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- EMDB-4869: In situ cryo-electron tomogram after cryo-FIB lift-out (from lame... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4869
タイトルIn situ cryo-electron tomogram after cryo-FIB lift-out (from lamella 1)
マップデータIn situ cryo-electron tomogram originating from lamella 1 after cryo-FIB lift-out
試料
  • 組織: Native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (from lamella 1)
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schaffer M / Pfeffer S / Mahamid J / Albert S / Plitzko JM
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationExcellence Clusters CIPSM ドイツ
German Research FoundationSFB 1035 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2019
タイトル: A cryo-FIB lift-out technique enables molecular-resolution cryo-ET within native Caenorhabditis elegans tissue.
著者: Miroslava Schaffer / Stefan Pfeffer / Julia Mahamid / Stephan Kleindiek / Tim Laugks / Sahradha Albert / Benjamin D Engel / Andreas Rummel / Andrew J Smith / Wolfgang Baumeister / Juergen M Plitzko /
要旨: Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells has recently provided unprecedented insights into the inner space of cells. In combination with cryo-electron tomography, this method allows ...Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells has recently provided unprecedented insights into the inner space of cells. In combination with cryo-electron tomography, this method allows access to native structures deep inside cells, enabling structural studies of macromolecules in situ. However, this approach has been mainly limited to individual cells that can be completely vitrified by plunge-freezing. Here, we describe a preparation method that is based on the targeted extraction of material from high-pressure-frozen bulk specimens with a cryo-gripper tool. This lift-out technique enables cryo-electron tomography to be performed on multicellular organisms and tissue, extending the range of applications for in situ structural biology. We demonstrate the potential of the lift-out technique with a structural study of cytosolic 80S ribosomes in a Caenorhabditis elegans worm. The preparation quality allowed for subtomogram analysis with sufficient resolution to distinguish individual ribosomal translocation states and revealed significant cell-to-cell variation in ribosome structure.
履歴
登録2019年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月10日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2020年1月22日-
現状2020年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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添付画像

emd_4869.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 762.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈In situ cryo-electron tomogram originating from lamella 1 after cryo-FIB lift-out
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.68 Å/pix.
x 464 pix.
= 6347.52 Å		13.68 Å/pix.
x 928 pix.
= 12695.04 Å		13.68 Å/pix.
x 928 pix.
= 12695.04 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-153 - 92
平均 (標準偏差)1.1990767 (±6.608653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-232
サイズ928928464
Spacing928928464
セルA: 12695.04 Å / B: 12695.04 Å / C: 6347.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z13.6813.6813.68
M x/y/z928928464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12695.04012695.0406347.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-232
NC/NR/NS928928464
D min/max/mean-153.00092.0001.199

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elega...

全体名称: Native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (from lamella 1)
要素
  • 組織: Native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (from lamella 1)

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超分子 #1: Native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elega...

超分子名称: Native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (from lamella 1)
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細Adult C. elegans worms.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is BAL-TEC HPM 100 (Leica). This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION ...詳細: The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is BAL-TEC HPM 100 (Leica). This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3500 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 92 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm
集束イオンビーム - 詳細: FIB instrument equipped with a Quorum PP3000T cryo-system (Quorum Technologies) and a Kleindiek MM3A-EM micromanipulator (Kleindiek Nanotechnik GmbH).. The value ...集束イオンビーム - 詳細: FIB instrument equipped with a Quorum PP3000T cryo-system (Quorum Technologies) and a Kleindiek MM3A-EM micromanipulator (Kleindiek Nanotechnik GmbH).. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FIB Quanta 3D FEG (Thermo Fisher). This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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