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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4916 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the E. coli cytochrome bd-I oxidase at 2.8 Angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | |||||||||
データ登録者 | Safarian S / Hahn A / Kuehlbrandt W / Michel H | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the E. coli cytochrome bd-I oxidase at 2.68 ? resolution 著者: Safarian S / Hahn A / Kuehlbrandt S / Michel S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4916.map.gz | 9.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4916-v30.xml emd-4916.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4916_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4916.png | 111.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4916 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4916 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cytochrome bd-I oxidase from E. coli
全体 | 名称: Cytochrome bd-I oxidase from E. coliUbiquinol oxidase (H+-transporting) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cytochrome bd-I oxidase from E. coli
超分子 | 名称: Cytochrome bd-I oxidase from E. coli / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43 / 組換プラスミド: pet17b_cydABX-StrepII |
分子量 | 理論値: 107.7 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5463 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 120 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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