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- EMDB-49358: Cryo-EM structure of Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49358
タイトルCryo-EM structure of Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex with Fab, N-term La/Fab focused map
マップデータdeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein RO60
    • タンパク質・ペプチド: Lupus La protein
    • RNA: Minimal misfolded pre-5S rRNA
キーワードRo60 autoantigen / RNA chaperone / RNA folding / La autoantigen / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nam H / Deme JC / Lea SM / Wolin SL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Wolin Group 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2026
タイトル: Mechanistic insights into RNA chaperoning by Ro60 and La autoantigens.
著者: Hyeyeon Nam / Justin C Deme / Soyeong Sim / Marco Boccitto / Susan M Lea / Sandra L Wolin /
要旨: Although ATP-independent chaperones assist RNA folding, the mechanisms by which they function remain elusive. Here, we demonstrate how two RNA chaperones collaborate to unfold misfolded noncoding ...Although ATP-independent chaperones assist RNA folding, the mechanisms by which they function remain elusive. Here, we demonstrate how two RNA chaperones collaborate to unfold misfolded noncoding RNAs (ncRNAs). The ring-shaped Ro60 protein binds the ends of misfolded ncRNAs in its cavity, whereas La stabilizes nascent ncRNAs and assists their folding. Using cryo-electron microscopy to resolve the structure of a misfolded RNA complexed with Ro60 and La, we show that La cradles the Ro60 ribonucleoprotein (RNP), with its N-terminal domain binding the RNA 3' end after it passes through the Ro60 cavity, while its C-terminal domain destabilizes structures in the misfolded RNA body. Using selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension and mutational profiling (SHAPE-MaP), we show that La and Ro60 function synergistically to unfold non-native structures. As the RNAs bound by Ro60 and La include both ncRNA precursors and ncRNAs with oligouridine tails, this RNA chaperone machine may function widely to recognize misfolded and otherwise aberrant ncRNAs and assist their unfolding.
履歴
登録2025年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49358.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49358.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 448 pix.
= 310.464 Å		0.69 Å/pix.
x 448 pix.
= 310.464 Å		0.69 Å/pix.
x 448 pix.
= 310.464 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.693 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.038986273 - 2.1507797
平均 (標準偏差)0.00066560705 (±0.016275048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 310.46402 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49358_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: b-factor sharpened map

ファイルemd_49358_additional_1.map
注釈b-factor sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_49358_additional_2.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_49358_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_49358_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex

全体名称: Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex
要素
  • 複合体: Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein RO60
    • タンパク質・ペプチド: Lupus La protein
    • RNA: Minimal misfolded pre-5S rRNA

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超分子 #1: Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex

超分子名称: Ro60/La/minimal misfolded pre-5S rRNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: RNA-binding protein RO60

分子名称: RNA-binding protein RO60 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEESVNQMQP LNEKQIANSQ DGYVWQVTDM NRLHRFLCFG SEGGTYYIKE QKLGLENAEA LIRLIEDGRG CEVIQEIKSF SQEGRTTKQ EPMLFALAIC SQCSDISTKQ AAFKAVSEVC RIPTHLFTFI QFKKDLKESM KCGMWGRALR KAIADWYNEK G GMALALAV ...文字列:
MEESVNQMQP LNEKQIANSQ DGYVWQVTDM NRLHRFLCFG SEGGTYYIKE QKLGLENAEA LIRLIEDGRG CEVIQEIKSF SQEGRTTKQ EPMLFALAIC SQCSDISTKQ AAFKAVSEVC RIPTHLFTFI QFKKDLKESM KCGMWGRALR KAIADWYNEK G GMALALAV TKYKQRNGWS HKDLLRLSHL KPSSEGLAIV TKYITKGWKE VHELYKEKAL SVETEKLLKY LEAVEKVKRT KD ELEVIHL IEEHRLVREH LLTNHLKSKE VWKALLQEMP LTALLRNLGK MTANSVLEPG NSEVSLVCEK LCNEKLLKKA RIH PFHILI ALETYKTGHG LRGKLKWRPD EEILKALDAA FYKTFKTVEP TGKRFLLAVD VSASMNQRVL GSILNASTVA AAMC MVVTR TEKDSYVVAF SDEMVPCPVT TDMTLQQVLM AMSQIPAGGT DCSLPMIWAQ KTNTPADVFI VFTDNETFAG GVHPA IALR EYRKKMDIPA KLIVCGMTSN GFTIADPDDR GMLDMCGFDT GALDVIRNFT LDMI

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分子 #2: Lupus La protein

分子名称: Lupus La protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAENGDNEKM AALEAKICHQ IEYYFGDFNL PRDKFLKEQI KLDEGWVPLE IMIKFNRLNR LTTDFNVIVE ALSKSKAELM EISEDKTKI RRSPSKPLPE VTDEYKNDVK NRSVYIKGFP TDATLDDIKE WLEDKGQVLN IQMRRTLHKA FKGSIFVVFD S IESAKKFV ...文字列:
MAENGDNEKM AALEAKICHQ IEYYFGDFNL PRDKFLKEQI KLDEGWVPLE IMIKFNRLNR LTTDFNVIVE ALSKSKAELM EISEDKTKI RRSPSKPLPE VTDEYKNDVK NRSVYIKGFP TDATLDDIKE WLEDKGQVLN IQMRRTLHKA FKGSIFVVFD S IESAKKFV ETPGQKYKET DLLILFKDDY FAKKNEERKQ NKVEAKLRAK QEQEAKQKLE EDAEMKSLEE KIGCLLKFSG DL DDQTCRE DLHILFSNHG EIKWIDFVRG AKEGIILFKE KAKEALGKAK DANNGNLQLR NKEVTWEVLE GEVEKEALKK IIE DQQESL NKWKSKGRRF KGKGKGNKAA QPGSGKGKVQ FQGKKTKFAS DDEHDEHDEN GATGPVKRAR EETDKEEPAS KQQK TENGA GDQLEHHHHH H

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分子 #3: Minimal misfolded pre-5S rRNA

分子名称: Minimal misfolded pre-5S rRNA / タイプ: rna / ID: 3
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
GCCUACCCGC ACACUACCCU GUUCGCAGGG UCGGCGGUGG UUUUUCAUAG GCUUUUCAAA GUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96901
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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