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- EMDB-48550: SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48550
タイトルSARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab
    • タンパク質・ペプチド: NICA01A-1401 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: NICA01A-1401 Fab Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2
キーワードSARS-CoV-2 / Spike / S2 / COVID / monoclonal antibody / complex / Viral protein / Viral protein-immune system complex / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Park S / Bangaru B / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: J Exp Med / 年: 2025
タイトル: Common cold embecovirus imprinting primes broadly neutralizing antibody responses to SARS-CoV-2 S2.
著者: Siriruk Changrob / Atsuhiro Yasuhara / Suncheol Park / Sandhya Bangaru / Lei Li / Chloe A Troxell / Peter J Halfmann / Steven A Erickson / Nicholas J Catanzaro / Meng Yuan / Panpan Zhou / Min ...著者: Siriruk Changrob / Atsuhiro Yasuhara / Suncheol Park / Sandhya Bangaru / Lei Li / Chloe A Troxell / Peter J Halfmann / Steven A Erickson / Nicholas J Catanzaro / Meng Yuan / Panpan Zhou / Min Huang / G Dewey Wilbanks / Joshua J C McGrath / Gagandeep Singh / Sean A Nelson / Yanbin Fu / Nai-Ying Zheng / Sofia M Carayannopoulos / Haley L Dugan / Dustin G Shaw / Christopher T Stamper / Maria Lucia L Madariaga / Florian Krammer / Raiees Andrabi / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Yoshihiro Kawaoka / Patrick C Wilson /
要旨: The S2 subunit of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike is highly conserved across coronavirus strains and therefore is a potential pan-coronavirus vaccine target. ...The S2 subunit of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike is highly conserved across coronavirus strains and therefore is a potential pan-coronavirus vaccine target. However, antibodies targeting this region are typically non-neutralizing. We report herein that S2-targeting antibodies from patients who recovered from SARS-CoV-2 infection bound only closely related sarbecovirus subgenus strains and, like most known S2 antibodies, none of these were neutralizing. In contrast, first-exposure, severe acutely infected COVID-19 patients predominantly induced back-boosted antibody-secreting cells imprinted against past common cold coronavirus strain OC43 that were cross-reactive to as many as five subgenera of betacoronavirus strains and gave rise to antibodies that were neutralizing and protective. The antibodies targeted two different sites: one defined by competition with stem helix antibodies, and the second to an underdescribed epitope at the apex of S2. These findings suggest that S2-targeted vaccines could strategically exploit controlled OC43 priming followed by SARS-CoV-2 boosting to enhance the breadth and quality of protective antibody responses.
履歴
登録2025年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48550.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48550.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 319. Å		0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 319. Å		0.73 Å/pix.
x 440 pix.
= 319. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.7188761 - 0.9364367
平均 (標準偏差)0.0002670079 (±0.008196025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 319.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48550_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48550_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48550_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab

全体名称: Structure of SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab
要素
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab
    • タンパク質・ペプチド: NICA01A-1401 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: NICA01A-1401 Fab Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2

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超分子 #1: Structure of SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab

超分子名称: Structure of SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NICA01A-1401 Fab Heavy chain

分子名称: NICA01A-1401 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.621221 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYIHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSDVTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCARE ATMIRGPSDF DYWGQGTLVT VSS

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分子 #2: NICA01A-1401 Fab Light chain

分子名称: NICA01A-1401 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.453561 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLSQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YGNNNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLSV VFGGGTKLTV L

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分子 #3: Spike protein S2

分子名称: Spike protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 52.069832 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTSVD CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVK QIYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKRS PIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN G LTVLPPLL ...文字列:
SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTSVD CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVK QIYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKRS PIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN G LTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLACTITSG WTCGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVPQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DS LSSTPSA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAE IRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QSAPHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVS NGTHW FVTQRNFYEP QIITCDNTFV SGNCDVVIGI VNNTVYCPLQ PELDSFKEEL DKYFKNHTSG SHHHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTrisTris
150.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 115033
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xr8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9mr2:
SARS-CoV-2 S2 monomer in complex with NICA01A-1401 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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