[日本語] English
万見
- EMDB-48618: SaPI1 neck structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48618
タイトルSaPI1 neck structure
マップデータ
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Head-tail connector protein
    • タンパク質・ペプチド: adaptor
    • タンパク質・ペプチド: DUF3168 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Major tail protein
キーワードsapi / capsid / tail / phage / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Bacteriophage 69, Orf23, major tail protein / Phage gp6-like head-tail connector protein / Phage gp6-like head-tail connector protein / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Uncharacterized protein / DUF3168 domain-containing protein / Major tail protein / Head-tail connector protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Kizziah JL / Dokland T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI083255 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structure of the Staphylococcus aureus bacteriophage 80α neck shows details of the DNA, tail completion protein, and tape measure protein.
著者: James L Kizziah / Amarshi Mukherjee / Laura K Parker / Terje Dokland /
要旨: The Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are a type of mobile genetic elements (MGEs) that are mobilized at high frequency by "helper" bacteriophages, such as 80α, ...The Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are a type of mobile genetic elements (MGEs) that are mobilized at high frequency by "helper" bacteriophages, such as 80α, leading to packaging of the SaPI genomes into virions made from helper-encoded structural proteins. 80α and SaPI1 virions consist of an icosahedral head connected via a portal vertex to a long, non-contractile tail. A connector or "neck" forms the interface between the tail and the head. Here, we have determined the high-resolution structure of the neck section of SaPI1 virions, including the dodecameric portal and head-tail-connector proteins, and the hexameric head-tail joining, tail terminator and major tail proteins. We also resolved the DNA, the tail completion protein (TCP), and the tape measure protein (TMP) inside the tail, features that have not previously been observed at high resolution. Our study provides insights into the assembly and infection process in this important group of MGEs.
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48618.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 240 pix.
= 319.2 Å		1.33 Å/pix.
x 240 pix.
= 319.2 Å		1.33 Å/pix.
x 240 pix.
= 319.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-3.4314983 - 6.3417373
平均 (標準偏差)-0.018043544 (±0.25718445)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 319.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_48618_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_48618_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48618_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Staphylococcus phage 80alpha

全体名称: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Head-tail connector protein
    • タンパク質・ペプチド: adaptor
    • タンパク質・ペプチド: DUF3168 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Major tail protein

-
超分子 #1: Staphylococcus phage 80alpha

超分子名称: Staphylococcus phage 80alpha / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: SaPI1 virion / NCBI-ID: 2911440 / 生物種: Staphylococcus phage 80alpha / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
分子 #1: Head-tail connector protein

分子名称: Head-tail connector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
分子量理論値: 12.809583 KDa
配列文字列:
MTTLADVKKR IGLKDEKQDE QLEEIIKSCE SQLLSMLPIE VEQIPERFSY MIKEVAVKRY NRIGAEGMTS EAVDGRSNAY ELNDFKEYE AIIDNYFNAR TRTKKGRAVF F

UniProtKB: Head-tail connector protein

-
分子 #2: adaptor

分子名称: adaptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
分子量理論値: 11.815448 KDa
配列文字列:
MRYEDRVIFQ LEQVATYNPK TSKKENTLIT YDAIPCNINP ISRARKQLEF GDVKNDVSVL RIKESISYPV SHVLVNGIRY KIVDTRIYR HETSYYIEEV N

UniProtKB: Uncharacterized protein

-
分子 #3: DUF3168 domain-containing protein

分子名称: DUF3168 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
分子量理論値: 14.730251 KDa
配列文字列:
MTPNLQLYNK AYETLQGYGF PVISRKEMQQ EIPYPFFVIK MPESNRSKYT FDSYSGDTNL VIDIWSVSDD LGHHDGLVKR CIDDLTPSV KTNDYDFEED DTNITQLVDD TTNQELLHTS ITISYKTF

UniProtKB: DUF3168 domain-containing protein

-
分子 #4: Major tail protein

分子名称: Major tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
分子量理論値: 21.551746 KDa
配列文字列: MANMKNSNDR IILFRKAGEK VDATKMLFLT EYGLSHEADT DTEDTMDGSY NTGGSVESTM SGTAKMFYGD DFADEIEDAV VDRVLYEAW EVESRIPGKN GDSAKFKAKY FQGFHNKFEL KAEANGIDEY EYEYGVNGRF QRGFATLPEA VTKKLKATGY R FHDTTKED ...文字列:
MANMKNSNDR IILFRKAGEK VDATKMLFLT EYGLSHEADT DTEDTMDGSY NTGGSVESTM SGTAKMFYGD DFADEIEDAV VDRVLYEAW EVESRIPGKN GDSAKFKAKY FQGFHNKFEL KAEANGIDEY EYEYGVNGRF QRGFATLPEA VTKKLKATGY R FHDTTKED ALTSEDLTAI PQPKVDSSTV TPGEV

UniProtKB: Major tail protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23206
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る