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- EMDB-48616: Structure of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA afte... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48616
タイトルStructure of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA after DNA cleavage
マップデータSharpened map of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA after DNA cleavage
試料
  • 複合体: TIGR-TasR product complex
    • タンパク質・ペプチド: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
    • RNA: tigRNA
  • DNA: Target DNA, spacer A targeted strand, 5' of cut
  • DNA: Target DNA, spacer A targeted strand, 3' of cut
  • DNA: Target DNA, spacer B targeted strand, 5' of cut
  • DNA: Target DNA, spacer B targeted strand, 3' of cut
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードnuclease / RNA-guided / Nop domain / DNA-binding protein / DNA-RNA HYBRID / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性Transposase, IS116/IS110/IS902 / Transposase IS116/IS110/IS902 family / transposase activity / DNA transposition / DNA binding / Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermoproteota archaeon (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Wilkinson ME / Zhang F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: TIGR-Tas: A family of modular RNA-guided DNA-targeting systems in prokaryotes and their viruses.
著者: Guilhem Faure / Makoto Saito / Max E Wilkinson / Natalia Quinones-Olvera / Peiyu Xu / Daniel Flam-Shepherd / Stephanie Kim / Nishith Reddy / Shiyou Zhu / Lilia Evgeniou / Eugene V Koonin / ...著者: Guilhem Faure / Makoto Saito / Max E Wilkinson / Natalia Quinones-Olvera / Peiyu Xu / Daniel Flam-Shepherd / Stephanie Kim / Nishith Reddy / Shiyou Zhu / Lilia Evgeniou / Eugene V Koonin / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: RNA-guided systems provide remarkable versatility, enabling diverse biological functions. Through iterative structural and sequence homology-based mining starting with a guide RNA-interaction domain ...RNA-guided systems provide remarkable versatility, enabling diverse biological functions. Through iterative structural and sequence homology-based mining starting with a guide RNA-interaction domain of Cas9, we identified a family of RNA-guided DNA-targeting proteins in phage and parasitic bacteria. Each system consists of a tandem interspaced guide RNA (TIGR) array and a TIGR-associated (Tas) protein containing a nucleolar protein (Nop) domain, sometimes fused to HNH (TasH)- or RuvC (TasR)-nuclease domains. We show that TIGR arrays are processed into 36-nucleotide RNAs (tigRNAs) that direct sequence-specific DNA binding through a tandem-spacer targeting mechanism. TasR can be reprogrammed for precise DNA cleavage, including in human cells. The structure of TasR reveals striking similarities to box C/D small nucleolar ribonucleoproteins and IS110 RNA-guided transposases, providing insights into the evolution of diverse RNA-guided systems.
履歴
登録2025年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48616.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA after DNA cleavage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 189.091 Å		0.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 189.091 Å		0.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 189.091 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98485 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.09386886 - 0.13973059
平均 (標準偏差)0.000017526101 (±0.0047891247)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 189.0912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48616_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: TIGR-TasR product complex refinement, half-map 1

ファイルemd_48616_half_map_1.map
注釈TIGR-TasR product complex refinement, half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: TIGR-TasR product complex refinement, half-map 2

ファイルemd_48616_half_map_2.map
注釈TIGR-TasR product complex refinement, half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TIGR-TasR product complex

全体名称: TIGR-TasR product complex
要素
  • 複合体: TIGR-TasR product complex
    • タンパク質・ペプチド: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
    • RNA: tigRNA
  • DNA: Target DNA, spacer A targeted strand, 5' of cut
  • DNA: Target DNA, spacer A targeted strand, 3' of cut
  • DNA: Target DNA, spacer B targeted strand, 5' of cut
  • DNA: Target DNA, spacer B targeted strand, 3' of cut
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: TIGR-TasR product complex

超分子名称: TIGR-TasR product complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Thermoproteota archaeon (古細菌)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein

分子名称: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermoproteota archaeon (古細菌)
分子量理論値: 38.276855 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDNDITILAV DWSHEERKLA IFDGKKIRKK LPEPSSDVII VAENIPQKYA APFIEVGAKV LRCSTNATAD ARKNYQKKVD AAFAKNDEN DSKVIWALYQ THPELFREMK LEPPLSSYYA IFKDYQEVRI RTGNRLYSDR TDAMEEFFKI VKKGEHELKK A VDKELENH ...文字列:
MDNDITILAV DWSHEERKLA IFDGKKIRKK LPEPSSDVII VAENIPQKYA APFIEVGAKV LRCSTNATAD ARKNYQKKVD AAFAKNDEN DSKVIWALYQ THPELFREMK LEPPLSSYYA IFKDYQEVRI RTGNRLYSDR TDAMEEFFKI VKKGEHELKK A VDKELENH PVYTQWLQHI KGIGPVVAGG LISLIGDIDR FDSVSKLWAY AGYSVDNGKV QKRKKGVASN WKNKIRTHCY NI VDSFIKQ RTSVYRELYD AEKARQRPKV ESDGHAHNRA VRKVAKVFLQ HYWVVSRELA GFSVSKPWIL EHGGHVDYIK PPH WNKVEI KPCKP

UniProtKB: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein

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分子 #2: tigRNA

分子名称: tigRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermoproteota archaeon (古細菌)
分子量理論値: 11.484882 KDa
配列文字列:
AGCCAUGCAA GCCCUGAAAC CCAUUGCCUU AGUGCG

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分子 #3: Target DNA, spacer A targeted strand, 5' of cut

分子名称: Target DNA, spacer A targeted strand, 5' of cut / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.537799 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DC)

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分子 #4: Target DNA, spacer A targeted strand, 3' of cut

分子名称: Target DNA, spacer A targeted strand, 3' of cut / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.999197 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA) (DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)

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分子 #5: Target DNA, spacer B targeted strand, 5' of cut

分子名称: Target DNA, spacer B targeted strand, 5' of cut / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.392662 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DA)

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分子 #6: Target DNA, spacer B targeted strand, 3' of cut

分子名称: Target DNA, spacer B targeted strand, 3' of cut / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.961164 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14257 / 平均露光時間: 1.09 sec. / 平均電子線量: 45.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10065225
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 763089
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9mty:
Structure of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA after DNA cleavage

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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