG YMDRPCLNPA DPDCPATAPN KNSTKPLDMA LVLNGGCHGL SRKYMHWQEE LIVGGTVKNS TGKLVSAHAL QTMFQLMTPK QMYEHFKGYE YVSHINWNED KAAAILEAWQ RTYVEVVHQS VAQNSTQKVL SFTTTTLDDI LKSFSDVSVI RVASGYLLML AYACLTMLRW DCSKSQGAVG LAGVLLVALS VAAGLGLCSL IGISFNAATT QVLPFLALGV GVDDVFLLAH AFSETGQNKR IPFEDRTGEC LKRTGASVAL TSISNVTAFF MAALIPIPAL RAFSLQAAVV VVFNFAMVLL IFPAILSMDL YRREDRRLDI FCCFTSPCVS RVIQVEPQAY TDTHDNTRYS PPPPASSHSF AHETQITMQS TVQLRTEYDP HTHVYYTTAE PRSEISVQPV TVTQDTLSCQ SPESTSSTRD LLSQFSDSSL HCLEPPCTKW TLSSFAEKHY APFLLKPKAK VVVIFLFLGL LGVSLYGTTR VRDGLDLTDI VPRETREYDF IAAQFKYFSF YNMYIVTQKA DYPNIQHLLY DLHRSFSNVK YVMLEENKQL PKMWLHYFRD WLQGLQDAFD SDWETGKIMP NNYKNGSDDG VLAYKLLVQT GSRDKPIDIS QLTKQRLVDA DGIINPSAFY IYLTAWVSND PVAYAASQAN IRPHRPEWVH DKADYMPETR LRIPAAEPIE YAQFPFYLNG LRDTSDFVEA IEKVRTICSN YTSLGLSSYP NGYPFLFWEQ YIGLRHWLLL FISVVLACTF LVCAVFLLNP WTAGIIVMVL ALMTVELFGM MGLIGIKLSA VPVVILIASV GIGVEFTVHV ALAFLTAIGD KNRRAVLALE HMFAPVLDGA VSTLLGVLML AGSEFDFIVR YFFAVLAILT ILGVLNGLVL LPVLLSFFGP YPEVSPANAA ALEVLFQGPG GVSKGEELFT GVVPILVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDATY GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTFGYGLQ CFARYPDHMK QHDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN GIKVNFKIRH NIEDGSVQLA DHYQQNTPIG DGPVLLPDNH YLSYQSALSK DPNEKRDHMV LLEFVTAAGI TLGMDELYKA ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE K

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分子 #2: Sonic hedgehog protein

分子名称: Sonic hedgehog protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: ShhN-C24II, a modified sonic hedgehog protein / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MKKHHHHHHG SGMSDSEVNQ EAKPEVKPEV KPETHINLKV SDGSSEIFFK IKKTTPLRRL MEAFAKRQGK EMDSLRFLYD GIRIQADQTP EDLDMEDNDI IEAHREQIGG IIGPGRGFGK RRHPKKLTPL AYKQFIPNVA EKTLGASGRY EGKISRNSER FKELTPNYNP ...文字列:
MKKHHHHHHG SGMSDSEVNQ EAKPEVKPEV KPETHINLKV SDGSSEIFFK IKKTTPLRRL MEAFAKRQGK EMDSLRFLYD GIRIQADQTP EDLDMEDNDI IEAHREQIGG IIGPGRGFGK RRHPKKLTPL AYKQFIPNVA EKTLGASGRY EGKISRNSER FKELTPNYNP DIIFKDEENT GADRLMTQRC KDKLNALAIS VMNQWPGVKL RVTEGWDEDG HHSEESLHYE GRAVDITTSD RDRSKYGMLA RLAVEAGFDW VYYESKAHIH CSVKAENSVA AKSGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 707620
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initital model generated in cisTEM
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Focused refinement with masking the detergent micelle and the ectodomain
使用した粒子像数: 200679
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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