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万見
- EMDB-48835: Cryo-EM structure of an extended F. johnsoniae BAM complex, compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48835
タイトルCryo-EM structure of an extended F. johnsoniae BAM complex, composite map
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 7種
キーワードBAM complex / BamA / BamD / BamF / BamG / BamM / BamP / outer-membrane proteins / OMP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane assembly / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / TSP type-3 repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain ...Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / TSP type-3 repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA uptake lipoprotein-like protein / CarboxypepD_reg-like domain-containing protein / Surface antigen (D15) / Long-chain fatty acid transport protein / Hypothetical lipoprotein / Hypothetical lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Deme JC / Lea SM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An extended BAM complex in the Bacteroidota
著者: Liu X / Orenday Tapia L / Deme JC / Lea SM / Berks BC
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48835.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.75
最小 - 最大-1.2069323 - 16.665247000000001
平均 (標準偏差)0.11432439 (±0.38223737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 374.784 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BAM complex

全体名称: BAM complex
要素
  • 複合体: BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA uptake lipoprotein-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Surface antigen (D15)
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical lipoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical lipoprotein
    • タンパク質・ペプチド: CarboxypepD_reg-like domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: Long-chain fatty acid transport protein
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: BAM complex

超分子名称: BAM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#6
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

+
分子 #1: DNA uptake lipoprotein-like protein

分子名称: DNA uptake lipoprotein-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 30.219377 KDa
配列文字列: MKKIVSLLIV AALFCSCSEY QKALKNEDVA AKFEVATKMY DAGKYNKAIR LFEQLAPTYR GKPQAEKLFY MFSQSYYKTK QYYLAGYQF ESFVSGYPRS EKVQEAAFLG AYSYSKLAPV YSLDQADTVK ALDKLQAFID NYPNSEYLAQ ANESVKILNG K LEKKAYEN ...文字列:
MKKIVSLLIV AALFCSCSEY QKALKNEDVA AKFEVATKMY DAGKYNKAIR LFEQLAPTYR GKPQAEKLFY MFSQSYYKTK QYYLAGYQF ESFVSGYPRS EKVQEAAFLG AYSYSKLAPV YSLDQADTVK ALDKLQAFID NYPNSEYLAQ ANESVKILNG K LEKKAYEN AKGYNTISDY KSALVAFDNF IADFPGTPLK EDALFYKYDS AYQLAINSVP SKMEERLHVA QTAYANLMKY KS DTKYKEK ADQMNARVET DLQKFTK

UniProtKB: DNA uptake lipoprotein-like protein

+
分子 #2: Surface antigen (D15)

分子名称: Surface antigen (D15) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 101.49032 KDa
配列文字列: MLQKRIPQII CTLLLLGSFS QIKAQDRVPF DQGKKYTLAK VSVVGKISFN EQTVVTFSGL QKGQEITVPG EEITSAIKKL GKLGLFDEI AFYINKVEND SIYLDLNIVE LPKLNEVKIT GVKKSKVEGL IKDNNLTKNK IVNENLITTT KNYIENKYKK D GFYNTKVV ...文字列:
MLQKRIPQII CTLLLLGSFS QIKAQDRVPF DQGKKYTLAK VSVVGKISFN EQTVVTFSGL QKGQEITVPG EEITSAIKKL GKLGLFDEI AFYINKVEND SIYLDLNIVE LPKLNEVKIT GVKKSKVEGL IKDNNLTKNK IVNENLITTT KNYIENKYKK D GFYNTKVV ITTTPDTTAG NQVNMLVRVD KGDKVKISSI DFTGNKQLSD SKLRAAMKDT KQKNVLRVFK ASKFIPEKYK TD LEKVIAS YKEKGYRDAR IIYDSVIYNK KKNMLAIKID VEEGNKYYFG NIKFLGNTVY SDQQLNRYLG IKKGETYNGV LLE KRIADN TKPDGEDITN LYQNNGYLFS KINAVEVKTV NDTIDFEIRI TEGPIAYFNK IYVTGNDKTN DHVIYRELRT KPGN KYSKE ELVRTIREIG QLGFFDPESI KPEFRNVDPA AGTVDIEYQL VEKGSSQVEL QGGYGGGGFI GTLGLSFNNF SARKL FDKD AYKPLPMGDG QKVALRLQGS TYFQTYSLSF SEPWFGGKKP VQFSSSISYS KQFNYNYSSR DVNRNQSFNI FTVQVG LAK RLTVPDDYFV LSQSVSYQHY DLNNYYTGLF TFGNGASRNL AYTIGLSRSN KGVNPIFPTY GSEFSISAKV TPPYSLF NN INYGDLQNQK EYKTQYTGTT TTTGIDGQAI NPGDYTKTET VNGQSGTVSV GSDYKSADTD VGKVDQKKYN WLEYYKVK F KADWYTKIYG KLVLRTLTEF GFLGAYDQSR GVVPFERFYL GGDGMANYSM DGRETIQLRG YPNNSLTPII EDRNSSRYG QQIGATIYNK FSMELRYPIT LKSSASIYAL TFLEAGSSYP TFKDYNPFDL NRSAGAGLRV FMPAFGLLGI DFGYGFDALP GSTTNKANG WETHFIIGQQ F

UniProtKB: Surface antigen (D15)

+
分子 #3: Hypothetical lipoprotein

分子名称: Hypothetical lipoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 57.094242 KDa
配列文字列: CDKDFNAIGG DLIGDDHFGL ESEKYDVLSY NQEVTSVQSN VLPTSALGIY SNPVFGETTA NYVTQVALVA YAPSIGEDPV IESAVLSIP YFSHVTANNT DGSHTYELDS IYGPANGKLK LSVYESGYQM RSSFPSNGTE LPQYYYTSQN STFDQAKVGT R LNDDLTKP ...文字列:
CDKDFNAIGG DLIGDDHFGL ESEKYDVLSY NQEVTSVQSN VLPTSALGIY SNPVFGETTA NYVTQVALVA YAPSIGEDPV IESAVLSIP YFSHVTANNT DGSHTYELDS IYGPANGKLK LSVYESGYQM RSSFPSNGTE LPQYYYTSQN STFDQAKVGT R LNDDLTKP FQNDQFFFSS EEYKTVTKDS NDKETTTYTA PEMRLNLNSA FFQDKILKAP ASKIASTDVF QEYFRGLYFK VE KADGSPS NMALMDFSKG KITITYKAKT DITTDAPETT EERTIVINLV NPTSSGGTAN LLQDAKSAGY SGAISSSNVN KTE GDERLY IKGGQGSAAV IKLNDFASKL DDIRAKNWKV NEANLIFNID SDLMTGADEP KRVYLYDLTN NVPLADYYAD QTTS LTVGD TKGAKYVFGG LINLGDNKRG KTYKIRITEY IRNLIKDKTA KNVNLGLVVT ESIGITTSNF LENRIVLQPN EYFSQ VPRA SIMNPLGTIL YGGKASVPDD KRLRLEVYYT KPN

UniProtKB: Hypothetical lipoprotein

+
分子 #4: Long-chain fatty acid transport protein

分子名称: Long-chain fatty acid transport protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 44.45898 KDa
配列文字列: MIKKIIISAC LLISFVSFAQ QGTASPYSFY GIGDIKFKGT LEYRSMAGVA VEQDSIHLNI ENPASYASLM QTTFTVGGTF GTSTLKSNT GSAKAQRTTF DYLAVGIPVG KFGVSFGLIP LSSVGYKILD DNTATEGAVS SQLSGKGGIN KVYFGVGYKI K PHWTIGAD ...文字列:
MIKKIIISAC LLISFVSFAQ QGTASPYSFY GIGDIKFKGT LEYRSMAGVA VEQDSIHLNI ENPASYASLM QTTFTVGGTF GTSTLKSNT GSAKAQRTTF DYLAVGIPVG KFGVSFGLIP LSSVGYKILD DNTATEGAVS SQLSGKGGIN KVYFGVGYKI K PHWTIGAD VQYNFGKITT TSIEQVTGVQ NGTSESNAST LSGANFDLGT MYQTKIYKKV NLFTSLSYTF SSNLNSENVR EI NVSGDPD PYAYPASTTK LKLPSRVIIG AGIGESRKWL VGTTLAFQGE GQLTNYYNAM DNVRYENYAK YAIGGYYIPN YTS FTSYLS RITYRAGLKY EKIGLIVNNE SIKDVGMTLG AGIPIPGYFS NVNIGIEFGK KGTVSSNLVQ ENYVNFSVGF SFND KWFVK SKFN

UniProtKB: Long-chain fatty acid transport protein

+
分子 #5: Hypothetical lipoprotein

分子名称: Hypothetical lipoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 43.899273 KDa
配列文字列: MNKFKYYFVL LLAGLAIVSC NKKDDDEEIV PLRDYQEQYN TDNANIEEYL NTYFITVTDA PGEQTDQDVT FTKITDPSTQ PSIMSYLNS PTFPKLLKRE VPMHGIVYQM YYLVLREGTG TSPMNTDGAF TSYRGEYLTR VAKTDTEAEH LSTTFFEQVL F PTKALDLY ...文字列:
MNKFKYYFVL LLAGLAIVSC NKKDDDEEIV PLRDYQEQYN TDNANIEEYL NTYFITVTDA PGEQTDQDVT FTKITDPSTQ PSIMSYLNS PTFPKLLKRE VPMHGIVYQM YYLVLREGTG TSPMNTDGAF TSYRGEYLTR VAKTDTEAEH LSTTFFEQVL F PTKALDLY GTIIGWSEAF PQFKTGTATM KPDGSMKYEN FGAGVLFIPS GLGYYGSGAS AIPAYSPLIF SIKLYDLTRL DH DLDGVFD FEEDINGDGY VYDFRNTTEY PTPPANQYDD DTDKDGIADF LDSDDDGDGY STLFEITKPT GTEFLGGLSK YYP YNPVSD NPATPNYDET EKYGIPRRPT GELTNPNLPE SINNPRKFIE DDYLAAGRKR IHLDNTYPYK KN

UniProtKB: Hypothetical lipoprotein

+
分子 #6: CarboxypepD_reg-like domain-containing protein

分子名称: CarboxypepD_reg-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
分子量理論値: 28.413742 KDa
配列文字列: MKNKLGVFVV CLFCQIMLGQ NGTRKSLHGQ VTNKSLAIES GYVMNINAKS RTFIGPGGLF DILAQPKDTL LFTGIAFQSK KIVLTEKDC SQILFSVSLD LVSNELKEVL VRKDLKVKSL DSNTQKYVDM QFEDDRQSTA KNTVMYSDQT IKYGTDFVRI F KDVKKLLS ...文字列:
MKNKLGVFVV CLFCQIMLGQ NGTRKSLHGQ VTNKSLAIES GYVMNINAKS RTFIGPGGLF DILAQPKDTL LFTGIAFQSK KIVLTEKDC SQILFSVSLD LVSNELKEVL VRKDLKVKSL DSNTQKYVDM QFEDDRQSTA KNTVMYSDQT IKYGTDFVRI F KDVKKLLS KNNEKEEVIS DIAFVEYSKA NFKPDFYTKT LGLKPDEVDL FLMFCSNDPE SKRHLNEDQK FELIDFLINK NA EFKKVNA AQ

UniProtKB: CarboxypepD_reg-like domain-containing protein

+
分子 #9: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #10: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(...

分子名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl) ...名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: JSG
分子量理論値: 2.975178 KDa
Chemical component information

ChemComp-JSG:
(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-5-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanyl-ethyl]-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-5-phosphonooxy-oxan-2-yl]oxy-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid

+
分子 #11: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #12: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

+
分子 #13: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #14: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 7 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #15: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 16 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 60.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55796
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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