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- PDB-9mty: Structure of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA afte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mty
タイトルStructure of TIGR-TasR in complex with tigRNA and target DNA after DNA cleavage
要素
  • (Target DNA, spacer A targeted strand, ...) x 2
  • (Target DNA, spacer B targeted strand, ...) x 2
  • Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
  • tigRNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / nuclease / RNA-guided / Nop domain / DNA-binding protein / DNA-RNA HYBRID / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transposase, IS116/IS110/IS902 / Transposase IS116/IS110/IS902 family
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoproteota archaeon (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Zhang, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: TIGR-Tas: A family of modular RNA-guided DNA-targeting systems in prokaryotes and their viruses.
著者: Guilhem Faure / Makoto Saito / Max E Wilkinson / Natalia Quinones-Olvera / Peiyu Xu / Daniel Flam-Shepherd / Stephanie Kim / Nishith Reddy / Shiyou Zhu / Lilia Evgeniou / Eugene V Koonin / ...著者: Guilhem Faure / Makoto Saito / Max E Wilkinson / Natalia Quinones-Olvera / Peiyu Xu / Daniel Flam-Shepherd / Stephanie Kim / Nishith Reddy / Shiyou Zhu / Lilia Evgeniou / Eugene V Koonin / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: RNA-guided systems provide remarkable versatility, enabling diverse biological functions. Through iterative structural and sequence homology-based mining starting with a guide RNA-interaction domain ...RNA-guided systems provide remarkable versatility, enabling diverse biological functions. Through iterative structural and sequence homology-based mining starting with a guide RNA-interaction domain of Cas9, we identified a family of RNA-guided DNA-targeting proteins in phage and parasitic bacteria. Each system consists of a tandem interspaced guide RNA (TIGR) array and a TIGR-associated (Tas) protein containing a nucleolar protein (Nop) domain, sometimes fused to HNH (TasH)- or RuvC (TasR)-nuclease domains. We show that TIGR arrays are processed into 36-nucleotide RNAs (tigRNAs) that direct sequence-specific DNA binding through a tandem-spacer targeting mechanism. TasR can be reprogrammed for precise DNA cleavage, including in human cells. The structure of TasR reveals striking similarities to box C/D small nucleolar ribonucleoproteins and IS110 RNA-guided transposases, providing insights into the evolution of diverse RNA-guided systems.
履歴
登録2025年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
B: Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein
C: tigRNA
D: Target DNA, spacer A targeted strand, 5' of cut
F: Target DNA, spacer A targeted strand, 3' of cut
E: Target DNA, spacer B targeted strand, 5' of cut
G: Target DNA, spacer B targeted strand, 3' of cut
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02711
ポリマ－124,9297
非ポリマー974
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Target DNA, spacer A targeted strand, ... , 2種, 2分子 DF

#3: DNA鎖 Target DNA, spacer A targeted strand, 5' of cut


分子量: 10537.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 Target DNA, spacer A targeted strand, 3' of cut


分子量: 7999.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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Target DNA, spacer B targeted strand, ... , 2種, 2分子 EG

#5: DNA鎖 Target DNA, spacer B targeted strand, 5' of cut


分子量: 10392.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 Target DNA, spacer B targeted strand, 3' of cut


分子量: 7961.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 7分子 ABC

#1: タンパク質 Transposase IS116/IS110/IS902 C-terminal domain-containing protein


分子量: 38276.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteota archaeon (古細菌) / 遺伝子: DWQ19_11745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A370LRB3
#2: RNA鎖 tigRNA


分子量: 11484.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoproteota archaeon (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TIGR-TasR product complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermoproteota archaeon (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.09 sec. / 電子線照射量: 45.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14257

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
13RELION5３次元再構成
14Cootモデル精密化
15ISOLDEモデル精密化
16PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10065225
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 763089 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 3.05 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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