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万見
- EMDB-48546: Structure of mycobacterial NDH2 (type II NADH:quinone oxidoreduct... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48546
タイトルStructure of mycobacterial NDH2 (type II NADH:quinone oxidoreductase) with 2-mercapto-quinazolinone inhibitor.
マップデータ
試料
  • 複合体: NDH2 (non-electrogenic NADH:quinone oxidoreductase) from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: N-cyclohexyl-2-[(4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-2-yl)sulfanyl]acetamide
キーワードflavoprotein / oxidoreductase / electron transport / metabolism / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Alternative NADH dehydrogenase / NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / : / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / membrane / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Liang Y / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT191893 カナダ
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2025
タイトル: Structure of Mycobacterial NDH-2 Bound to a 2-Mercapto-Quinazolinone Inhibitor.
著者: Yingke Liang / Stephanie A Bueler / Gregory M Cook / John L Rubinstein /
要旨: Mycobacterial type II NADH dehydrogenase (NDH-2) is a promising drug target because of its central role in energy metabolism in and other pathogens, and because it lacks a known mammalian homologue. ...Mycobacterial type II NADH dehydrogenase (NDH-2) is a promising drug target because of its central role in energy metabolism in and other pathogens, and because it lacks a known mammalian homologue. To facilitate optimization of lead compounds, we used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of NDH-2 from , a fast-growing nonpathogenic model for respiration in . The structure shows that active mycobacterial NDH-2 is dimeric, with an arrangement of monomers in the dimer that differs from the arrangement described for other prokaryotic NDH-2 dimers, instead resembling dimers formed by NDH-2 in the eukaryotes and . A structure of the enzyme bound to a 2-mercapto-quinazolinone inhibitor shows that the compound interacts directly with the flavin adenine dinucleotide cofactor, blocking the menaquinone-reducing site. These results reveal structural elements of NDH-2 that could be used to design specific inhibitors of the mycobacterial enzyme.
履歴
登録2025年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48546.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 352 pix.
= 256.96 Å		0.73 Å/pix.
x 352 pix.
= 256.96 Å		0.73 Å/pix.
x 352 pix.
= 256.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.18199535 - 0.36041743
平均 (標準偏差)0.0008278806 (±0.008802054)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 256.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48546_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48546_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NDH2 (non-electrogenic NADH:quinone oxidoreductase) from Mycobact...

全体名称: NDH2 (non-electrogenic NADH:quinone oxidoreductase) from Mycobacterium smegmatis
要素
  • 複合体: NDH2 (non-electrogenic NADH:quinone oxidoreductase) from Mycobacterium smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: N-cyclohexyl-2-[(4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-2-yl)sulfanyl]acetamide

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超分子 #1: NDH2 (non-electrogenic NADH:quinone oxidoreductase) from Mycobact...

超分子名称: NDH2 (non-electrogenic NADH:quinone oxidoreductase) from Mycobacterium smegmatis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Homodimer composed of two monomers of NDH2 from Mycobacterium smegmatis.
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 49 KDa

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分子 #1: NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)

分子名称: NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Includes a linker connected to a 3xFLAG affinity tag at the C terminus,Includes a linker connected to a 3xFLAG affinity tag at the C terminus
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:quinone reductase (non-electrogenic)
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 53.14532 KDa
配列文字列: MSHPGATASD RHKVVIIGSG FGGLTAAKTL KRADVDVKLI ARTTHHLFQP LLYQVATGII SEGEIAPATR VILRKQKNAQ VLLGDVTHI DLENKTVDSV LLGHTYSTPY DSLIIAAGAG QSYFGNDHFA EFAPGMKSID DALELRGRIL GAFEQAERSS D PVRRAKLL ...文字列:
MSHPGATASD RHKVVIIGSG FGGLTAAKTL KRADVDVKLI ARTTHHLFQP LLYQVATGII SEGEIAPATR VILRKQKNAQ VLLGDVTHI DLENKTVDSV LLGHTYSTPY DSLIIAAGAG QSYFGNDHFA EFAPGMKSID DALELRGRIL GAFEQAERSS D PVRRAKLL TFTVVGAGPT GVEMAGQIAE LADQTLRGSF RHIDPTEARV ILLDAAPAVL PPMGEKLGKK ARARLEKMGV EV QLGAMVT DVDRNGITVK DSDGTIRRIE SACKVWSAGV SASPLGKDLA EQSGVELDRA GRVKVQPDLT LPGHPNVFVV GDM AAVEGV PGVAQGAIQG GRYAAKIIKR EVSGTSPKIR TPFEYFDKGS MATVSRFSAV AKVGPVEFAG FFAWLCWLVL HLVY LVGFK TKIVTLLSWG VTFLSTKRGQ LTITEQQAYA RTRIEELEEI AAAVQDTEKA ASGLSGQPPR SPSSGSSDYK DHDGD YKDH DIDYKDDDDK

UniProtKB: NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)

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分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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分子 #3: N-cyclohexyl-2-[(4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-2-yl)sulfanyl]acetamide

分子名称: N-cyclohexyl-2-[(4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-2-yl)sulfanyl]acetamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: A1BNR
分子量理論値: 317.406 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 35 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Map was refined from the apo NDH2 map.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 40848
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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