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- EMDB-4925: Density map of GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4925
タイトルDensity map of GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA, Class 1, compact
マップデータDensity map of GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA, Class 1, compact
試料
  • 複合体: GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.5 Å
データ登録者Krintel C / Dorosz J / Larsen AH / Thorsen TS / Venskutonyte R / Mirza O / Gajhede M / Boesen T / Kastrup JS
資金援助 デンマーク, 2件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research デンマーク
Lundbeckfonden デンマーク
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2021
タイトル: Binding of a negative allosteric modulator and competitive antagonist can occur simultaneously at the ionotropic glutamate receptor GluA2.
著者: Christian Krintel / Jerzy Dorosz / Andreas Haahr Larsen / Thor Seneca Thorsen / Raminta Venskutonytė / Osman Mirza / Michael Gajhede / Thomas Boesen / Jette Sandholm Kastrup /
要旨: Ionotropic glutamate receptors are ligand-gated ion channels governing neurotransmission in the central nervous system. Three major types of antagonists are known for the AMPA-type receptor GluA2: ...Ionotropic glutamate receptors are ligand-gated ion channels governing neurotransmission in the central nervous system. Three major types of antagonists are known for the AMPA-type receptor GluA2: competitive, noncompetitive (i.e., negative allosteric modulators; NAMs) used for treatment of epilepsy, and uncompetitive antagonists. We here report a 4.65 Å resolution X-ray structure of GluA2, revealing that four molecules of the competitive antagonist ZK200775 and four molecules of the NAM GYKI53655 are capable of binding at the same time. Using negative stain electron microscopy, we show that GYKI53655 alone or ZK200775/GYKI53655 in combination predominantly results in compact receptor forms. The agonist AMPA provides a mixed population of compact and bulgy shapes of GluA2 not impacted by addition of GYKI53655. Taken together, this suggests that the two different mechanisms of antagonism that lead to channel closure are independent and that the distribution between bulgy and compact receptors primarily depends on the ligand bound in the glutamate binding site. DATABASE: The atomic coordinates and structure factors from the crystal structure determination have been deposited in the Protein Data Bank under accession code https://doi.org/10.2210/pdb6RUQ/pdb. The electron microscopy 3D reconstruction volumes have been deposited in EMDB (EMD-4875: Apo; EMD-4920: ZK200775/GYKI53655; EMD-4921: AMPA compact; EMD-4922: AMPA/GYKI53655 bulgy; EMD-4923: GYKI53655; EMD-4924: AMPA bulgy; EMD-4925: AMPA/GYKI53655 compact).
履歴
登録2019年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月20日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0473
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0473
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA, Class 1, compact
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.14 Å/pix.
x 90 pix.
= 282.6 Å		3.14 Å/pix.
x 90 pix.
= 282.6 Å		3.14 Å/pix.
x 90 pix.
= 282.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0473 / ムービー #1: 0.0473
最小 - 最大-0.08579029 - 0.13347761
平均 (標準偏差)0.0017938436 (±0.0150233125)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 282.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.143.143.14
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z282.600282.600282.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ645365
NX/NY/NZ139143124
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.0860.1330.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA

全体名称: GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA
要素
  • 複合体: GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA

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超分子 #1: GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA

超分子名称: GluA2cryst with allosteric modulator GYKI53655 and agonist AMPA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: GluA2 solubilized in n-Dodecyl-beta-Maltoside Detergent (DDM) sequence: NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC ...詳細: GluA2 solubilized in n-Dodecyl-beta-Maltoside Detergent (DDM) sequence: NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC GTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNIN NDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGAEVSGFQIVD YDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEI ERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVLTEDDTSGLEQKTVVVTTILESPYVMMK ANHAALAGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVI DFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTN EFGIFNSLWFSLGAFMQQGADISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGT LDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDS KGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLV ALIEFCYKSRAEAKRMKGLVPRG NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC GTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNIN NDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGAEVSGFQIVD YDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEI ERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVLTEDDTSGLEQKTVVVTTILESPYVMMK ANHAALAGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVI DFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTN EFGIFNSLWFSLGAFMQQGADISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGT LDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDS KGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLV ALIEFCYKSRAEAKRMKGLVPRG NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC GTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNIN NDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGAEVSGFQIVD YDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEI ERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVLTEDDTSGLEQKTVVVTTILESPYVMMK ANHAALAGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVI DFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTN EFGIFNSLWFSLGAFMQQGADISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGT LDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDS KGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLV ALIEFCYKSRAEAKRMKGLVPRG NSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFC GTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNIN NDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGAEVSGFQIVD YDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEI ERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVLTEDDTSGLEQKTVVVTTILESPYVMMK ANHAALAGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVI DFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTN EFGIFNSLWFSLGAFMQQGADISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGT LDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDS KGYGIATPKGSSLGTPVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLV ALIEFCYKSRAEAKRMKGLVPRG
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 370 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.04 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
150.0 mMNaCl
0.5 mg/mln-Dodecyl-beta-Maltoside (DDM)
1.0 mMGYKI53655
1.0 mMAMPA
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: sample stained with 2% uranyl acetate for 15 sec
詳細molar protein conc 0.1 uM 1 mM GYKI53655 1 mM AMPA

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 53872
CTF補正ソフトウェア - 名称: Xmipp (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 9379
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: See: J. Struct Biol., 2012, 180, 519-530; doi: 10.1016/j.sjb.2012.09.006; RELION: Implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination; Sjors H.W.Scheres
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: See: J. Struct Biol., 2012, 180, 519-530; doi: 10.1016/j.sjb.2012.09.006; RELION: Implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination; Sjors H.W.Scheres
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 3882 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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