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万見
- EMDB-48634: DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48634
タイトルDNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer, bound pair from side 2 interaction
マップデータPrimary electron density map.
試料
  • 複合体: DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer, bound pair from side 2 interaction
キーワードDNA origami / synthetic construct / DNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.58 Å
データ登録者Videbaek TE / Rogers WB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011846 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Measuring multisubunit mechanics of geometrically programmed colloidal assemblies via cryo-EM multi-body refinement.
著者: Thomas E Videbæk / Daichi Hayakawa / Michael F Hagan / Gregory M Grason / Seth Fraden / W Benjamin Rogers /
要旨: Programmable self-assembly has recently enabled the creation of complex structures through precise control of the interparticle interactions and the particle geometries. Targeting ever more ...Programmable self-assembly has recently enabled the creation of complex structures through precise control of the interparticle interactions and the particle geometries. Targeting ever more structurally complex, dynamic, and functional assemblies necessitates going beyond the design of the structure itself, to the measurement and control of the local flexibility of the intersubunit connections and its impact on the collective mechanics of the entire assembly. In this study, we demonstrate a method to infer the mechanical properties of multisubunit assemblies using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and RELION's multi-body refinement. Specifically, we analyze the fluctuations of pairs of DNA-origami subunits that self-assemble into tubules. By measuring the fluctuations of dimers using cryo-EM, we extract mechanical properties such as the bending modulus and interparticle spring constant. These properties are then applied to elastic models to predict assembly outcomes, which align well with experimental observations. This approach not only provides a deeper understanding of nanoparticle mechanics but also opens pathways to refining subunit designs to achieve precise assembly behavior. This methodology could have broader applications in the study of nanomaterials, including protein assemblies, where understanding the interplay of mechanical properties and subunit geometry is essential for controlling complex self-assembled structures.
履歴
登録2025年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary electron density map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.9 Å/pix.
x 200 pix.
= 1379.04 Å		6.9 Å/pix.
x 200 pix.
= 1379.04 Å		6.9 Å/pix.
x 200 pix.
= 1379.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.8952 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.07736234 - 0.23933652
平均 (標準偏差)0.0004918022 (±0.01744369)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1379.0399 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Second half map of the structure.

ファイルemd_48634_half_map_1.map
注釈Second half map of the structure.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: First half map of the structure

ファイルemd_48634_half_map_2.map
注釈First half map of the structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer,...

全体名称: DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer, bound pair from side 2 interaction
要素
  • 複合体: DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer, bound pair from side 2 interaction

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超分子 #1: DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer,...

超分子名称: DNA-origami colloid for self-assembly of tubules: (10,0) monomer, bound pair from side 2 interaction
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes
分子量理論値: 10.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 584 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2 / 詳細: GATAN Oneview CMOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.8 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4122
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 3962
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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