[日本語] English
万見
- EMDB-49223: Viral protein DP71L in complex with phosphorylated eIF2alpha (NTD... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49223
タイトルViral protein DP71L in complex with phosphorylated eIF2alpha (NTD) and protein phosphatase 1A (D64A), stabilized by G-actin/DNAseI
マップデータ
試料
  • 複合体: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha (2-187)
    • タンパク質・ペプチド: Protein DP71L
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Deoxyribonuclease-1
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードPhosphatase / complex / ISR / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macromolecule metabolic process / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / regulation of primary metabolic process / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / regulation of glycogen catabolic process / translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot ...regulation of macromolecule metabolic process / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / regulation of primary metabolic process / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / regulation of glycogen catabolic process / translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / deoxyribonuclease I / Cellular response to mitochondrial stress / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / PTW/PP1 phosphatase complex / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / protein phosphatase type 1 complex / PERK regulates gene expression / response to kainic acid / glycogen granule / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / deoxyribonuclease I activity / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / protein phosphatase 1 binding / neutrophil activation involved in immune response / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of translational initiation in response to stress / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / DNA catabolic process / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / regulation of canonical Wnt signaling pathway / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / dephosphorylation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cytoskeletal motor activator activity / glycogen metabolic process / branching morphogenesis of an epithelial tube / Ribosomal scanning and start codon recognition / myosin heavy chain binding / protein-serine/threonine phosphatase / Translation initiation complex formation / protein serine/threonine phosphatase activity / tropomyosin binding / Triglyceride catabolism / entrainment of circadian clock by photoperiod / Maturation of hRSV A proteins / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / phosphatase activity / actin filament bundle / telomere maintenance in response to DNA damage / actin filament bundle assembly / phosphoprotein phosphatase activity / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / DARPP-32 events / transition metal ion binding / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of glycogen biosynthetic process / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / mitophagy / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / translation initiation factor activity / stress granule assembly / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / filopodium / actin filament / adherens junction / translational initiation / lung development / circadian regulation of gene expression / response to lead ion / regulation of circadian rhythm / PKR-mediated signaling / ABC-family proteins mediated transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic stress granule
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 1, regulatory subunit 15A/B, C-terminal / : / Phosphatase-1 catalytic subunit binding region / Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal ...Protein phosphatase 1, regulatory subunit 15A/B, C-terminal / : / Phosphatase-1 catalytic subunit binding region / Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / S1 domain profile. / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Actin / S1 domain / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyribonuclease-1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Protein DP71L / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Reineke LC / Dalwadi U / Croll T / Arthur C / Lee DJ / Frost A / Costa-Mattioli M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Harnessing the Evolution of Proteostasis Networks to Reverse Cognitive Dysfunction.
要旨: The integrated stress response (ISR) is a highly conserved network essential for maintaining cellular homeostasis and cognitive function. Here, we investigated how persistent ISR activation impacts ...The integrated stress response (ISR) is a highly conserved network essential for maintaining cellular homeostasis and cognitive function. Here, we investigated how persistent ISR activation impacts cognitive performance, primarily focusing on a PPP1R15B genetic variant associated with intellectual disability. By generating a novel mouse model that mimics this human condition, we revealed that this variant destabilizes the PPP1R15B•PP1 phosphatase complex, resulting in chronic ISR activation, impaired protein synthesis, and deficits in long-term memory. Importantly, we found that the cognitive and synaptic deficits in mice are directly due to ISR activation. Leveraging insights from evolutionary biology, we characterized DP71L, a viral orthologue of PPP1R15B, through detailed molecular and structural analyses, uncovering its mechanism of action as a potent pan-ISR inhibitor. Remarkably, we found that DP71L not only buffers cognitive decline associated with a wide array of conditions-including Down syndrome, Alzheimer's disease and aging-but also enhances long-term synaptic plasticity and memory in healthy mice. These findings highlight the promise of utilizing evolutionary insight to inform innovative therapeutic strategies.
履歴
登録2025年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49223.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.152 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.152 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9286 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0275
最小 - 最大-0.0049355794 - 0.30359018
平均 (標準偏差)0.00081813097 (±0.0029707311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 297.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, ...

全体名称: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha (2-187)
要素
  • 複合体: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha (2-187)
    • タンパク質・ペプチド: Protein DP71L
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Deoxyribonuclease-1
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, ...

超分子名称: PP1A holo-phosphatase complex with viral protein DP71L, G-actin, DNAseI, and substrate phospho-eIF2alpha (2-187)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

-
分子 #1: Protein DP71L

分子名称: Protein DP71L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 8.43573 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGGRRRKKRT NDVKHVRFAA AVEVWEADDI ERKGPWEQAA VDRFRFQRRI ASVEELLSAV LLRQKKLLEQ Q

UniProtKB: Protein DP71L

-
分子 #2: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.514039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDSEKLNLD SIIGRLLEVQ GSRPGKNVQL TENEIRGLCL KSREIFLSQP ILLELEAPLK ICGAIHGQYY DLLRLFEYGG FPPESNYLF LGDYVDRGKQ SLETICLLLA YKIKYPENFF LLRGNHECAS INRIYGFYDE CKRRYNIKLW KTFTDCFNCL P IAAIVDEK ...文字列:
MSDSEKLNLD SIIGRLLEVQ GSRPGKNVQL TENEIRGLCL KSREIFLSQP ILLELEAPLK ICGAIHGQYY DLLRLFEYGG FPPESNYLF LGDYVDRGKQ SLETICLLLA YKIKYPENFF LLRGNHECAS INRIYGFYDE CKRRYNIKLW KTFTDCFNCL P IAAIVDEK IFCCHGGLSP DLQSMEQIRR IMRPTDVPDQ GLLCDLLWSD PDKDVQGWGE NDRGVSFTFG AEVVAKFLHK HD LDLICRA HQVVEDGYEF FAKRQLVTLF SAPNYCGEFD NAGAMMSVDE TLMCSFQILK PADKNKGKYG QFSGLNPGGR PIT PPRNSA KAKK

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

-
分子 #3: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 42.096953 KDa
配列文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY ...文字列:
MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIITN WDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD G VTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSSSL EK SYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQK EIT ALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F

UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle

-
分子 #4: Deoxyribonuclease-1

分子名称: Deoxyribonuclease-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: deoxyribonuclease I
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 31.374436 KDa
配列文字列: MRGTRLMGLL LALAGLLQLG LSLKIAAFNI RTFGETKMSN ATLASYIVRI VRRYDIVLIQ EVRDSHLVAV GKLLDYLNQD DPNTYHYVV SEPLGRNSYK ERYLFLFRPN KVSVLDTYQY DDGCESCGND SFSREPAVVK FSSHSTKVKE FAIVALHSAP S DAVAEINS ...文字列:
MRGTRLMGLL LALAGLLQLG LSLKIAAFNI RTFGETKMSN ATLASYIVRI VRRYDIVLIQ EVRDSHLVAV GKLLDYLNQD DPNTYHYVV SEPLGRNSYK ERYLFLFRPN KVSVLDTYQY DDGCESCGND SFSREPAVVK FSSHSTKVKE FAIVALHSAP S DAVAEINS LYDVYLDVQQ KWHLNDVMLM GDFNADCSYV TSSQWSSIRL RTSSTFQWLI PDSADTTATS TNCAYDRIVV AG SLLQSSV VPGSAAPFDF QAAYGLSNEM ALAISDHYPV EVTLT

UniProtKB: Deoxyribonuclease-1

-
分子 #5: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.817863 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PGLSCRFYQH KFPEVEDVVM VNVRSIAEMG AYVSLLEYNN IEGMILLSEL (SEP)RRRIRSINK LIRIGRNECV VVIRVD KEK GYIDLSKRRV SPEEAIKCED KFTKSKTVYS ILRHVAEVLE YTKDEQLESL FQRTAWVFDD KYKRPGYGAY DAFKHAV SD ...文字列:
PGLSCRFYQH KFPEVEDVVM VNVRSIAEMG AYVSLLEYNN IEGMILLSEL (SEP)RRRIRSINK LIRIGRNECV VVIRVD KEK GYIDLSKRRV SPEEAIKCED KFTKSKTVYS ILRHVAEVLE YTKDEQLESL FQRTAWVFDD KYKRPGYGAY DAFKHAV SD PSILDSLDLN EDEREVLINN INRRLTPQ

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

-
分子 #6: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMKClPotassium chloride
1.0 mMMnCl2Manganese chloride
0.2 mMATPAdenosine triphosphate
0.2 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
1.0 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 25 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.045 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 uL volume, -5 blot force, 1.5 blot time.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5236 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1315944
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 309745
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
最終 3次元分類クラス数: 80 / 平均メンバー数/クラス: 7290 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
詳細: A final 2D classification was carried out to exclude poorly aligning or noisy particles.

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9nb9:
Viral protein DP71L in complex with phosphorylated eIF2alpha (NTD) and protein phosphatase 1A (D64A), stabilized by G-actin/DNAseI

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る