PDB-9nen: Cryo-EM structure of human Ro60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nen

タイトル

Cryo-EM structure of human Ro60

要素

RNA-binding protein RO60

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Ro60 autoantigen / RNA chaperone / RNA folding / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Nam, H. / Deme, J.C. / Lea, S.M. / Wolin, S.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CCR Core Funding for Lea Group	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CCR Core Funding for Wolin Group	米国

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2026
タイトル: Mechanistic insights into RNA chaperoning by Ro60 and La autoantigens
著者: Nam, H. / Deme, J.C. / Sim, S. / Boccitto, M. / Lea, S.M. / Wolin, S.L.

履歴

登録	2025年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2026年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年2月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nen.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nen.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/9nen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/9nen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49328MC 49327C 49329C 49353C 49354C 49355C 49357C 49358C 49359C 49360C 9nepC 9nf8C 9nfaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-binding protein RO60

60.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	RNA-binding protein RO60 分子量: 60726.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Ro60 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 52.1 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103783 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	4017
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.5	5414
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.716	533
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.038	626
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	675

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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