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万見
- EMDB-49251: Icosahedral capsid assembly of phage JohannRWettstein (Bas63) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49251
タイトルIcosahedral capsid assembly of phage JohannRWettstein (Bas63)
マップデータIcosahedral capsid assembly of phage JohannRWettstein (Bas63)
試料
  • ウイルス: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Head stabilization/decoration protein
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin-like domain protein
キーワードCapsid / Major capsid protein / decoration protein / HOC-like / IG-like / phage / bacteriophage / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion / viral capsid / host cell cytoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin-like domain protein / Head stabilization/decoration protein / Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Hodgkinson-Bean J
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)GD0696J004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Icosahedral capsid assembly of phage JohannRWettstein (Bas63)
著者: Hodgkinson-Bean J / Ayala R / McJarrow-Keller K / Cassin L / Rutter GL / Crowe AJM / Wolf M / Bostina M
履歴
登録2025年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49251.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral capsid assembly of phage JohannRWettstein (Bas63)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 756 pix.
= 1048.572 Å		1.39 Å/pix.
x 756 pix.
= 1048.572 Å		1.39 Å/pix.
x 756 pix.
= 1048.572 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.387 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.873
最小 - 最大-1.407499 - 3.1107688
平均 (標準偏差)0.01391275 (±0.20021078)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ756756756
Spacing756756756
セルA=B=C: 1048.572 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49251_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49251_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage JohannRWettstein

全体名称: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Head stabilization/decoration protein
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin-like domain protein

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超分子 #1: Escherichia phage JohannRWettstein

超分子名称: Escherichia phage JohannRWettstein / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2852035 / 生物種: Escherichia phage JohannRWettstein / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 41.600082 KDa
配列文字列: MLTNSEKSRF FLADLTGEVQ SIPNTYGYIS NLGLFRSAPI TQTTFLMDLT DWDVSLLDAV DRDSRKAETS APERVRQISF PMMYFKEVE SITPDEIQGV RQPGTANELT TEAVVRAKKL MKIRTKFDIT REFLFMQALK GKVVDARGTL YADLYKQFDV E KKTVYFDL ...文字列:
MLTNSEKSRF FLADLTGEVQ SIPNTYGYIS NLGLFRSAPI TQTTFLMDLT DWDVSLLDAV DRDSRKAETS APERVRQISF PMMYFKEVE SITPDEIQGV RQPGTANELT TEAVVRAKKL MKIRTKFDIT REFLFMQALK GKVVDARGTL YADLYKQFDV E KKTVYFDL DNPNADIDAS IEELRMHMED EAKTGTVING EEIHVVVDRV FFSKLVKHPK IRDAYLAQQT PLAWQQITGS LR TGGTDGV QAHMNTFYYG GVKFVQYNGK FKDKRGKVHT LVSIDSVAAT VGVGHAFPNV SMLGEANNIF EVAYGPCPKM GYA NTLGQE LYVFEYEKDR DEGIDFEAHS YMLPYCTRPQ LLVDVRADAK AD

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Head stabilization/decoration protein

分子名称: Head stabilization/decoration protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 13.606316 KDa
配列文字列:
MAYQGFTKLG NREPLNDIIL WEQITPTGHS RKEYTPQAST EYRVGEVLKA DGTKVQAGEE AQADSVCIVN FYADLQLSYH GQLKVVGIH RDAELKDLLT LEASVDAAAV KTALAAKGID FVPTGL

UniProtKB: Head stabilization/decoration protein

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分子 #3: Immunoglobulin-like domain protein

分子名称: Immunoglobulin-like domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage JohannRWettstein (ファージ)
分子量理論値: 48.003848 KDa
配列文字列: MIKAKTYPDF KEFVKGFIAN VKAGKRYDFR TYQEAILPLT YSSYWPEADI AEVEKFDYKP DYKVPFSDDL LYSIGAQMRT SDFFMDLQY AIINGKDVDT VYCEWLARVK PFSMLNAKLK DAIKPPAITQ QPTNQTVNEG GTLTLSVIAT NATGYQWKKG G EDISSATS ...文字列:
MIKAKTYPDF KEFVKGFIAN VKAGKRYDFR TYQEAILPLT YSSYWPEADI AEVEKFDYKP DYKVPFSDDL LYSIGAQMRT SDFFMDLQY AIINGKDVDT VYCEWLARVK PFSMLNAKLK DAIKPPAITQ QPTNQTVNEG GTLTLSVIAT NATGYQWKKG G EDISSATS ATYTKQSVVP SDAGSYTCVV SGEAGTSVTS DAATVTVNAL PVITQQPSSQ TINEGGNINL EVTATGATGY QW KKDGSDI PSATEATYSK SGALPTDAGS YTCVVTGAGG SVTSSAATVT VNALPVITQQ PTAKTVNEGG TLTLNIVATG ATG YQWSKD NVSIEEAKSA TFTKAGVTPA DAGSYKCTVT GAGGDVVSDA AVVTVNALPV ITQQPTNQEI TEGETLTLNV VATG ATGYQ WKKGEENIPD ATTATYTKEG ATAADAGSYT CVVTGAGGSV TSNAATVTVN PAGGE

UniProtKB: Immunoglobulin-like domain protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 49.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30942
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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