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- EMDB-49184: Cryo-EM structure of the alpha5beta1 integrin headpiece with OS29... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49184
タイトルCryo-EM structure of the alpha5beta1 integrin headpiece with OS2966 Fab
マップデータstructure of the alpha5beta1 integrin headpiece with OS2966 Fab
試料
  • 複合体: Human integrin alpha5beta1 headpiece in complex with the Fab fragment of OS2966
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Human Integrin alpha 5
    • タンパク質・ペプチド: IgG heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG light chain
キーワードIntegrin antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex ...integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / integrin alpha2-beta1 complex / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / Other semaphorin interactions / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Formation of the ureteric bud / myelin sheath abaxonal region / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / CD40 signaling pathway / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / regulation of synapse pruning / integrin alphav-beta1 complex / basement membrane organization / CHL1 interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / MET interacts with TNS proteins / Laminin interactions / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / germ cell migration / Platelet Adhesion to exposed collagen / cell projection organization / central nervous system neuron differentiation / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / axon extension / myoblast differentiation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / regulation of spontaneous synaptic transmission / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of fibroblast migration / lamellipodium assembly / sarcomere organization / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / Basigin interactions / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / maintenance of blood-brain barrier / cell adhesion mediated by integrin / muscle organ development / Syndecan interactions / positive regulation of wound healing / dendrite morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of Rho protein signal transduction / cell-substrate adhesion / response to muscle activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / establishment of mitotic spindle orientation / cleavage furrow / fibronectin binding / negative regulation of anoikis / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / RHOG GTPase cycle / intercalated disc / glial cell projection / neuroblast proliferation / RAC2 GTPase cycle / negative regulation of neuron differentiation / RAC3 GTPase cycle / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / cellular defense response / coreceptor activity / laminin binding / cell adhesion molecule binding / ruffle / positive regulation of GTPase activity / RAC1 GTPase cycle / extracellular matrix organization / B cell differentiation / protein tyrosine kinase binding
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HEk293 (ヒト) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Wang L / Zhang C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM128641 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ITGB1 regulates triple-negative breast cancer development by modulating the tumor microenvironment
著者: Song N / Chen S / Wang L / Dang J / Cao X / Singh S / Yang L / Wang J / Rosen ST / Wang Y / Chen CD / Zhang C / Feng M
履歴
登録2025年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49184.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49184.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of the alpha5beta1 integrin headpiece with OS2966 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 416 pix.
= 299.52 Å		0.72 Å/pix.
x 416 pix.
= 299.52 Å		0.72 Å/pix.
x 416 pix.
= 299.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.3256329 - 0.5856905
平均 (標準偏差)-0.000046561272 (±0.007864274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 299.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49184_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49184_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human integrin alpha5beta1 headpiece in complex with the Fab frag...

全体名称: Human integrin alpha5beta1 headpiece in complex with the Fab fragment of OS2966
要素
  • 複合体: Human integrin alpha5beta1 headpiece in complex with the Fab fragment of OS2966
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Human Integrin alpha 5
    • タンパク質・ペプチド: IgG heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: IgG light chain

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超分子 #1: Human integrin alpha5beta1 headpiece in complex with the Fab frag...

超分子名称: Human integrin alpha5beta1 headpiece in complex with the Fab fragment of OS2966
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: HEk293 (ヒト)

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分子 #1: Integrin beta-1

分子名称: Integrin beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.586992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDIK KNKNVTNRSK GTAEKLKPE DITQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL ENVKSLGTDL MNEMRRITSD F RIGFGSFV ...文字列:
QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDIK KNKNVTNRSK GTAEKLKPE DITQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL ENVKSLGTDL MNEMRRITSD F RIGFGSFV EKTVMPYIST TPAKLRNPCT SEQNCTSPFS YKNVLSLTNK GEVFNELVGK QRISGNLDSP EGGFDAIMQV AV CGSLIGW RNVTRLLVFS TDAGFHFAGD GKLGGIVLPN DGQCHLENNM YTMSHYYDYP SIAHLVQKLS ENNIQTIFAV TEE FQPVYK ELKNLIPKSA VGTLSANSSN VIQLIIDAYN SLSSEVILEN GKLSEGVTIS YKSYCKNGVN GTGENGRKCS NISI GDEVQ FEISITSNKC PKKDSDSFKI RPLGFTEEVE VILQYICECE GGLENLYFQG GKNAQCKKKL QALKKKNAQL KWKLQ ALKK KLAQGGHHHH HHHH

UniProtKB: Integrin beta-1

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分子 #2: Human Integrin alpha 5

分子名称: Human Integrin alpha 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.917812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FNLDAEAPAV LSGPPGSFFG FSVEFYRPGT DGVSVLVGAP KANTSQPGVL QGGAVYLCPW GASPTQCTPI EFDSKGSRLL ESSLSSSEG EEPVEYKSLQ WFGATVRAHG SSILACAPLY SWRTEKEPLS DPVGTCYLST DNFTRILEYA PCRSDFSWAA G QGYCQGGF ...文字列:
FNLDAEAPAV LSGPPGSFFG FSVEFYRPGT DGVSVLVGAP KANTSQPGVL QGGAVYLCPW GASPTQCTPI EFDSKGSRLL ESSLSSSEG EEPVEYKSLQ WFGATVRAHG SSILACAPLY SWRTEKEPLS DPVGTCYLST DNFTRILEYA PCRSDFSWAA G QGYCQGGF SAEFTKTGRV VLGGPGSYFW QGQILSATQE QIAESYYPEY LINLVQGQLQ TRQASSIYDD SYLGYSVAVG EF SGDDTED FVAGVPKGNL TYGYVTILNG SDIRSLYNFS GEQMASYFGY AVAATDVNGD GLDDLLVGAP LLMDRTPDGR PQE VGRVYV YLQHPAGIEP TPTLTLTGHD EFGRFGSSLT PLGDLDQDGY NDVAIGAPFG GETQQGVVFV FPGGPGGLGS KPSQ VLQPL WAASHTPDFF GSALRGGRDL DGNGYPDLIV GSFGVDKAVV YRGRPIVSAS ASLTIFPAMF NPEERSCSLE GNPVA CINL SFCLNASGKH VADSIGFTVE LQLDWQKQKG GVRRALFLAS RQATLTQTLL IQNGAREDCR EMKIYLRNES EFRDKL SPI HIALNFSLDP QAPVDSHGLR PALHYQSKSR IEDKAQILLD CGEDNICVPD LQLEVFGEQN GGLENLYFQG GENAQCE KE LQALEKENAQ LEWELQALEK ELAQWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EK

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分子 #3: IgG heavy chain

分子名称: IgG heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.866797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQSGPE VGRPGSSVKI SCKASGYTFT GYILSWVKQS PGQGLEWIGW VDPEYGSTDS AEKFKKRATL TADISSNTAY IQLSSLTSE DTATYFCTRY YDGYYRRWFA YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPCSRST SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLQQSGPE VGRPGSSVKI SCKASGYTFT GYILSWVKQS PGQGLEWIGW VDPEYGSTDS AEKFKKRATL TADISSNTAY IQLSSLTSE DTATYFCTRY YDGYYRRWFA YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPCSRST SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TKTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKYGPPCP PC

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分子 #4: IgG light chain

分子名称: IgG light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.208771 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPAS LSASLGDIVS IECLASEGIS NNLAWHQQKP GKSPQLLIYG AHSLHDGVPS RFSGSGSGTQ YSLKISGMQP EDEGVYYCQ QGYKYPITFG GGTKLELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPAS LSASLGDIVS IECLASEGIS NNLAWHQQKP GKSPQLLIYG AHSLHDGVPS RFSGSGSGTQ YSLKISGMQP EDEGVYYCQ QGYKYPITFG GGTKLELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3vi3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1918745
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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