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- EMDB-48588: De novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48588
タイトルDe novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with bound SigN-RII
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: EsNdhsUC1+ATP
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 6種
キーワードsigma N / sigma 54 / ATPase / bacterial enhancer binding protein / transcription initiation / intermediate / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine metabolic process / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...arginine metabolic process / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 ...Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator (NtrC family) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma-54 factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mueller AU / Darst SA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118130 米国
Life Sciences Research FoundationAgouron Institute 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Real-time capture of σ transcription initiation intermediates reveals mechanism of ATPase-driven activation by limited unfolding.
著者: Andreas U Mueller / Nina Molina / B Tracy Nixon / Seth A Darst /
要旨: Bacterial σ factors bind RNA polymerase (E) to form holoenzyme (Eσ), conferring promoter specificity to E and playing a key role in transcription bubble formation. σ is unique among σ factors in ...Bacterial σ factors bind RNA polymerase (E) to form holoenzyme (Eσ), conferring promoter specificity to E and playing a key role in transcription bubble formation. σ is unique among σ factors in its structure and functional mechanism, requiring activation by specialized AAA+ ATPases. Eσ forms an inactive promoter complex where the N-terminal σ region I (σ-RI) threads through a small DNA bubble. On the opposite side of the DNA, the ATPase engages σ-RI within the pore of its hexameric ring. Here, we perform kinetics-guided structural analysis of de novo formed Eσ initiation complexes and engineer a biochemical assay to measure ATPase-mediated σ-RI translocation during promoter melting. We show that the ATPase exerts mechanical action to translocate about 30 residues of σ-RI through the DNA bubble, disrupting inhibitory structures of σ to allow full transcription bubble formation. A local charge switch of σ-RI from positive to negative may help facilitate disengagement of the otherwise processive ATPase, allowing subsequent σ disentanglement from the DNA bubble.
履歴
登録2025年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_48588.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 385.28 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 385.28 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
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表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.30750975 - 0.79788345
平均 (標準偏差)0.0013518832 (±0.021247515)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 385.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48588_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_48588_additional_1.map
注釈Sharpened map (b-factor 60.4)
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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注釈Local resolution-filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Local resolution map

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注釈Local resolution map
投影像・断面図
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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48588_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
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ハーフマップ: half map B

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試料の構成要素

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全体 : EsNdhsUC1+ATP

全体名称: EsNdhsUC1+ATP
要素
  • 複合体: EsNdhsUC1+ATP
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulator (NtrC family)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma-54 factor
    • DNA: dhsU (-60 to +30) non-template strand
    • DNA: dhsU (-60 to +30) template strand
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PYROPHOSPHATE 2-
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: EsNdhsUC1+ATP

超分子名称: EsNdhsUC1+ATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: E = RNAP sN = Sigma N dhsU = dhsU promoter DNA C1 = NtrC1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 630 KDa

+
分子 #1: Transcriptional regulator (NtrC family)

分子名称: Transcriptional regulator (NtrC family) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: AAA+ domain of NtrC1 (UNP residues 121-387) / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
分子量理論値: 30.731598 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLRKENELLR REKDLKEEEY VFESPKMKEI LEKIKKISCA ECPVLITGES GVGKEVVARL IHKLSDRSKE PFVALNVASI PRDIFEAEL FGYEKGAFTG AVSSKEGFFE LADGGTLFLD EIGELSLEAQ AKLLRVIESG KFYRLGGRKE IEVNVRILAA T NRNIKELV ...文字列:
MLRKENELLR REKDLKEEEY VFESPKMKEI LEKIKKISCA ECPVLITGES GVGKEVVARL IHKLSDRSKE PFVALNVASI PRDIFEAEL FGYEKGAFTG AVSSKEGFFE LADGGTLFLD EIGELSLEAQ AKLLRVIESG KFYRLGGRKE IEVNVRILAA T NRNIKELV KEGKFREDLY YRLGVIEIEI PPLRERKEDI IPLANHFLKK FSRKYAKEVE GFTKSAQELL LSYPWYGNVR EL KNVIERA VLFSEGKFID RGELSCLVNS K

UniProtKB: Transcriptional regulator (NtrC family)

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 156.338891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNELELEVL FQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #6: RNA polymerase sigma-54 factor

分子名称: RNA polymerase sigma-54 factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 54.043543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEQI DTHEEIDTRE TQDSETLDTA DALEQKEMPE ELPLDASWD TIYTAGTPSG TSGDYIDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFSDTDRA IATSIVDAVD ETGYLTVPLE D ILESIGDE ...文字列:
MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEQI DTHEEIDTRE TQDSETLDTA DALEQKEMPE ELPLDASWD TIYTAGTPSG TSGDYIDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFSDTDRA IATSIVDAVD ETGYLTVPLE D ILESIGDE EIDIDEVEAV LKRIQRFDPV GVAAKDLRDC LLIQLSQFDK TTPWLEEARL IISDHLDLLA NHDFRTLMRV TR LKEDVLK EAVNLIQSLD PRPGQSIQTG EPEYVIPDVL VRKHNGHWTV ELNSDSIPRL QINQHYASMC NNARNDGDSQ FIR SNLQDA KWLIKSLESR NDTLLRVSRC IVEQQQAFFE QGEEYMKPMV LADIAQAVEM HESTISRVTT QKYLHSPRGI FELK YFFSS HVNTEGGGEA SSTAIRALVK KLIAAENPAK PLSDSKLTSL LSEQGIMVAR RTVAKYRESL SIPPSNQRKQ LV

UniProtKB: RNA polymerase sigma-54 factor

+
分子 #7: dhsU (-60 to +30) non-template strand

分子名称: dhsU (-60 to +30) non-template strand / タイプ: dna / ID: 7
詳細: Bases at the ends of the fragment (two positions on either side) were modified from the genomic sequence to G or C to stabilize the ends.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
分子量理論値: 28.003027 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)

GENBANK: GENBANK: AE000657.1

+
分子 #8: dhsU (-60 to +30) template strand

分子名称: dhsU (-60 to +30) template strand / タイプ: dna / ID: 8
詳細: Bases at the ends of the fragment (two positions on either side) were modified from the genomic sequence to G or C to stabilize the ends.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
分子量理論値: 27.507594 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA) (DT)(DT)(DG)(DC)(DA) ...文字列:
(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA) (DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DA)(DA) (DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DG)

GENBANK: GENBANK: AE000657.1

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #12: PYROPHOSPHATE 2-

分子名称: PYROPHOSPHATE 2- / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: POP
分子量理論値: 175.959 Da
Chemical component information

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

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分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #14: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 29 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17199 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8f1k


詳細: 8F1K and 4LZZ were placed in the map to generate the final startup model before building
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95920
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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