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万見
- EMDB-4928: Cryo-EM reconstruction of TMV coat protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4928
タイトルCryo-EM reconstruction of TMV coat protein
マップデータ
試料
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
キーワードcryo-EM / single particle reconstruction / Tobacco mosaic virus / helical reconstruction / ESRF / Titan Krios / K2 Summit / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kandiah E / Effantin G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: CM01: a facility for cryo-electron microscopy at the European Synchrotron.
著者: Eaazhisai Kandiah / Thierry Giraud / Alejandro de Maria Antolinos / Fabien Dobias / Gregory Effantin / David Flot / Michael Hons / Guy Schoehn / Jean Susini / Olof Svensson / Gordon A Leonard ...著者: Eaazhisai Kandiah / Thierry Giraud / Alejandro de Maria Antolinos / Fabien Dobias / Gregory Effantin / David Flot / Michael Hons / Guy Schoehn / Jean Susini / Olof Svensson / Gordon A Leonard / Christoph Mueller-Dieckmann /
要旨: Recent improvements in direct electron detectors, microscope technology and software provided the stimulus for a `quantum leap' in the application of cryo-electron microscopy in structural biology, ...Recent improvements in direct electron detectors, microscope technology and software provided the stimulus for a `quantum leap' in the application of cryo-electron microscopy in structural biology, and many national and international centres have since been created in order to exploit this. Here, a new facility for cryo-electron microscopy focused on single-particle reconstruction of biological macromolecules that has been commissioned at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) is presented. The facility is operated by a consortium of institutes co-located on the European Photon and Neutron Campus and is managed in a similar fashion to a synchrotron X-ray beamline. It has been open to the ESRF structural biology user community since November 2017 and will remain open during the 2019 ESRF-EBS shutdown.
履歴
登録2019年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_4928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.12 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.12 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 384.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.1419214 - 0.35838932
平均 (標準偏差)0.000548363 (±0.011957242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 384.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco mosaic virus

全体名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 17.091998 KDa
配列文字列:
SYSITTPSQF VFLSSAWADP IELINLCTNA LGNQFQTQQA RTVVQRQFSE VWKPSPQVTV RFPDSDFKVY RYNAVLDPLV TALLGAFDT RNRIIEVENQ ANPTTAETLD ATRRVDDATV AIRSAINNLI VELIRGTGSY NRSSFESSSG LVWT

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 24
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 958.66 Da
配列文字列:
GAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.41 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.04 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109763
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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