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万見
- EMDB-48404: RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48404
タイトルRB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab
マップデータEMReady enhanced sharpened map
試料
  • 複合体: RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab
    • タンパク質・ペプチド: 1D4 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 1D4 light chain
    • タンパク質・ペプチド: RB1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RB1 light chain
キーワードFab anti idiotype RSV / IMMUNE SYSTEM
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Warren C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Vaccines (Basel) / 年: 2025
タイトル: Anti-Idiotypic Antibody as a Booster Vaccine Against Respiratory Syncytial Virus.
著者: Shreya Mukhopadhyay / Ioannis Manolaridis / Christopher Warren / Aimin Tang / Gregory O'Donnell / Bin Luo / Ryan P Staupe / Kalpit A Vora / Zhifeng Chen /
要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) is a major cause of lower respiratory tract infections in children and adults. With nearly everyone infected by the age of five, there is an opportunity to ... The respiratory syncytial virus (RSV) is a major cause of lower respiratory tract infections in children and adults. With nearly everyone infected by the age of five, there is an opportunity to develop booster vaccines that enhance B-cell immunity, promoting potent and broadly neutralizing antibodies. One potential approach involves using anti-idiotypic antibodies (anti-IDs) to mimic specific antigenic sites and enhance preexisting immunity in an epitope-specific manner. RB1, a monoclonal antibody (mAb) that binds to site IV of the RSV fusion (RSV F) protein, is a potent and broadly neutralizing against RSV A and B viruses. It is the precursor for MK1654 (clesrovimab), which successfully completed a Phase III clinical trial. In this study, we isolated two anti-IDs, 1A6 and 1D4, targeting RB1 CDR regions, demonstrating that 1A6 competes fully with RSV F in binding to RB1. We resolved the RB1-1A6 and RB1-1D4 Fab-Fab complex structures and proved that 1A6 mimics the RSV F site IV better than 1D4. In an immunogenicity study, mice primed with RSV F and boosted with 1A6 Fab showed a site IV-specific antibody response with a concurrent increase in RSV virus neutralization. These results suggest that anti-IDs could be potentially used as booster vaccines for specific epitopes.
履歴
登録2024年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月15日-
マップ公開2025年1月15日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48404.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EMReady enhanced sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.5 Å/pix.
x 307 pix.
= 153.5 Å		0.5 Å/pix.
x 165 pix.
= 82.5 Å		0.5 Å/pix.
x 134 pix.
= 67. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-0.16437721 - 15.599214
平均 (標準偏差)0.369146 (±1.521052)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ165134307
Spacing134165307
セルA: 67.0 Å / B: 82.5 Å / C: 153.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_48404_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_48404_additional_2.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfB

ファイルemd_48404_half_map_1.map
注釈halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfA

ファイルemd_48404_half_map_2.map
注釈halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab

全体名称: RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab
要素
  • 複合体: RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab
    • タンパク質・ペプチド: 1D4 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 1D4 light chain
    • タンパク質・ペプチド: RB1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: RB1 light chain

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超分子 #1: RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab

超分子名称: RB1 Fab bound to 1D4 anti-idiotype Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 1D4 heavy chain

分子名称: 1D4 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.029652 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SSGLHWVRQA PGKGLEWVSG IDSSSSTTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARY YFDVWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP ...文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SSGLHWVRQA PGKGLEWVSG IDSSSSTTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARY YFDVWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD

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分子 #2: 1D4 light chain

分子名称: 1D4 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.444598 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIELTQPPSV SVAPGQTARI SCSGDSIGTY AYWYQQKPGQ APVLVIYADD NRPSGIPERF SGSNSGNTAT LTISGTQAED EADYYCSSW ATDNAPVFGG GTKLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS ...文字列:
DIELTQPPSV SVAPGQTARI SCSGDSIGTY AYWYQQKPGQ APVLVIYADD NRPSGIPERF SGSNSGNTAT LTISGTQAED EADYYCSSW ATDNAPVFGG GTKLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV E TTTPSKQS NNKYAASSYL SLTPEQWKSH RSYSCQVTHE GSTVEKTVAP TECS

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分子 #3: RB1 heavy chain

分子名称: RB1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.551439 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVRPGRSLRL SCTVSGFSFD DSAMSWVRQA PGKGLEWISF IKSKTYGGTK EYAASVKGRF TISRDDSKNI AYLQMNSLK TEDTAVYYCT RGAPYGGNSD YYYGLDVWGQ GTTVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EVQLVESGGG LVRPGRSLRL SCTVSGFSFD DSAMSWVRQA PGKGLEWISF IKSKTYGGTK EYAASVKGRF TISRDDSKNI AYLQMNSLK TEDTAVYYCT RGAPYGGNSD YYYGLDVWGQ GTTVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCD

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分子 #4: RB1 light chain

分子名称: RB1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.406043 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRTSQDVR GALAWYQQKP GKAPKLLIFD ASSLETGVPS RFSGSGSGTV FTLTISSLQP EDFAAYYCQ QFLDFPFTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRTSQDVR GALAWYQQKP GKAPKLLIFD ASSLETGVPS RFSGSGSGTV FTLTISSLQP EDFAAYYCQ QFLDFPFTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 240676
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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