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万見
- EMDB-49323: Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49323
タイトルPolyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 33 binding H1 HA
マップデータNegative stain map of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA (A/California/04/2009 H1 (HA2 E47K)) from animal 6 week 33
試料
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 33 binding H1 HA
    • 複合体: Fab
    • 複合体: hemagglutinin
キーワードinfluenza virus / hemagglutinin / polyclonal antibody / VIRAL PROTEIN
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Han J / Leon AN / Richey ST / Ferguson JA / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AS03-adjuvanted chimeric HA-based influenza vaccine induces long-lived stalk-specific plasma cells in bone marrow and lymph nodes of non-human primates
著者: Akhtar A / Styles TM / Gu C / Leon AN / Tharp GK / Stokdyk K / Abbad A / Hirst C / Strohmeier S / Neumann G / Richey ST / Ferguson JA / Ahmed H / Han J / Carreno JM / Davis CW / Antia R / ...著者: Akhtar A / Styles TM / Gu C / Leon AN / Tharp GK / Stokdyk K / Abbad A / Hirst C / Strohmeier S / Neumann G / Richey ST / Ferguson JA / Ahmed H / Han J / Carreno JM / Davis CW / Antia R / Ward AB / Kawaoka Y / Krammer F / Ahmed R / Amara RR
履歴
登録2025年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain map of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA (A/California/04/2009 H1 (HA2 E47K)) from animal 6 week 33
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.67 Å/pix.
x 208 pix.
= 347.36 Å		1.67 Å/pix.
x 208 pix.
= 347.36 Å		1.67 Å/pix.
x 208 pix.
= 347.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0187
最小 - 最大-0.036058806 - 0.090652704
平均 (標準偏差)-0.00008287233 (±0.0037404937)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 347.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_49323_additional_1.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the H1 HA low stem epitope from animal 6 week 33
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map B of global refinement...

ファイルemd_49323_half_map_1.map
注釈Negative stain half map B of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA (A/California/04/2009 H1 (HA2 E47K)) from animal 6 week 33
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map A of global refinement...

ファイルemd_49323_half_map_2.map
注釈Negative stain half map A of global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to H1 HA (A/California/04/2009 H1 (HA2 E47K)) from animal 6 week 33
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 3...

全体名称: Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 33 binding H1 HA
要素
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 33 binding H1 HA
    • 複合体: Fab
    • 複合体: hemagglutinin

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超分子 #1: Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 3...

超分子名称: Polyclonal immune complex of Fab from serum of animal 6 at week 33 binding H1 HA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 280 KDa

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超分子 #2: Fab

超分子名称: Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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超分子 #3: hemagglutinin

超分子名称: hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/04/2009 E47K

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4m4y


詳細: 30A map generated in Chimera and used as starting model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 55000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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